KISTI 슈퍼컴퓨팅 기술 블로그

KISTI 슈퍼컴퓨터센터의 장비에 NAMD 2.12 소스를 (CUDA 기반의) GPU 기능을 사용하는 버전으로 설치하는 방법에 대하여 소개한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템뉴론 OS Version리눅스 / CentOS 7.4 CPUIntel Xeon E5-2670 v2 컴파일러Intel 2018 Version MPIMvapich2 2.3 Version 기타 Intel MKL Math Library, CUDA 10.0 2. 설치 전 환경 설정KISTI 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인Environment Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고,이하 설치 소개 에서는 module load를 ..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 gromacs-2018.6 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템뉴론 (GPU Cluster System) OS Version리눅스 / CentOS 7.4 CPUIntel Xeon E5-2670 v2 GPUNVIDIA Tesla V100 컴파일러Intel 2018.2 Version MPImvapich2 2.3 기타 Intel MKL Math LibraryCUDA 10.0 2. 설치 전 환경 설정 누리온 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 modu..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 gromacs-2018.6 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다. 1. 설치 환경 구분 내용 대상 시스템 누리온 OS Version 리눅스 / CentOS 7.3 CPU Intel(R) Xeon Phi(TM) CPU 7250 컴파일러 Intel 2018.3 Version MPI IntelMPI 2018.3 Version 기타 Intel MKL Math Library 2. 설치 전 환경 설정 누리온 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 gromacs-2018.6 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템 누리온 OS Version 리눅스 / CentOS 7.3 CPU Intel(R) Xeon(R) Gold 6148 컴파일러 Intel 2018.3 Version MPI IntelMPI 2018.3 Version 기타 Intel MKL Math Library 2. 설치 전 환경 설정 누리온 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다. ..

본 문서는 누리온 시스템에서 OpenFOAM 소프트웨어 사용을 위한 기초적인 정보를 제공하고 있습니다. 따라서, OpenFOAM 소프트웨어 사용법 및 누리온/리눅스 사용법 등은 포함되어 있지 않습니다. 누리온/리눅스 사용법에 대한 정보는 KISTI 홈페이지 (https://www.ksc.re.kr)의 기술지원 > 지침서 내 누리온 사용자 지침서 등을 참고하시기 바랍니다.OpenFOAM 사용법에 대한 정보는 OpenFOAM 사이트(https://www.openfoam.com, https://openfoam.org, http://openfoamwiki.net)를 참고하시기 바랍니다. 1. 소프트웨어 설치 정보(1) 설치 버전 - 4.1(KNL, SKL), 5.0(KNL, SKL), 7.0(KNL, SKL),..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 WRFV3.9.1.1 Source 버전과 WPSV3.9.1 Source 버전을 설치 하는 방법에 대하여 소개한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템 누리온OS Version 리눅스 / CentOS 7.3 CPU Intel(R) Xeon(R) Gold 6126 컴파일러 Intel 2018.3 Version MPI IntelMPI 2018.3 Version 기타 2. 설치 전 환경 설정 누리온 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다. [ 환경 설정 ..

- 참고 : https://legacy.python.org/dev/peps/pep-0373 2010년 부터 정식 배포가 되었던 Python 2.7 버전은 2020년 부터 지원이 중단 됩니다. python.org 사이트에 Python 2.8 버전은 계획이 없음을 발표 하였습니다. Python 2 와 Python 3는 문법이 달라 호환되지 않습니다. Python 2.x 버전을 사용하신다면 올해가 가기전에 미리 Python 3 버전으로 작성하신 후 사용을 권해 드립니다.

안녕하세요. 한국과학기술정보연구원 슈퍼컴퓨팅인프라센터입니다. KISTI 슈퍼컴 5호기 누리온을 사용해주시는 국내 연구자분들을 대상으로, 현재 누리온에서 서비스 중인 상용 소프트웨어 ANSYS Fluent, Abaqus, LS-Dyna, MSC Nastran 에 대한 일반 사용자 교육(무료)을 대전 본원 교육실에서 진행합니다. 상용 소프트웨어 교육은 각 소프트웨어에 대해 연 1회, 다음과 같은 일정으로 진행합니다. 참석을 원하시는 연구자께서는 https://kacademy.kisti.re.kr 을 통해 수강신청 하시면 됩니다. 교육 제목 일정 장소 LS-Dyna 기본 사용법 2019년 7월 18-19 (2일) KISTI 대전본원 별관 1층 교육실 ANSYS Fluent 기본 사용법 2019년 7월 22-2..

KISTI 슈퍼컴퓨터센터의 장비에 lammps-16Mar18 source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템뉴론 OS Version리눅스 / CentOS 7.4 CPUIntel Xeon E5-2670 v2 컴파일러Intel 2018 Version MPIMvapich2 2.3 Version 기타 Intel MKL Math Library, CUDA 10.0 2. 설치 전 환경 설정KISTI 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인 Environment Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법..

