KISTI 슈퍼컴퓨팅 기술 블로그

뉴론 VASP 5.4.4 설치 (GPU 버전) 본문

SW 설치 문서 창고/뉴론(Neuron) (GPU Cluster System)

뉴론 VASP 5.4.4 설치 (GPU 버전)

슈퍼컴퓨팅인프라센터 2019. 4. 30. 10:01

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 뉴론 시스템에 vasp 5.4.4 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 합니다.


1. 설치 환경

 구분

내용

 대상 시스템

 뉴론

OS Version 

 리눅스 / CentOS 7.4

 CPU

 Intel Xeon E5-2670 v2

 컴파일러

 Intel 2018 Version

 MPI

 Mvapich2 2.3 Version

 기타

 Intel MKL Math Library, cuda 10.0


2. 설치 전 환경 설정

  뉴론 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 

  환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고,

  이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용합니다.


[ 환경 설정 ]

 $ module load intel/18.0.2 cuda/10.0 cudampi/mvapich2-2.3


3. vasp 5.4.4 버전 설치 과정

 설치 과정 소개는 tar 를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법등 진행 절차를 위주로 설명하고,
 소스 파일 다운로드 등은 생략합니다.  

 설치 과정

tar xvzf vasp.5.4.4.tar.gz

$ cd vasp.5.4.4

cp arch/makefile.include.linux_intel ./makefile.include

$ vi makefile.include

 - - - - - [ makefile.include 파일 수정 내용] 참고

$ make gpu


[make.include 파일 수정 내용]

# Precompiler options
CPP_OPTIONS= -DHOST=\"LinuxIFC\"\
             -DMPI -DMPI_BLOCK=8000 \
             -Duse_collective \
             -DCACHE_SIZE=16000 \
             -Davoidalloc \
             -Duse_bse_te \
             -Dtbdyn \
             -Duse_shmem


CPP        = fpp -f_com=no -free -w0  $*$(FUFFIX) $*$(SUFFIX) $(CPP_OPTIONS)


FC         = mpif90
FCL        = mpif90 -mkl -lstdc++


FREE       = -free -names lowercase


FFLAGS     = -assume byterecl -w
OFLAG      = -O2 -fPIC -xAVX
OFLAG_IN   = $(OFLAG)
DEBUG      = -O0

MKL_PATH   = $(MKLROOT)/lib/intel64
BLAS       =
LAPACK     =
OBJECTS    = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o fftw3d.o

INCS       =-I$(MKLROOT)/include/fftw

LLIBS      = 


OBJECTS_O1 += fftw3d.o fftmpi.o fftmpiw.o
OBJECTS_O2 += fft3dlib.o


# For what used to be vasp.5.lib
CPP_LIB    = $(CPP)
FC_LIB     = $(FC)
CC_LIB     = icc
CFLAGS_LIB = -O
FFLAGS_LIB = -O1
FREE_LIB   = $(FREE)

OBJECTS_LIB= linpack_double.o getshmem.o


# For the parser library
CXX_PARS   = icpc

LIBS       += parser
LLIBS      += -Lparser -lparser -lstdc++


# Normally no need to change this
SRCDIR     = ../../src
BINDIR     = ../../bin


#================================================
# GPU Stuff


CPP_GPU    = -DCUDA_GPU -DRPROMU_CPROJ_OVERLAP -DUSE_PINNED_MEMORY -DCUFFT_MIN=28 -UscaLAPACK

OBJECTS_GPU = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o fftw3d_gpu.o fftmpiw_gpu.o

CC         = icc
CXX        = icpc
CFLAGS     = -fPIC -DADD_ -Wall -qopenmp -DMAGMA_WITH_MKL -DMAGMA_SETAFFINITY -DGPUSHMEM=300 -DHAVE_CUBLAS


CUDA_ROOT  ?= /apps/cuda/10.0
NVCC       := $(CUDA_ROOT)/bin/nvcc -ccbin=icc -std=c++11
CUDA_LIB   := -L$(CUDA_ROOT)/lib64 -lnvToolsExt -lcudart -lcuda -lcufft -lcublas


GENCODE_ARCH    := -gencode=arch=compute_35,code=\"sm_35,compute_35\" \

-gencode=arch=compute_70,code=\"sm_70,compute_70\"


MPI_INC    = /apps/compiler/intel/18.0.2/cudampi/10.0/mvapich2/2.3/include


4. 기타

vasp.5.4.4.18Apr17-6-g9f103f2a35 버전을 사용하는 경우 아래 참고 사이트를 확인하여 패치를 진행 해야 GPU 작업 오류가 발생하지 않습니다.


- 참고 : https://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/Installing_VASP

0 Comments
댓글쓰기 폼