뉴론 GROMACS-2016.4 (GPU 버전) 설치

이 문서는 GROMACS-2016.4 소스를 (CUDA 기반의) GPU 기능을 사용하는 버전으로 빌드하는 방법에 대해 소개한다. 

1. 설치 환경

구분	내용
대상 시스템	뉴론 (GPU Cluster System)
OS Version	리눅스 / CentOS 7.4
CPU	Intel Xeon E5-2670 v2
컴파일러	intel compiler 2018.0.2
GPU	NVIDIA Tesla V100
기타	intel mkl  mvapich2 2.3 CUDA 10.0

2. 설치 과정

 소스 파일은 아래 사이트에서 다운로드 받을 수 있다.

   http://www.gromacs.org 

GROMACS 소스 압축 풀기 & 빌드할 디렉토리 생성
$ tar xzf gromacs-2016.4.tar.gz  $ cd gromacs-2016.4   $ mkdir build  $ cd build

 intel mkl 라이브러리를 사용하기 위해서는 아래의 cmake 명령을 참고하여 수행한다. 

intel mkl 을 사용하기 위한 cmake 명령
$ module load intel/18.0.2 cuda/10.0 cudampi/mvapich2-2.3  $ module load cmake/3.12.3 $ export CC=mpicc  $ export CXX=mpicxx  $ cmake -DGMX_OPENMP=ON -DGMX_GPU=ON -DGMX_MPI=ON  \ -DGMX_FFT_LIBRARY=mkl \ -DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release \ -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${HOME}/applications/GROMACS/2016.4 \ -DGMX_HWLOC=OFF \ .. $ make $ make install

 ※ 옵션  - 설치할 디렉토리를 명시하고자 할때 : -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=<GROMACS_INSTALL_DIR> 를 추가한다. 

  

[참고] 뉴론시스템 상에서 slurm 스케쥴러를 이용한 간단한 테스트

테스트 방법
$ module load intel/18.0.2 cuda/10.0 cudampi/mvapich2-2.3  gromacs/2016.4 $ cp /apps/applications/test_samples/Gromacs/* . $ tar xvzf water_GMX50_bare.tar.gz $ gmx_mpi grompp -f pme.mdp -c conf.gro -p topol.top -o topol_pme.tpr $ gmx_mpi grompp -f rf.mdp -c conf.gro -p topol.top -o topol_rf.tpr $ sbatch gromacs.sh

작업 스크립트 (gromacs.sh)
#!/bin/sh #SBATCH -J “gromacs_test” #SBATCH -p ivy_v100_2 #SBATCH -N 1 #SBATCH -n 4 #SBATCH -o %x_%j.out #SBATCH -e %x_%j.err #SBATCH -t 00:30:00 #SBATCH --gres=gpu:2 #SBATCH --comment gromacs ulimit -s unlimited srun gmx_mpi mdrun -ntomp 5 -dlb yes -nb gpu -nsteps 4000 -s ./topol_pme.tpr