KISTI 슈퍼컴퓨팅 기술 블로그

KISTI 뉴론 시스템에 lammps-27Oct2021버전을 설치하는 방법에 대해 소개한다. 설치 과정 소개는 tar 파일을 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법 등의 진행 절차를 위주로 설명하고, 소스 파일 다운로드 등은 생략한다. 1. 설치환경 구분 내용 대상 시스템 뉴론 OS Version 리눅스 / CentOS 7.9 CPU Intel(R) Xeon(R) Gold 5217 CPU @ 3.00GHz 컴파일러 GCC 10.2.0 MPI CUDA OpenMPI 4.1.1 기타 CUDA 11.4 2. 설치 전 환경설정 뉴론 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 손쉽게 설정하기 위하여, OpenSource 프로그램인 Environment Modules(https://modules.source..

■ 뉴론 시스템 노드 정책 변경 안내 정책 변경시점 : 2022년 3월 17일 예방정비 점검(PM) 이후 정책 적용 파티션 : 모든 파티션 변경 내용 : 배타적 노드 할당 정책 -> 공유 노드 정책 ※배타적 노드 할당 정책 : 노드 단위 작업 할당 정책으로, 하나의 노드에 하나의 작업만을 할당 ※공유 노드 정책 : CPU 단위 할당 정책으로, 유휴 자원(CPU)이 존재하는 노드에 사용자 작업을 할당하는 방식이며, 하나의 노드에 여러 작업이 할당될 수 있음 ■ 뉴론 공유 노드 정책에서 메모리 할당량 설정 - 뉴론 시스템 자원 활용의 효율성 및 사용자의 안정적인 작업 수행을 위하여 아래와 같이 메모리 할당량을 자동 조절 memory-per-node = ntasks-per-node * cpus-per-task..

슈퍼컴퓨팅본부에서는 KISTI 슈퍼컴퓨터 사용자지원 정책에 따라 계산과학/공학 분야의 연구를 위해 대규모 병렬 계산 또는 첨단 계산 기법을 필요로 하는 슈퍼컴퓨터 사용자들을 지원하고 있습니다. 올해는 NVIDIA와 함께 GPU기반 최적 병렬화와 AI 관련 연구협력 프로그램을 시작합니다. 지원의 일환으로 사용자들이 슈퍼컴퓨터를 이용하여 문제 해결에 필요한 시간을 단축하거나, 현재보다 훨씬 더 큰 규모의 문제에 도전하는 등 보다 높은 연구 생산성을 얻을 수 있도록 성능최적화 및 병렬화를 지원합니다. 당면한 문제해결에 국한된 단기적인 성능최적화지원을 뛰어넘어 중·장기적인 지원을 통해 기존 연구 주제를 계산 규모나 성능 측면에서 큰 폭으로 확장할 수 있는 주제를 발굴하고 지원을 제공하기 위해 진행됩니다. 1. ..

슈퍼컴퓨팅본부에서는 KISTI 슈퍼컴퓨터 사용자지원 정책에 따라 계산과학/공학 분야의 연구를 위해 대규모 병렬 계산 또는 첨단 계산 기법을 필요로 하는 슈퍼컴퓨터 사용자들을 지원하고 있음. 올해는 NVIDIA와 함께 GPU기반 최적 병렬화와 AI 관련 연구협력 프로그램을 시작합니다. 지원의 일환으로 사용자들이 슈퍼컴퓨터를 이용하여 문제 해결에 필요한 시간을 단축하거나, 현재보다 훨씬 더 큰 규모의 문제에 도전하는 등 보다 높은 연구 생산성을 얻을 수 있도록 성능최적화 및 병렬화를 지원합니다. 이를 위해 기존 연구를 계산 규모나 성능 측면에서 큰 폭으로 확장할 수 있는 주제를 발굴하고 지원을 제공하기 위해 진행합니다. GPU 최적병렬화(성능최적화 및 병렬화)란? 슈퍼컴퓨터들은 대규모 병렬 구조로, 동시에 ..

본 문서는 뉴론 시스템에서 가우시안 소프트웨어 사용을 위한 기초적인 정보를 제공하고 있습니다. 따라서, 가우시안 소프트웨어 사용법 및 뉴론/리눅스 사용법 등은 포함되어 있지 않습니다. 뉴론/리눅스 사용법에 대한 정보는 KISTI 홈페이지 (https://www.ksc.re.kr)의 기술지원 > 지침서 내 뉴론 사용자 지침서 등을 참고하시기 바랍니다. 1. 가우시안 소개가우시안은 에너지, 분자구조 및 진동주파수를 예측하는 분자 모델링 패키지이며, 화학, 물리, 생명과학, 공학 분야 연구자를 위한 프로그램입니다. 자세한 사항은 가우시안 사의 홈페이지를 통해 얻을 수 있습니다.홈페이지 주소: http://gaussian.com 2. 설치 버전 및 라이선스- 설치 버전 : Rev.A03, Rev.B01, Rev..

