KISTI 슈퍼컴퓨팅 기술 블로그

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 AutoDock Vina-1.1.2 Source 버전으로 설치하는 방법에 대하여 소개한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템 누리온 OS Version 리눅스 / CentOS 7.7 CPU Intel(R) Xeon(R) Gold 6126 컴파일러 gcc 4.8.5 / intel 2018.3 MPI 기타 2. 설치 전 환경 설정누리온 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 설정하기 위하여 환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고,이하 설치 소개에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다. [ 환경 설정 ]1) GNU 컴파일러 사용 시- 별도의 환경설정 불필요 2..

본 문서는 누리온 시스템에서 i-PI 소프트웨어 사용을 위한 기초적인 정보를 제공하고 있습니다. 따라서, i-PI 소프트웨어 사용법과 누리온/리눅스 사용법 등은 포함되어 있지 않습니다. 누리온/리눅스 사용법에 대한 정보는 KISTI 홈페이지 (https://www.ksc.re.kr)의 기술지원 > 지침서 내 누리온 사용자 지침서 등을 참고하시기 바랍니다. 1. i-PI 소개 - i-PI는 Python으로 작성된 Universal force engine 인터페이스입니다. - 원자간 상호작용에 대한 제일원리 평가 소프트웨어와 함께 사용하도록 설계되어 있습니다. - 본 문서는 i-PI와 LAMMPS를 같이 사용하는 경우에 대해 서술합니다. - LAMMPS 등 타 소프트웨어와 연동하여 계산을 수행하는 경우 상호..

KISTI는 초고성능컴퓨팅 (High Performance Computing, 이하 HPC) 육성법에 근거하여 국가 차원의 초고성능컴퓨팅을 육성하고 있습니다. KISTI 국가슈퍼컴퓨팅센터는 국내 계산과학공학분야 연구자에게 연구지원 프로그램을 통해 초고성능컴퓨팅 자원을 무상으로 제공해 왔습니다. 국가슈퍼컴퓨팅센터에서는 2020년도 슈퍼컴퓨터 5호기 활용을 위한 초고성능컴퓨팅 기반 R&D 혁신지원 프로그램 3차 연구과제를 아래와 같이 공모하오니, 희망 연구자는 마감일을 지켜 신청서를 제출해 주시기 바랍니다. ㅇ 신청기간 - 2020년 11월 2일 ~ 2020년 11월 16일(17시 마감) ㅇ 신청방법 - 국가슈퍼컴퓨팅센터 홈페이지 '자원신청->R&D 혁신지원 프로그램 신청'에서 신청(아래링크) www.ksc..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 ParaView-v5.2.0 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템 누리온 OS Version 리눅스 / CentOS 7.7 CPU Intel(R) Xeon(R) Gold 6126 컴파일러 Intel 2018.3 MPI Intel MPI 2018.3 기타 2. 설치 전 환경 설정누리온 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 설정하기 위하여 환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고,이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다. [ 환경 설정 ] $ module load intel/18.0.3 ..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 foam-extend-3.1 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다. 1. 설치 환경 구분 내용 대상 시스템 누리온 OS Version 리눅스 / CentOS 7.7 CPU Intel(R) Xeon(R) Gold 6126 컴파일러 Gcc 7.2.0 MPI OpenMPI 3.1.0 기타 2. 설치 전 환경 설정 누리온 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 설정하기 위하여 환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다. [ 환경 설정 ] $ module load gcc/7.2.0 openmp..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 CP2K-v6.1.0 Source 버전으로 공용 파일시스템인 /apps에 설치했던 내용을 정리하여 사용자들이 설치하는 방법에 대하여 참고할 수 있도록 내용을 소개 한다. 1. 설치 환경 구분 내용 대상 시스템 누리온 OS Version 리눅스 / CentOS 7.7 CPU Intel(R) Xeon Phi(TM) CPU 7250 컴파일러 Gcc 7.2.0 MPI OpenMPI 3.1.0 기타 Cmake 3.12.3 2. 설치 전 환경 설정 CP2K 설치에는 여러 의존성 패키지들이 필요하다. 본 내용은 컴파일러와 MPI, CMAKE를 제외한 의존 라이브러리들을 CP2K 의 toolchain 을 이용하는 방법으로 소개한다. [ 환경 설정 ] $ module load ..

1. 개요 MVAPICH2-X는 MVAPICH2를 기반으로 개발된 MPI 라이브러리로, 엑사스케일 컴퓨팅 환경에서의 통신 성능 최적화를 목표로 노드 간 통신 성능 및 노 내 통신 성능을 모두 고려하여 개발되었다. MVAPICH2-X는 ‘Advanced MPI and Unified MPI+PGAS Communication Runtime for Exascale Systems’ 을 의미하며, 매니코어 CPU 기반의 슈퍼컴퓨터에서 많이 활용되고 있으며 최근 클라우드 컴퓨팅 산업의 발전에 따라 Microsoft Azure 및 Amazon Web Service (AWS) 등 여러 시스템에서도 활용되고 있다. 계산 과학에서 Message Passing Interface (MPI) 는 가장 많이 사용되는 프로그래밍 모..

