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누리온 GROMACS-2018.6 버전 설치 소개 (KNL)

슈퍼컴퓨팅인프라센터 2019. 5. 29. 17:55

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 gromacs-2018.6 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다.

 

1. 설치 환경

 

 

 구분 내용
 대상 시스템  누리온
 OS Version   리눅스 / CentOS 7.3
 CPU  Intel(R) Xeon Phi(TM) CPU 7250
 컴파일러  Intel 2018.3 Version
 MPI  IntelMPI 2018.3 Version
 기타  Intel MKL Math Library

 

2. 설치 전 환경 설정

 

  누리온 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 

  환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고,

  이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다.

 

[ 환경 설정 ]

 $ module load intel/18.0.3 impi/18.0.3 cmake/3.12.3
 
3. 설치 전 계산노드 접속

Intel 컴파일러를 이용하여 KNL CPU 타입 전용 옵션인 "-xMIC-AVX512"를 사용하여 gromacs를 설치하게 될 경우 

KNL 계산노드에서 설치를 진행해야 오류가 발생되지 않는다.

 

"-xMIC-AVX512" 옵션을 사용할 경우 PBS 스케줄러의 Interactive 기능을 이용하여 KNL 계산노드로 접속하여 빌드를 진행해야 한다.

아래는 누리온 KNL 계산노드(debug 큐) 로 접속하는 예제이다.

 qsub -I -V -q debug -l select=1:ncpus=68:mpiprocs=68:ompthreads=1 -l walltime=12:00:00 -A gromacs

※ qsub 명령 뒤 문자는 I(대문자 아이)  이고, select 와 walltime 앞에 문자는 l(소문자 엘) 이다.

 

4. gromacs-2018.6 버전 설치 과정

 설치 과정 소개는 tar 를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법등 진행 절차를 위주로 설명하고,
 소스 파일 다운로드 등은 생략한다.  
 
 설치 과정
$ export FLAGS="-O2 -xMIC-AVX512 -g -static-intel"
$ export CFLAGS=$FLAGS 
$ export CXXFLAGS=$FLAGS 
$ export CC=mpiicc 
$ export CXX=mpiicpc 
$ export CPATH=/apps/compiler/intel/18.0.3/mkl/include:$CPATH


 $ tar xvzf gromacs-2018.6.tar.gz
 $ cd gromacs-2018.6
 $ mkdir build
 $ cd build
 $ cmake -DBUILD_SHARED_LIB=OFF -DGMX_FFT_LIBRARY=mkl \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$/GROMACS/2018.6 \
-DGMX_MPI=ON -DGMX_OPENMP=ON -DGMX_CYCLE_SUBCOUNTERS=ON \
-DGMX_GPU=OFF -DGMX_BUILD_HELP=OFF -DGMX_HWLOC=OFF \
-DGMX_SIMD=AVX_512_KNL -DGMX_OPENMP_MAX_THREADS=64 \
..
 $ make
 $ make install

 "-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$/GROMACS/2018.6"는 예시로 설치 희망하는 디렉토리로 명시한다.

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