누리온 GROMACS-2018.6 버전 설치 소개 (KNL)

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 gromacs-2018.6 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다.

 

1. 설치 환경

 

 

구분	내용
대상 시스템	누리온
OS Version	리눅스 / CentOS 7.3
CPU	Intel(R) Xeon Phi(TM) CPU 7250
컴파일러	Intel 2018.3 Version
MPI	IntelMPI 2018.3 Version
기타	Intel MKL Math Library

 

2. 설치 전 환경 설정

 

  누리온 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 

  환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고,

  이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다.

 

[ 환경 설정 ]

$ module load intel/18.0.3 impi/18.0.3 cmake/3.12.3

 

3. 설치 전 계산노드 접속

Intel 컴파일러를 이용하여 KNL CPU 타입 전용 옵션인 "-xMIC-AVX512"를 사용하여 gromacs를 설치하게 될 경우 

KNL 계산노드에서 설치를 진행해야 오류가 발생되지 않는다.

 

"-xMIC-AVX512" 옵션을 사용할 경우 PBS 스케줄러의 Interactive 기능을 이용하여 KNL 계산노드로 접속하여 빌드를 진행해야 한다.

아래는 누리온 KNL 계산노드(debug 큐) 로 접속하는 예제이다.

$ qsub -I -V -q debug -l select=1:ncpus=68:mpiprocs=68:ompthreads=1 -l walltime=12:00:00 -A gromacs

※ qsub 명령 뒤 문자는 I(대문자 아이)  이고, select 와 walltime 앞에 문자는 l(소문자 엘) 이다.

 

4. gromacs-2018.6 버전 설치 과정

 설치 과정 소개는 tar 를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법등 진행 절차를 위주로 설명하고,

 소스 파일 다운로드 등은 생략한다.  

 

설치 과정

$ export FLAGS="-O2 -xMIC-AVX512 -g -static-intel" $ export CFLAGS=$FLAGS  $ export CXXFLAGS=$FLAGS  $ export CC=mpiicc  $ export CXX=mpiicpc  $ export CPATH=/apps/compiler/intel/18.0.3/mkl/include:$CPATH  $ tar xvzf gromacs-2018.6.tar.gz  $ cd gromacs-2018.6  $ mkdir build  $ cd build  $ cmake -DBUILD_SHARED_LIB=OFF -DGMX_FFT_LIBRARY=mkl \ -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$/GROMACS/2018.6 \ -DGMX_MPI=ON -DGMX_OPENMP=ON -DGMX_CYCLE_SUBCOUNTERS=ON \ -DGMX_GPU=OFF -DGMX_BUILD_HELP=OFF -DGMX_HWLOC=OFF \ -DGMX_SIMD=AVX_512_KNL -DGMX_OPENMP_MAX_THREADS=64 \ ..  $ make  $ make install

※ "-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$/GROMACS/2018.6"는 예시로 설치 희망하는 디렉토리로 명시한다.