이 문서는 GROMACS-2016.4 소스를 (CUDA 기반의) GPU 기능을 사용하는 버전으로 빌드하는 방법에 대해 소개한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템뉴론 (GPU Cluster System) OS Version리눅스 / CentOS 7.4 CPUIntel Xeon E5-2670 v2 컴파일러intel compiler 2018.0.2 GPUNVIDIA Tesla V100 기타 intel mkl mvapich2 2.3CUDA 10.0 2. 설치 과정 소스 파일은 아래 사이트에서 다운로드 받을 수 있다. http://www.gromacs.org GROMACS 소스 압축 풀기 & 빌드할 디렉토리 생성 $ tar xzf gromacs-2016.4.tar.gz $ cd gromacs-2016.4 $..

안녕하십니까? 한국과학기술정보연구원 슈퍼컴퓨팅인프라센터입니다. 슈퍼컴퓨팅인프라센터에서는 국내 연구자들에게 최고의 연구 환경을 제공하기 위해 슈퍼컴퓨터 5호기(Nurion)를 서비스하고 있습니다. 슈퍼컴 5호기(Nurion)시스템이 인텔 매니코어 및 x86 아키텍쳐로 구성됨에 따라 연구자들의 다양한 연구환경(GPU를 통한 성능 가속이 뛰어난 HPC, 기계학습 및 빅데이터 분야의 연구/개발)을 지원하기 위해, GPU 클러스터(KAT)시스템을 2019년 5일 9일부터 공식 서비스 오픈 합니다. 1. 서비스 일정 o KAT 시스템 서비스 오픈 : 2019년 5월 9일(목) 10:00 o [공식서비스(무상)] 사용자 코드 포팅 : 2019년 5월 9일 ~ 2019년 6월 30일 o [공식서비스(유·무상)] KAT..

KISTI 슈퍼컴퓨터센터의 OpenMPI 3.1.X 이슈 사항 해결 팁에 대하여 소개한다. 1. 환경 대상 시스템 : 뉴론 OS Version : Linux / CentOS 7.4 CPU : Intel Xeon E5-2670 v2 Mellanox OFED : MLNX_OFED_LINUX-4.4-2.0.7.0 (OFED-4.4-2.0.7) MPI : OpenMPI-3.1.0 2. 오류 내용 [optpar02@login02 test]$ mpirun -np 2 ./host.x ibv_exp_query_device: invalid comp_mask !!! (comp_mask = 0xffffffffffffffff valid_mask = 0x1) [login02][[51376,1],0][btl_openib_comp..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 뉴론 시스템에 vasp 5.4.4 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 합니다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템 뉴론OS Version 리눅스 / CentOS 7.4 CPU Intel Xeon E5-2670 v2 컴파일러 Intel 2018 Version MPI Mvapich2 2.3 Version 기타 Intel MKL Math Library, cuda 10.0 2. 설치 전 환경 설정 뉴론 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용합니다. [ 환경 ..

뉴론 시스템에는 mvapich2와 openmpi가 설치되어 있습니다. 이 문서에서는 MPI 기반 작업들을 slurm 스케쥴러를 이용해 작업 제출하는 방법에 대해 기술하고 있습니다. 1. mvapich2로 빌드된 애플리케이션의 작업 제출 뉴론 시스템에 설치되어 있는 mvapich2를 활용하기 위해서는 아래와 같은 module 명령으로 사용가능한 모듈 목록 및 모듈 사용법을 확인합니다. 2019년 5월 현재 뉴론 시스템에는 mvapich2-2.3이 설치되어 있으며, 이것은 gcc-4.8.5, intel-18.0.2, pgi-19.1 컴파일러로 빌드한 버전들이 존재합니다. 이를 사용하기 위해서는 위에 언급된 바와 같이 다음과 같이 module 명령어를 사용합니다. $ module load intel/18.0...

2019년 05월 서비스 오픈하는 뉴론 시스템의 제원은 다음과 같습니다. 1. GPU 노드 제원 (1) ivy_k40_2 구분 내용 CPU Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2670 v2 @ 2.5GHz ( 노드 당 2 소켓, 총 20코어 ) GPU NVIDIA Tesla K40m (1 노드당 2 K40 카드 탑재) CPU 메모리 DDR3/1866MHz (노드당 128GB, CPU 코어 당 6.4GB) GPU 메모리 K100 카드당 12GB 운영체제 CentOS 7.4 할당 노드 수 4 Total CPU core 수 80 최대제출/실행 작업개수 2 사용자별 최대 GPU 점유개수 6 (2) ivy_v100 구분 내용 CPU Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2670 v2 @ 2.5GHz ..