KISTI 슈퍼컴퓨팅 블로그

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 AutoDock Vina-1.1.2 Source 버전으로 설치하는 방법에 대하여 소개한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템 누리온 OS Version 리눅스 / CentOS 7.7 CPU Intel(R) Xeon(R) Gold 6126 컴파일러 gcc 4.8.5 / intel 2018.3 MPI 기타 2. 설치 전 환경 설정누리온 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 설정하기 위하여 환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고,이하 설치 소개에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다. [ 환경 설정 ]1) GNU 컴파일러 사용 시- 별도의 환경설정 불필요 2..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 ParaView-v5.2.0 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템 누리온 OS Version 리눅스 / CentOS 7.7 CPU Intel(R) Xeon(R) Gold 6126 컴파일러 Intel 2018.3 MPI Intel MPI 2018.3 기타 2. 설치 전 환경 설정누리온 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 설정하기 위하여 환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고,이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다. [ 환경 설정 ] $ module load intel/18.0.3 ..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 foam-extend-3.1 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템 누리온 OS Version 리눅스 / CentOS 7.7 CPU Intel(R) Xeon(R) Gold 6126 컴파일러 Gcc 7.2.0 MPI OpenMPI 3.1.0 기타 2. 설치 전 환경 설정누리온 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 설정하기 위하여 환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고,이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다. [ 환경 설정 ] $ module load gcc/7.2.0 openmpi/3..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 CP2K-v6.1.0 Source 버전으로 공용 파일시스템인 /apps에 설치했던 내용을 정리하여 사용자들이 설치하는 방법에 대하여 참고할 수 있도록 내용을 소개 한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템 누리온OS Version 리눅스 / CentOS 7.7 CPU Intel(R) Xeon Phi(TM) CPU 7250 컴파일러 Gcc 6.1.0 MPI OpenMPI 3.1.0 기타 Cmake 3.12.3 2. 설치 전 환경 설정 CP2K 설치에는 여러 의존성 패키지들이 필요하다. 본 내용은 컴파일러와 MPI, CMAKE를 제외한 의존 라이브러리들을 CP2K 의 toolchain 을 이용하는 방법으로 소개한다. [ 환경 설정 ] $ module load gc..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 뉴론 시스템에 OpenFOAM-v1912 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템 뉴론OS Version 리눅스 / CentOS 7.4 CPU Intel(R) Xeon(R) Gold 6140 컴파일러 Intel 2018.2 MPI IntelMPI 2018.2 기타 2. 설치 전 환경 설정 OpenFOAM-v1912 버전 설치에 필요한 gmp, mpfr, mpc, boost, CGAL 는 뉴론 시스템에 미리 설치된 /apps/common 라이브러리들을 사용한다. 만약 다른 버전의 gmp, mpfr, mpc, boost, CGAL 가 필요한 경우는 사용자의 홈 디렉토리(/home01/$USER)에 설치 후 환경설정을 해서 사용..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 OpenFOAM-v1912 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템 누리온OS Version 리눅스 / CentOS 7.7 CPU Intel(R) Xeon(R) Gold 6126 컴파일러 Intel 2018.3 MPI IntelMPI 2018.3 기타 2. 설치 전 환경 설정 OpenFOAM-v1912 버전 설치에 필요한 gmp, mpfr, mpc, boost, CGAL 는 누리온 시스템에 미리 설치된 /apps/common 라이브러리들을 사용한다. 만약 다른 버전의 gmp, mpfr, mpc, boost, CGAL 가 필요한 경우는 사용자의 홈 디렉토리(/home01/$USER)에 설치 후 환경설정을 해서..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 gromacs-2020.2 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템 누리온 OS Version 리눅스 / CentOS 7.7 CPU Intel(R) Xeon Phi(TM) CPU 7250 컴파일러 Intel 2019.5 Version MPI IntelMPI 2019.5 Version 기타 Intel MKL Math Library 2. 설치 전 환경 설정 누리온 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 gromacs-2020.2 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템 누리온 OS Version 리눅스 / CentOS 7.7 CPU Intel(R) Xeon(R) Gold 6148 컴파일러 Intel 2019.5 Version MPI IntelMPI 2019.5 Version 기타 Intel MKL Math Library 2. 설치 전 환경 설정 누리온 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다. ..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 vasp 6.1.0 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템 누리온OS Version 리눅스 / CentOS 7.7 CPU Intel(R) Xeon Phi(TM) CPU 7250 컴파일러 Intel 2018.3 Version MPI IntelMPI 2018.3 Version 기타 Intel MKL Math Library 2. 설치 전 환경 설정 누리온 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다. [..