본 문서는 뉴론 시스템에서 OpenFOAM 소프트웨어 사용을 위한 기초적인 정보를 제공하고 있습니다. 따라서, OpenFOAM 소프트웨어 사용법 및 뉴론/리눅스 사용법 등은 포함되어 있지 않습니다. 뉴론/리눅스 사용법에 대한 정보는 KISTI 홈페이지 (https://www.ksc.re.kr)의 기술지원 > 지침서 내 뉴론 사용자 지침서 등을 참고하시기 바랍니다. OpenFOAM 사용법에 대한 정보는 OpenFOAM 사이트(https://www.openfoam.com, https://openfoam.org, http://openfoamwiki.net)를 참고하시기 바랍니다. 1. 소프트웨어 설치 정보 (1) 설치 버전 - v1912 (2) 설치 위치 Version CPU 구분 설치 경로 비고v1912SK..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 뉴론 시스템에 OpenFOAM-v1912 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템 뉴론OS Version 리눅스 / CentOS 7.4 CPU Intel(R) Xeon(R) Gold 6140 컴파일러 Intel 2018.2 MPI IntelMPI 2018.2 기타 2. 설치 전 환경 설정 OpenFOAM-v1912 버전 설치에 필요한 gmp, mpfr, mpc, boost, CGAL 는 뉴론 시스템에 미리 설치된 /apps/common 라이브러리들을 사용한다. 만약 다른 버전의 gmp, mpfr, mpc, boost, CGAL 가 필요한 경우는 사용자의 홈 디렉토리(/home01/$USER)에 설치 후 환경설정을 해서 사용..

KISTI는 초고성능컴퓨팅 (High Performance Computing, 이하 HPC) 육성법에 근거하여 국가 차원의 초고성능컴퓨팅을 육성하고 있습니다. KISTI 국가슈퍼컴퓨팅본부는 국내 계산과학공학분야 연구자에게 연구지원 프로그램을 통해 초고성능컴퓨팅 자원을 무상으로 제공해 왔습니다. 국가슈퍼컴퓨팅본부에서는 2020년도 슈퍼컴퓨터 5호기 활용을 위한 초고성능컴퓨팅 기반 R&D 혁신지원 프로그램 2차 연구과제를 아래와 같이 공모하오니, 희망 연구자는 마감일을 지켜 신청서를 제출해 주시기 바랍니다. ㅇ 신청기간 - 2020년 7월 1일 ~ 2020년 7월 14일 ㅇ 신청방법 - 국가슈퍼컴퓨팅본부 홈페이지 '자원신청->R&D 혁신지원 프로그램 신청'에서 신청(아래링크) https://www.ksc.r..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 OpenFOAM-v1912 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템 누리온OS Version 리눅스 / CentOS 7.7 CPU Intel(R) Xeon(R) Gold 6126 컴파일러 Intel 2018.3 MPI IntelMPI 2018.3 기타 2. 설치 전 환경 설정 OpenFOAM-v1912 버전 설치에 필요한 gmp, mpfr, mpc, boost, CGAL 는 누리온 시스템에 미리 설치된 /apps/common 라이브러리들을 사용한다. 만약 다른 버전의 gmp, mpfr, mpc, boost, CGAL 가 필요한 경우는 사용자의 홈 디렉토리(/home01/$USER)에 설치 후 환경설정을 해서..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 gromacs-2020.2 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다. 1. 설치 환경 구분 내용 대상 시스템 누리온 OS Version 리눅스 / CentOS 7.7 CPU Intel(R) Xeon Phi(TM) CPU 7250 컴파일러 Intel 2019.5 Version MPI IntelMPI 2019.5 Version 기타 Intel MKL Math Library 2. 설치 전 환경 설정 누리온 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 gromacs-2020.2 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템 누리온 OS Version 리눅스 / CentOS 7.7 CPU Intel(R) Xeon(R) Gold 6148 컴파일러 Intel 2019.5 Version MPI IntelMPI 2019.5 Version 기타 Intel MKL Math Library 2. 설치 전 환경 설정 누리온 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다. ..

KISTI 슈퍼컴퓨터 시스템에서는 기본적으로 스케줄러를 이용하여 작업을 제출하고 계산을 수행하도록 되어 있지만, 코드 개발이나 컴파일, 디버깅을 위해 자원을 할당받아 인터렉티브 모드로 작업을 수행할 수도 있다. 누리온과 뉴론은 각각 다른 스케줄러를 사용하고 있기 때문에 계산 자원을 할당받아 사용하는 명령은 다르다. ※ 2020년 6월 PM 이후, 2시간 이상 미사용시 타임아웃으로 작업이 종료되고 할당 받은 자원이 회수되며 인터렉티브 작업의 walltime은 최대 12시간으로 고정된다. ※ 인터렉티브 작업을 포함한 모든 작업 제출은 scratch 디렉토리에서 제출되어야 한다. ■ 누리온 인터렉티브 작업 제출 ○ 인터렉티브 작업 제출 $ qsub -I -l select=1:ncpus=64:ompthreads..

1. Jupyter 개요 가. JupyterHub ○ JupyterHub 란 멀티 사용자 환경에서 주피터 랩/노트북을 사용할 수 있는 오픈소스 소프트웨어를 뜻한다. ○ JupyterHub는 다양한 환경 (JupyterLab, Notebook, RStudio, Nteract 등)을 지원할 뿐만 아니라 인증 서버 (OAuth, LDAP, GitHub 등) 및 배치 스케줄러와도 (PBSPro, Slurm, LSF 등) 유연하게 연동 가능하다. ○ JupyterHub는 컨테이너 관리 플랫폼인 Kubernetes와도 연동이 쉬워 컨테이너 기반의 클라우드 환경에 쉽게 연동 가능하다. ※ Neuron 기반 JupyterHub는 5호기 Bright LDAP, OTP 인증기능을 추가하였고 Slurm 배치 스케줄러와 연동..