KISTI 슈퍼컴퓨팅 기술 블로그

KISTI 뉴론 시스템에 lammps-27Oct2021버전을 설치하는 방법에 대해 소개한다. 설치 과정 소개는 tar 파일을 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법 등의 진행 절차를 위주로 설명하고, 소스 파일 다운로드 등은 생략한다. 1. 설치환경 구분 내용 대상 시스템 뉴론 OS Version 리눅스 / CentOS 7.9 CPU Intel(R) Xeon(R) Gold 5217 CPU @ 3.00GHz 컴파일러 GCC 10.2.0 MPI CUDA OpenMPI 4.1.1 기타 CUDA 11.4 2. 설치 전 환경설정 뉴론 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 손쉽게 설정하기 위하여, OpenSource 프로그램인 Environment Modules(https://modules.source..

본 문서는 뉴론 시스템에서 가우시안 소프트웨어 사용을 위한 기초적인 정보를 제공하고 있습니다. 따라서, 가우시안 소프트웨어 사용법 및 뉴론/리눅스 사용법 등은 포함되어 있지 않습니다. 뉴론/리눅스 사용법에 대한 정보는 KISTI 홈페이지 (https://www.ksc.re.kr)의 기술지원 > 지침서 내 뉴론 사용자 지침서 등을 참고하시기 바랍니다. 1. 가우시안 소개가우시안은 에너지, 분자구조 및 진동주파수를 예측하는 분자 모델링 패키지이며, 화학, 물리, 생명과학, 공학 분야 연구자를 위한 프로그램입니다. 자세한 사항은 가우시안 사의 홈페이지를 통해 얻을 수 있습니다.홈페이지 주소: http://gaussian.com 2. 설치 버전 및 라이선스- 설치 버전 : Rev.A03, Rev.B01, Rev..

KISTI 슈퍼컴퓨터센터의 장비에 qe-6.4 source 버전으로 설치하는 방법에 대하여 소개한다. 1. 설치 환경 구분 내용 대상 시스템 뉴론 OS Version 리눅스 / CentOS 7.4 CPU Intel Xeon E5-2670 v2 컴파일러 PGI 2019 Version MPI Openmpi 3.1.0 Version 기타 CUDA 10.0 2. 설치 전 환경 설정 KISTI 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인 Environment Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다. [ 환경 설정 ] $ module l..

뉴론 시스템은 스케쥴러로 slurm 을 사용하고 있습니다. 이 문서에서는 사용자가 뉴론 시스템에서 기본적인 작업 제출을 할 수 있는데 목적을 두고 있으며, MPI 작업 제출 등은 별도의 문서에서 설명할 계획입니다. 그 밖의 자세한 정보는 아래를 참고해 주시기 바랍니다. [ slurm 온라인 문서 ]https://slurm.schedmd.com/documentation.html 1. 기본명령어 요약 명령어 내용 $ sbatch [옵션..] 스크립트 작업 제출 $ scancel 작업ID 작업 삭제 $ squeue 작업 상태 확인 $ smap 작업 상태 및 노드 상태 확인 $ sinfo [옵션..] 노드 정보 확인 2. sinfo slurm 노드 및 파티션 정보를 조회합니다. 사용방법 및 예제는 아래와 같습니..

KISTI 슈퍼컴퓨터센터의 장비에 NAMD 2.12 소스를 (CUDA 기반의) GPU 기능을 사용하는 버전으로 설치하는 방법에 대하여 소개한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템뉴론 OS Version리눅스 / CentOS 7.4 CPUIntel Xeon E5-2670 v2 컴파일러Intel 2018 Version MPIMvapich2 2.3 Version 기타 Intel MKL Math Library, CUDA 10.0 2. 설치 전 환경 설정KISTI 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인Environment Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고,이하 설치 소개 에서는 module load를 ..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 gromacs-2018.6 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템뉴론 (GPU Cluster System) OS Version리눅스 / CentOS 7.4 CPUIntel Xeon E5-2670 v2 GPUNVIDIA Tesla V100 컴파일러Intel 2018.2 Version MPImvapich2 2.3 기타 Intel MKL Math LibraryCUDA 10.0 2. 설치 전 환경 설정 누리온 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 modu..

KISTI 슈퍼컴퓨터센터의 장비에 lammps-16Mar18 source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템뉴론 OS Version리눅스 / CentOS 7.4 CPUIntel Xeon E5-2670 v2 컴파일러Intel 2018 Version MPIMvapich2 2.3 Version 기타 Intel MKL Math Library, CUDA 10.0 2. 설치 전 환경 설정KISTI 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인 Environment Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법..

이 문서는 GROMACS-2016.4 소스를 (CUDA 기반의) GPU 기능을 사용하는 버전으로 빌드하는 방법에 대해 소개한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템뉴론 (GPU Cluster System) OS Version리눅스 / CentOS 7.4 CPUIntel Xeon E5-2670 v2 컴파일러intel compiler 2018.0.2 GPUNVIDIA Tesla V100 기타 intel mkl mvapich2 2.3CUDA 10.0 2. 설치 과정 소스 파일은 아래 사이트에서 다운로드 받을 수 있다. http://www.gromacs.org GROMACS 소스 압축 풀기 & 빌드할 디렉토리 생성 $ tar xzf gromacs-2016.4.tar.gz $ cd gromacs-2016.4 $..

