KISTI 슈퍼컴퓨팅 블로그

슈퍼컴퓨팅본부에서는 KISTI 슈퍼컴퓨터 사용자지원 정책에 따라 계산과학/공학 분야의 연구를 위해 대규모 병렬 계산 또는 첨단 계산 기법을 필요로 하는 슈퍼컴퓨터 사용자들을 지원하고 있음. 올해는 NVIDIA와 함께 GPU기반 최적 병렬화와 AI 관련 연구협력 프로그램을 시작합니다. 지원의 일환으로 사용자들이 슈퍼컴퓨터를 이용하여 문제 해결에 필요한 시간을 단축하거나, 현재보다 훨씬 더 큰 규모의 문제에 도전하는 등 보다 높은 연구 생산성을 얻을 수 있도록 성능최적화 및 병렬화를 지원합니다. 이를 위해 기존 연구를 계산 규모나 성능 측면에서 큰 폭으로 확장할 수 있는 주제를 발굴하고 지원을 제공하기 위해 진행합니다. GPU 최적병렬화(성능최적화 및 병렬화)란? 슈퍼컴퓨터들은 대규모 병렬 구조로, 동시에 ..

KISTI 국가슈퍼컴퓨팅센터는 초고성능컴퓨팅 (High Performance Computing, 이하 HPC) 육성법에 근거하여 국가 차원의 초고성능컴퓨팅을 육성하고 있습니다. 국내 계산과학공학분야 연구자에게 연구지원 프로그램을 통해 초고성능컴퓨팅 자원을 무상으로 제공해 왔습니다. 2021년도 슈퍼컴퓨터 5호기 활용을 위한 초고성능컴퓨팅 기반 R&D 혁신지원 프로그램 1차 연구과제를 아래와 같이 공모하오니, 희망 연구자는 마감일을 지켜 신청서를 제출해 주시기 바랍니다. ㅇ 신청기간 - 2021년 3월 2일 ~ 2021년 3월 16일 ㅇ 신청방법 - 국가슈퍼컴퓨팅센터 홈페이지 '자원신청->R&D 혁신지원 프로그램 신청'에서 신청(아래링크) www.ksc.re.kr/jwjg/hsjw/hsjwsc/view/1..

KISTI는 초고성능컴퓨팅 (High Performance Computing, 이하 HPC) 육성법에 근거하여 국가 차원의 초고성능컴퓨팅을 육성하고 있습니다. KISTI 국가슈퍼컴퓨팅센터는 국내 계산과학공학분야 연구자에게 연구지원 프로그램을 통해 초고성능컴퓨팅 자원을 무상으로 제공해 왔습니다. 국가슈퍼컴퓨팅센터에서는 2020년도 슈퍼컴퓨터 5호기 활용을 위한 초고성능컴퓨팅 기반 R&D 혁신지원 프로그램 3차 연구과제를 아래와 같이 공모하오니, 희망 연구자는 마감일을 지켜 신청서를 제출해 주시기 바랍니다. ㅇ 신청기간 - 2020년 11월 2일 ~ 2020년 11월 16일(17시 마감) ㅇ 신청방법 - 국가슈퍼컴퓨팅센터 홈페이지 '자원신청->R&D 혁신지원 프로그램 신청'에서 신청(아래링크) www.ksc..

본 문서는 누리온 시스템에서 가우시안 소프트웨어 사용을 위한 기초적인 정보를 제공하고 있습니다. 따라서, 가우시안 소프트웨어 사용법 및 누리온/리눅스 사용법 등은 포함되어 있지 않습니다. 누리온/리눅스 사용법에 대한 정보는 KISTI 홈페이지 (https://www.ksc.re.kr)의 기술지원 > 지침서 내 누리온 사용자 지침서 등을 참고하시기 바랍니다. 1. 가우시안 소개가우시안은 에너지, 분자구조 및 진동주파수를 예측하는 분자 모델링 패키지이며, 화학, 물리, 생명과학, 공학 분야 연구자를 위한 프로그램입니다. 자세한 사항은 가우시안 사의 홈페이지를 통해 얻을 수 있습니다.홈페이지 주소: http://gaussian.com 2. 설치 버전 및 라이선스- 설치 버전 : Rev.A03, Rev.B01,..

