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뉴론 GROMACS-2018.6 (GPU 버전) 설치 본문

SW 설치 문서 창고/뉴론(Neuron) (GPU Cluster System)

뉴론 GROMACS-2018.6 (GPU 버전) 설치

슈퍼컴퓨팅인프라센터 2019. 5. 29. 17:56

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 gromacs-2018.6 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다.


1. 설치 환경

  구분

내용 

 대상 시스템

뉴론 (GPU Cluster System)

 OS Version

리눅스 / CentOS 7.4

 CPU

Intel Xeon E5-2670 v2

 GPU

NVIDIA Tesla V100

 컴파일러

Intel 2018.2 Version

 MPI

mvapich2 2.3

 기타

Intel MKL Math Library

CUDA 10.0


2. 설치 전 환경 설정

  누리온 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 

  환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고,

  이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다.


[ 환경 설정 ]

 $ module load intel/18.0.2 cuda/10.0 cudampi/mvapich2-2.3 cmake/3.12.3


3. gromacs-2018.6 버전 설치 과정

 설치 과정 소개는 tar 를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법등 진행 절차를 위주로 설명하고,
 소스 파일 다운로드 등은 생략한다.  

 설치 과정

$ export CC=mpicc 

$ export CXX=mpicxx 


$ tar xvzf gromacs-2018.6.tar.gz

$ cd gromacs-2018.6

mkdir build

$ cd build

$ cmake -DGMX_OPENMP=ON -DGMX_GPU=ON -DGMX_MPI=ON  \

-DGMX_FFT_LIBRARY=mkl \

-DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release \

-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${HOME}/GROMACS/2018.6 \

-DGMX_HWLOC=OFF \

..

 $ make

 $ make install

※ "-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${HOME}/GROMACS/2018.6"는 예시로 설치 희망하는 디렉토리로 명시한다.

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