KISTI 슈퍼컴퓨터센터의 장비에 v_sim-3.7.2 source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템누리온 OS Version리눅스 / CentOS 7.7 CPUIntel(R) Xeon(R) Gold 6126 컴파일러gcc 4.8.5 Version 2. 설치 과정 설치 과정 소개는 tar 를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법등 진행 절차를 위주로 설명하고, 소스 파일 다운로드 등은 생략한다. v_sim은 dependency로 인하여 설치 전 Intltool와 harfbuzz 라이브러리에 대한 설치가 사전에 완료되어야 한다. 설치 경로는 ${HOME}/apps/vsim을 사용하였다. 이 위치는 사용자에게 맞는 위치로 변경하여야 한다. 아래의 방법으로 설치..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 R-3.6.2 를 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템 누리온OS Version 리눅스 / CentOS 7.3 CPU Intel(R) Xeon(R) Gold 6126 컴파일러 gcc 4.8.5 Version MPI 기타 CURL 2. 설치 전 환경 설정 안전한 설치를 위하여 디버그 노드에서 interactive 하게 접속하여 설치를 진행하며, 누리온 시스템의 기본 컴파일러인 gcc-4.8.5 를 사용하고 의존성 라이브러리인 CURL 을 환경설정하여 설치를 진행한다. [ 디버그 노드 접속 ] $ cds $ qsub -I -V -l select=1:ncpus=68:ompthreads=1 -l walltime..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 OpenFOAM-v7 Source 버전으로 설치하는 과정을 정리하여 사용자들이 설치하는 방법에 대하여 참고할 수 있도록 내용을 소개한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템누리온 OS Version리눅스 / CentOS 7.3 CPUIntel(R) Xeon(R) Gold 6126 컴파일러 Intel 2018.3 MPIIntelMPI 2018.3 기타 2. 설치 전 환경 설정OpenFOAM-v7 버전 설치에 필요한 gmp, mpfr, mpc, boost, CGAL은 누리온 시스템에 미리 설치된 /apps/commons 라이브러리들을 사용한다.만약 다른 버전의 gmp, mpfr, mpc, boost, CGAL이 필요한 경우는 사용자의 홈 디렉터리(/home01/$..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 OpenFOAM-v7 Source 버전으로 설치하는 과정을 정리하여 사용자들이 설치하는 방법에 대하여 참고할 수 있도록 내용을 소개한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템누리온 OS Version리눅스 / CentOS 7.3 CPUIntel(R) Xeon Phi(TM) CPU 7250 컴파일러 Intel 2018.3 MPIIntelMPI 2018.3 기타 2. 설치 전 환경 설정OpenFOAM-v7 버전 설치에 필요한 gmp, mpfr, mpc, boost, CGAL은 누리온 시스템에 미리 설치된 /apps/commons 라이브러리들을 사용한다.만약 다른 버전의 gmp, mpfr, mpc, boost, CGAL이 필요한 경우는 사용자의 홈 디렉터리(/home..

KISTI 슈퍼컴퓨터센터의 장비에 qe-6.4 source 버전으로 설치하는 방법에 대하여 소개한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템뉴론 OS Version리눅스 / CentOS 7.4 CPUIntel Xeon E5-2670 v2 컴파일러PGI 2019 Version MPIOpenmpi 3.1.0 Version 기타 CUDA 10.0 2. 설치 전 환경 설정KISTI 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인 Environment Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다.[ 환경 설정 ] $ module load pgi/..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 CP2K-v5.1.0 Source 버전으로 공용 파일시스템인 /apps에 설치했던 내용을 정리하여 사용자들이 설치하는 방법에 대하여 참고할 수 있도록 내용을 소개 한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템 누리온OS Version 리눅스 / CentOS 7.3 CPU Intel(R) Xeon Phi(TM) CPU 7250 컴파일러 Gcc 6.1.0 MPI OpenMPI 3.1.0 기타 Cmake 3.12.3 2. 설치 전 환경 설정 CP2K 설치에는 여러 의존성 패키지들이 필요하다. 본 내용은 컴파일러와 MPI, CMAKE를 제외한 의존 라이브러리들을 CP2K 의 toolchain 을 이용하는 방법으로 소개한다. [ 환경 설정 ] $ module load gc..