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누리온 GROMACS-2018.6 버전 설치 소개 (SKL)

슈퍼컴퓨팅인프라센터 2019. 5. 29. 17:55

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 gromacs-2018.6 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다.


1. 설치 환경

 구분

내용

 대상 시스템

 누리온

 OS Version 

 리눅스 / CentOS 7.3

 CPU

 Intel(R) Xeon(R) Gold 6148

 컴파일러

 Intel 2018.3 Version

 MPI

 IntelMPI 2018.3 Version

 기타

 Intel MKL Math Library


2. 설치 전 환경 설정

  누리온 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 

  환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고,

  이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다.


[ 환경 설정 ]

 $ module load intel/18.0.3 impi/18.0.3 cmake/3.12.3


3. gromacs-2018.6 버전 설치 과정

 설치 과정 소개는 tar 를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법등 진행 절차를 위주로 설명하고,
 소스 파일 다운로드 등은 생략한다.  

 설치 과정

 $ export FLAGS="-O2 -xCORE-AVX512 -g -static-intel"

 $ export CFLAGS=$FLAGS 

 $ export CXXFLAGS=$FLAGS 

 $ export CC=mpiicc 

 $ export CXX=mpiicpc 

 $ export CPATH=/apps/compiler/intel/18.0.3/mkl/include:$CPATH


 $ tar xvzf gromacs-2018.6.tar.gz

 $ cd gromacs-2018.6

 $ mkdir build

 $ cd build

 $ cmake -DBUILD_SHARED_LIB=OFF -DGMX_FFT_LIBRARY=mkl \

-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${HOME}/GROMACS/2018.6 \

-DGMX_MPI=ON -DGMX_OPENMP=ON -DGMX_CYCLE_SUBCOUNTERS=ON \

-DGMX_GPU=OFF -DGMX_BUILD_HELP=OFF -DGMX_HWLOC=OFF \

-DGMX_SIMD=AVX_512 -DGMX_OPENMP_MAX_THREADS=32 \

..

 $ make

 $ make install

"-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${HOME}/GROMACS/2018.6"는 예시로 설치 희망하는 디렉토리로 명시한다.

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