KISTI 슈퍼컴퓨터센터의 장비에 qe-6.4 source 버전으로 설치하는 방법에 대하여 소개한다. 1. 설치 환경 구분 내용 대상 시스템 뉴론 OS Version 리눅스 / CentOS 7.4 CPU Intel Xeon E5-2670 v2 컴파일러 PGI 2019 Version MPI Openmpi 3.1.0 Version 기타 CUDA 10.0 2. 설치 전 환경 설정 KISTI 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인 Environment Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다. [ 환경 설정 ] $ module l..

KISTI 슈퍼컴퓨터센터의 장비에 NAMD 2.12 소스를 (CUDA 기반의) GPU 기능을 사용하는 버전으로 설치하는 방법에 대하여 소개한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템뉴론 OS Version리눅스 / CentOS 7.4 CPUIntel Xeon E5-2670 v2 컴파일러Intel 2018 Version MPIMvapich2 2.3 Version 기타 Intel MKL Math Library, CUDA 10.0 2. 설치 전 환경 설정KISTI 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인Environment Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고,이하 설치 소개 에서는 module load를 ..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 gromacs-2018.6 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템뉴론 (GPU Cluster System) OS Version리눅스 / CentOS 7.4 CPUIntel Xeon E5-2670 v2 GPUNVIDIA Tesla V100 컴파일러Intel 2018.2 Version MPImvapich2 2.3 기타 Intel MKL Math LibraryCUDA 10.0 2. 설치 전 환경 설정 누리온 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 modu..

KISTI 슈퍼컴퓨터센터의 장비에 lammps-16Mar18 source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템뉴론 OS Version리눅스 / CentOS 7.4 CPUIntel Xeon E5-2670 v2 컴파일러Intel 2018 Version MPIMvapich2 2.3 Version 기타 Intel MKL Math Library, CUDA 10.0 2. 설치 전 환경 설정KISTI 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인 Environment Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법..

안녕하십니까? 한국과학기술정보연구원 슈퍼컴퓨팅인프라센터입니다. 슈퍼컴퓨팅인프라센터에서는 국내 연구자들에게 최고의 연구 환경을 제공하기 위해 슈퍼컴퓨터 5호기(Nurion)를 서비스하고 있습니다. 슈퍼컴 5호기(Nurion)시스템이 인텔 매니코어 및 x86 아키텍쳐로 구성됨에 따라 연구자들의 다양한 연구환경(GPU를 통한 성능 가속이 뛰어난 HPC, 기계학습 및 빅데이터 분야의 연구/개발)을 지원하기 위해, GPU 클러스터(KAT)시스템을 2019년 5일 9일부터 공식 서비스 오픈 합니다. 1. 서비스 일정 o KAT 시스템 서비스 오픈 : 2019년 5월 9일(목) 10:00 o [공식서비스(무상)] 사용자 코드 포팅 : 2019년 5월 9일 ~ 2019년 6월 30일 o [공식서비스(유·무상)] KAT..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 뉴론 시스템에 vasp 5.4.4 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 합니다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템 뉴론OS Version 리눅스 / CentOS 7.4 CPU Intel Xeon E5-2670 v2 컴파일러 Intel 2018 Version MPI Mvapich2 2.3 Version 기타 Intel MKL Math Library, cuda 10.0 2. 설치 전 환경 설정 뉴론 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용합니다. [ 환경 ..

2019년 05월 서비스 오픈하는 뉴론 시스템의 제원은 다음과 같습니다. 1. GPU 노드 제원 (1) ivy_k40_2 구분 내용 CPU Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2670 v2 @ 2.5GHz ( 노드 당 2 소켓, 총 20코어 ) GPU NVIDIA Tesla K40m (1 노드당 2 K40 카드 탑재) CPU 메모리 DDR3/1866MHz (노드당 128GB, CPU 코어 당 6.4GB) GPU 메모리 K100 카드당 12GB 운영체제 CentOS 7.4 할당 노드 수 4 Total CPU core 수 80 최대제출/실행 작업개수 2 사용자별 최대 GPU 점유개수 6 (2) ivy_v100 구분 내용 CPU Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2670 v2 @ 2.5GHz ..

안녕하십니까? 슈퍼컴퓨팅본부입니다. 지난 3차 베타서비스에 이어 V100 GPU 9대를 추가한 KAT시스템을 아래와 같이 4차 베타서비스 합니다. GPU 컴퓨팅 및 최신 아키텍쳐의 CPU사용에 관심 있는 사용자분들께서는 사용신청해주시기 바랍니다. 1. 베타서비스 기간 2018년 12월 10일~2019년 2월 9일 (2개월간, 추후 변경가능) 2. 대상 GPU 활용이 필요한 연구 주제를 보유한 연구자 3. 신청기간 2018년 11월 21일 ~ 2018년 11월 29일까지 4. 신청방법 연구지원프로그램 신청시스템 ( https://enables.ksc.re.kr )을 통해 신청 5. 시스템 사양 계산노드 - 총 42노드 - single K40 GPU 8노드 (노드당 K40카드 한장) - dual V100 G..