KISTI 슈퍼컴퓨터센터의 장비에 qe-6.4 source 버전으로 설치하는 방법에 대하여 소개한다. 1. 설치 환경 구분 내용 대상 시스템 뉴론 OS Version 리눅스 / CentOS 7.4 CPU Intel Xeon E5-2670 v2 컴파일러 PGI 2019 Version MPI Openmpi 3.1.0 Version 기타 CUDA 10.0 2. 설치 전 환경 설정 KISTI 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인 Environment Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다. [ 환경 설정 ] $ module l..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 CP2K-v5.1.0 Source 버전으로 공용 파일시스템인 /apps에 설치했던 내용을 정리하여 사용자들이 설치하는 방법에 대하여 참고할 수 있도록 내용을 소개 한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템 누리온OS Version 리눅스 / CentOS 7.3 CPU Intel(R) Xeon Phi(TM) CPU 7250 컴파일러 Gcc 6.1.0 MPI OpenMPI 3.1.0 기타 Cmake 3.12.3 2. 설치 전 환경 설정 CP2K 설치에는 여러 의존성 패키지들이 필요하다. 본 내용은 컴파일러와 MPI, CMAKE를 제외한 의존 라이브러리들을 CP2K 의 toolchain 을 이용하는 방법으로 소개한다. [ 환경 설정 ] $ module load gc..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 OpenFOAM-v5.0 Source 버전으로 공용 파일시스템인 /apps에 설치했던 내용을 정리하여 사용자들이 설치하는 방법에 대하여 참고할 수 있도록 내용을 소개 한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템 누리온OS Version 리눅스 / CentOS 7.3 CPU Intel(R) Xeon(R) Gold 6126 컴파일러 Intel 2018.3 MPI IntelMPI 2018.3 기타 2. 설치 전 환경 설정 OpenFOAM-v5.x 버전 설치에 필요한 gmp, mpfr, mpc, boost, CGAL 는 누리온 시스템에 미리 설치된 /apps/common 라이브러리들을 사용한다. 만약 다른 버전의 gmp, mpfr, mpc, boost, CGAL 가 필..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 OpenFOAM-v5.0 Source 버전으로 공용 파일시스템인 /apps에 설치했던 내용을 정리하여 사용자들이 설치하는 방법에 대하여 참고할 수 있도록 내용을 소개 한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템 누리온OS Version 리눅스 / CentOS 7.3 CPU Intel(R) Xeon Phi(TM) CPU 7250 컴파일러 Intel 2018.3 MPI IntelMPI 2018.3 기타 2. 설치 전 환경 설정 OpenFOAM-v5.x 버전 설치에 필요한 gmp, mpfr, mpc, boost, CGAL 는 누리온 시스템에 미리 설치된 /apps/common 라이브러리들을 사용한다. 만약 다른 버전의 gmp, mpfr, mpc, boost, CGAL..

뉴론 시스템은 스케쥴러로 slurm 을 사용하고 있습니다. 이 문서에서는 사용자가 뉴론 시스템에서 기본적인 작업 제출을 할 수 있는데 목적을 두고 있으며, MPI 작업 제출 등은 별도의 문서에서 설명할 계획입니다. 그 밖의 자세한 정보는 아래를 참고해 주시기 바랍니다. [ slurm 온라인 문서 ]https://slurm.schedmd.com/documentation.html 1. 기본명령어 요약 명령어 내용 $ sbatch [옵션..] 스크립트 작업 제출 $ scancel 작업ID 작업 삭제 $ squeue 작업 상태 확인 $ smap 작업 상태 및 노드 상태 확인 $ sinfo [옵션..] 노드 정보 확인 2. sinfo slurm 노드 및 파티션 정보를 조회합니다. 사용방법 및 예제는 아래와 같습니..