안녕하십니까? 한국과학기술정보연구원 슈퍼컴퓨팅인프라센터입니다. 슈퍼컴퓨팅인프라센터에서는 국내 연구자들에게 최고의 연구 환경을 제공하기 위해 슈퍼컴퓨터 5호기(Nurion)를 서비스하고 있습니다. 슈퍼컴 5호기(Nurion)시스템이 인텔 매니코어 및 x86 아키텍쳐로 구성됨에 따라 연구자들의 다양한 연구환경(GPU를 통한 성능 가속이 뛰어난 HPC, 기계학습 및 빅데이터 분야의 연구/개발)을 지원하기 위해, GPU 클러스터(KAT)시스템을 2019년 5일 9일부터 공식 서비스 오픈 합니다. 1. 서비스 일정 o KAT 시스템 서비스 오픈 : 2019년 5월 9일(목) 10:00 o [공식서비스(무상)] 사용자 코드 포팅 : 2019년 5월 9일 ~ 2019년 6월 30일 o [공식서비스(유·무상)] KAT..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 뉴론 시스템에 vasp 5.4.4 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 합니다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템 뉴론OS Version 리눅스 / CentOS 7.4 CPU Intel Xeon E5-2670 v2 컴파일러 Intel 2018 Version MPI Mvapich2 2.3 Version 기타 Intel MKL Math Library, cuda 10.0 2. 설치 전 환경 설정 뉴론 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용합니다. [ 환경 ..

뉴론 시스템에는 mvapich2와 openmpi가 설치되어 있습니다. 이 문서에서는 MPI 기반 작업들을 slurm 스케쥴러를 이용해 작업 제출하는 방법에 대해 기술하고 있습니다. 1. mvapich2로 빌드된 애플리케이션의 작업 제출 뉴론 시스템에 설치되어 있는 mvapich2를 활용하기 위해서는 아래와 같은 module 명령으로 사용가능한 모듈 목록 및 모듈 사용법을 확인합니다. 2019년 5월 현재 뉴론 시스템에는 mvapich2-2.3이 설치되어 있으며, 이것은 gcc-4.8.5, intel-18.0.2, pgi-19.1 컴파일러로 빌드한 버전들이 존재합니다. 이를 사용하기 위해서는 위에 언급된 바와 같이 다음과 같이 module 명령어를 사용합니다. $ module load intel/18.0...

2019년 05월 서비스 오픈하는 뉴론 시스템의 제원은 다음과 같습니다. 1. GPU 노드 제원 (1) ivy_k40_2 구분 내용 CPU Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2670 v2 @ 2.5GHz ( 노드 당 2 소켓, 총 20코어 ) GPU NVIDIA Tesla K40m (1 노드당 2 K40 카드 탑재) CPU 메모리 DDR3/1866MHz (노드당 128GB, CPU 코어 당 6.4GB) GPU 메모리 K100 카드당 12GB 운영체제 CentOS 7.4 할당 노드 수 4 Total CPU core 수 80 최대제출/실행 작업개수 2 사용자별 최대 GPU 점유개수 6 (2) ivy_v100 구분 내용 CPU Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2670 v2 @ 2.5GHz ..

아나콘다(Anaconda)는 PYTHON 과 R 프로그래밍 언어로 된 과학 컴퓨팅(데이터 과학, 기계 학습 응용 프로그램, 대규모 데이터 처리, 예측 분석 등)분야의 패키지들의 모음을 제공하는 배포판이다.Anaconda 배포판은 1,200 만 명이 넘는 사용자가 사용하며 Windows, Linux 및 MacOS에 적합한 1400 가지 이상의 인기있는 데이터 과학 패키지를 포함한다.Anaconda를 설치하기 위해서는 https://www.anaconda.com 웹사이트에서 자신의 OS에 맞는 배포판을 다운받아 설치하면 된다.(예) Windows, MacOS, Linux현재 Anaconda 는 Python 3.7 기반의 버전과 Python 2.7 기반의 버전을 제공한다. conda 는 아나콘다에서 패키지 버..

안녕하십니까? 슈퍼컴퓨팅본부입니다. 지난 3차 베타서비스에 이어 V100 GPU 9대를 추가한 KAT시스템을 아래와 같이 4차 베타서비스 합니다. GPU 컴퓨팅 및 최신 아키텍쳐의 CPU사용에 관심 있는 사용자분들께서는 사용신청해주시기 바랍니다. 1. 베타서비스 기간 2018년 12월 10일~2019년 2월 9일 (2개월간, 추후 변경가능) 2. 대상 GPU 활용이 필요한 연구 주제를 보유한 연구자 3. 신청기간 2018년 11월 21일 ~ 2018년 11월 29일까지 4. 신청방법 연구지원프로그램 신청시스템 ( https://enables.ksc.re.kr )을 통해 신청 5. 시스템 사양 계산노드 - 총 42노드 - single K40 GPU 8노드 (노드당 K40카드 한장) - dual V100 G..

안녕하십니까? 슈퍼컴퓨팅센터입니다. 지난 1차 베타서비스에 이어 빅메모리노드와 skylake CPU 노드를 추가한 KAT시스템을 아래와 같이 2차 베타서비스 합니다. GPU 컴퓨팅 및 최신 아키텍쳐의 CPU사용에 관심 있는 사용자분들께서는 사용신청해주시기 바랍니다. 1. 베타서비스 기간: 2018년 5월 1일~2018년 7월 31일 (3개월간, 추후 변경가능) 2. 대상: 현재 슈퍼컴퓨팅 계정을 보유하고 있는 사용자 3. 신청기간: 2018년 4월 19일 ~ 2018년 4월 25일까지 4. 신청방법: 첨부파일의 신청방법을 참고하여 연구지원프로그램 신청시스템 (https://enables.ksc.re.kr )을 통해 신청 5. 시스템 사양: 계산노드 - 총 42노드 - K40 GPU 17노드 - V100 ..