본 문서는 누리온 시스템에서 ABAQUS 소프트웨어 사용을 위한 기초적인 정보를 제공하고 있습니다. 따라서, ABAQUS 소프트웨어 사용법 및 누리온/리눅스 사용법 등은 포함되어 있지 않습니다. 누리온/리눅스 사용법에 대한 정보는 KISTI 홈페이지 (https://www.ksc.re.kr)의 기술지원 > 지침서 내 누리온 사용자 지침서 등을 참고하시기 바랍니다. 1. 사용 정책 - 사용자별 최대 40개 CPU 코어 수행 가능합니다. - 한정된 라이선스를 슈퍼컴 사용자들이 함께 사용하므로, 사용정책 기준을 초과하여 사용할 경우 해당 작업은 관리자가 강제 종료 합니다. - 부득이하게 많은 라이선스가 필요할 경우, KISTI 홈페이지 (https://www.ksc.re.kr)를 통해 사전에 관리자와 협의해야..

KISTI 슈퍼컴퓨터센터의 장비에 NAMD 2.12 소스를 (CUDA 기반의) GPU 기능을 사용하는 버전으로 설치하는 방법에 대하여 소개한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템뉴론 OS Version리눅스 / CentOS 7.4 CPUIntel Xeon E5-2670 v2 컴파일러Intel 2018 Version MPIMvapich2 2.3 Version 기타 Intel MKL Math Library, CUDA 10.0 2. 설치 전 환경 설정KISTI 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인Environment Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고,이하 설치 소개 에서는 module load를 ..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 gromacs-2018.6 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템뉴론 (GPU Cluster System) OS Version리눅스 / CentOS 7.4 CPUIntel Xeon E5-2670 v2 GPUNVIDIA Tesla V100 컴파일러Intel 2018.2 Version MPImvapich2 2.3 기타 Intel MKL Math LibraryCUDA 10.0 2. 설치 전 환경 설정 누리온 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 modu..

본 문서는 누리온 시스템에서 OpenFOAM 소프트웨어 사용을 위한 기초적인 정보를 제공하고 있습니다. 따라서, OpenFOAM 소프트웨어 사용법 및 누리온/리눅스 사용법 등은 포함되어 있지 않습니다. 누리온/리눅스 사용법에 대한 정보는 KISTI 홈페이지 (https://www.ksc.re.kr)의 기술지원 > 지침서 내 누리온 사용자 지침서 등을 참고하시기 바랍니다.OpenFOAM 사용법에 대한 정보는 OpenFOAM 사이트(https://www.openfoam.com, https://openfoam.org, http://openfoamwiki.net)를 참고하시기 바랍니다. 1. 소프트웨어 설치 정보(1) 설치 버전 - 4.1(KNL, SKL), 5.0(KNL, SKL), 7.0(KNL, SKL),..

KISTI 슈퍼컴퓨터센터의 장비에 lammps-16Mar18 source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템뉴론 OS Version리눅스 / CentOS 7.4 CPUIntel Xeon E5-2670 v2 컴파일러Intel 2018 Version MPIMvapich2 2.3 Version 기타 Intel MKL Math Library, CUDA 10.0 2. 설치 전 환경 설정KISTI 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인 Environment Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법..

이 문서는 GROMACS-2016.4 소스를 (CUDA 기반의) GPU 기능을 사용하는 버전으로 빌드하는 방법에 대해 소개한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템뉴론 (GPU Cluster System) OS Version리눅스 / CentOS 7.4 CPUIntel Xeon E5-2670 v2 컴파일러intel compiler 2018.0.2 GPUNVIDIA Tesla V100 기타 intel mkl mvapich2 2.3CUDA 10.0 2. 설치 과정 소스 파일은 아래 사이트에서 다운로드 받을 수 있다. http://www.gromacs.org GROMACS 소스 압축 풀기 & 빌드할 디렉토리 생성 $ tar xzf gromacs-2016.4.tar.gz $ cd gromacs-2016.4 $..