KISTI 슈퍼컴퓨팅 기술 블로그

KISTI 슈퍼컴퓨터센터의 장비에 lammps-3Mar20 source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다. 1. 설치 환경 구분 내용 대상 시스템 누리온 OS Version 리눅스 / CentOS 7.7 CPU Intel(R) Xeon(R) Gold 6126 컴파일러 Intel 2019.5 Version MPI IntelMPI 2019.5 Version 기타 Intel MKL Math Library 2. 설치 전 환경 설정 KISTI 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인 Environment Modules이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다. [ 환경 설정 ] $ module..

KISTI 슈퍼컴퓨터센터의 장비에 lammps-3Mar20 source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다. 1. 설치 환경 구분 내용 대상 시스템 누리온 OS Version 리눅스 / CentOS 7.7 CPU Intel(R) Xeon(R) Gold 6126 컴파일러 Intel 2019.5 Version MPI IntelMPI 2019.5 Version 기타 Intel MKL Math Library 2. 설치 전 환경 설정 KISTI 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인 Environment Modules이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다. [ 환경 설정 ] $ module..

Neuron[가속기] FAQ 모음 # 배치작업 (11) Q. 계산 노드에서 작업 실행은 어떻게 하나요? A. 계산 노드에서의 작업 실행은 작업 스케줄러인 SLURM를 통해 수행하실 수 있습니다. 작업에 따른 스크립트 예제는 뉴론 사용자 지침서를 참고바랍니다. 뉴론 사용자 지침서는 KISTI 슈퍼컴퓨팅센터 홈페이지(www.ksc.re.kr)에서 기술지원 > 지침서 > 하드웨어 > 뉴론 > "스케줄러(SLURM)을 통한 작업 실행" 에서 확인 가능합니다. job_script를 작성하시고 sbatch 명령을 통해 작업을 올리실 수 있습니다. $ sbatch mpi.sh Q. 제출 한 작업의 진행 상태를 알고 싶어요. A. 작업 상태를 알려주는 명령은 squeue 입니다. $ squeue - 사용자 ID로 확인..

Nurion [5호기] FAQ 모음 # 배치작업 (14) Q. 계산 노드에서 작업 실행은 어떻게 하나요? A. 계산 노드에서의 작업 실행은 작업 스케쥴러인 PBS를 통해 수행하실 수 있습니다. 작업에 따른 스크립트 예제는 홈폴더 ~/job_examples 에 있습니다. job_script를 작성하시고 qsub 명령을 통해 작업을 올리실 수 있습니다. $ qsub mpi.sh Q. 제출한 작업의 진행 상태를 알고 싶어요. A. 작업 상태를 알려주는 명령은 qstat 입니다. $ qstat - 내 작업만 확인하는 경우 $ qstat -u $USER - 작업ID 의 상세 정보 $ qstat -f {작업ID} Q. 사용할 수 있는 자원을 확인하는 방법은 어떻게 되나요? A. pbs_status 명령을 통해 현재..

안녕하세요? KISTI 슈퍼컴퓨터 5호기 누리온 사용자 지침서는 국가슈퍼컴퓨팅센터 웹사이트(https://www.ksc.re.kr/gsjw/jcs/hd)에서 확인가능합니다. 초보 사용자를 위한 동영상 지침서는 본 슈퍼컴퓨팅 블로그 "사용자 지침서/동영상 지침서 [초보사용자]" 카테고리에서 확인하실 수 있습니다. (동영상 지침서) 감사합니다.

다음은 KISTI 뉴론 시스템의 AMD 노드와 Cascade 노드의 CPU 만을 활용한 application 간 성능을 보여주는 예제이다. 1. 개요 비교 노드 cas_v100_2 amd core 수 1, 10, 20, 40 1, 10, 20, 40, 64 컴파일러 GNU, intel MPI OpenMPI, impi 라이브러리 fftw3_single, fftw3_double, MKL applications NAMD, GROMACS, OpenFOAM 2. applications 별 성능 분석 1) NAMD 단일 코어 단순 컴파일러 기준 gcc 는 AMD 노드에서 보다 좋은 성능을 보여줌 단순 컴파일러 기준 intel 은 Cascade 노드에서 보다 좋은 성능을 보여줌 2) NAMD 멀티 코어 gcc 의 경..

AMD Instinct MI100은 AMD CDNA 아키텍처를 기반으로 설계된 GPU로 HPC와 AI를 모두 지원하도록 설계되어 있다. 일반 연산을 위한 Stream Processor (FP64: 11.5TFLOPs, FP32 23.1 TFLOPs) 및 FP32, F16 matrix (46.1TFLOPs, 184.6 TFLOPs) 가속을 위한 Matrix Core 두가지로 나뉘어 설계되어 있다. HBM2 32GB를 GPU 메모리로 사용하며 PCIe 4.0까지 지원하며 Infinity Fabric Link로 GPU 간 통신이 가능하나 테스트 보드 설계의 한계로 인해 본 성능 테스트에서는 PCIe 3.0을 활용하였다. NVIDIA GPU와 비교하였을 때 AMD GPU의 가장 큰 차이점은 warp에 해당하는 ..

1. Checkpoint 기능의 정의 모종의 이유로 계산이 완료되기 전에 중단되었을 때(walltime limit 초과 및 에러 발생 등) 계산을 특정 지점부터 이어서 수행할 수 있도록 작업의 상태를 주기적으로 저장하는 기능 2. Checkpoint 기능 관련 문서 Checkpoint 기능의 명칭이나(Autosave 등) 활성화 여부는 애플리케이션의 종류 및 버전에 따라 다를 수 있으며, 일부 애플리케이션의 경우 수동으로 활성화해야 할 수도 있다. Checkpoint 기능 관련 세부 사항은 다음과 같은 기술 문서를 통해 확인할 수 있다. 1) Abaqus - Abaqus execution (abaqus-docs.mit.edu/2017/English/SIMACAEEXCRefMap/simaexc-c-anal..

KISTI 슈퍼컴퓨터센터의 장비에 Quantum Espresso-6.6 source 버전으로 설치하는 방법에 대하여 소개한다. 1. 설치 환경 구분 내용 대상 시스템 누리온 OS Version 리눅스 / CentOS 7.7 CPU Intel(R) Xeon(R) Gold 6126 컴파일러 Intel 2019.0.5 Version MPI IntelMPI 2019.0.5 Version 기타 Intel MKL Math Library 2. 설치 전 환경 설정 KISTI 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인 Environment Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개에서는 module load..

슈퍼컴퓨팅본부에서는 KISTI 슈퍼컴퓨터 사용자지원 정책에 따라 계산과학/공학 분야의 연구를 위해 대규모 병렬 계산 또는 첨단 계산 기법을 필요로 하는 슈퍼컴퓨터 사용자들을 지원하고 있음. 올해는 NVIDIA와 함께 GPU기반 최적 병렬화와 AI 관련 연구협력 프로그램을 시작합니다. 지원의 일환으로 사용자들이 슈퍼컴퓨터를 이용하여 문제 해결에 필요한 시간을 단축하거나, 현재보다 훨씬 더 큰 규모의 문제에 도전하는 등 보다 높은 연구 생산성을 얻을 수 있도록 성능최적화 및 병렬화를 지원합니다. 이를 위해 기존 연구를 계산 규모나 성능 측면에서 큰 폭으로 확장할 수 있는 주제를 발굴하고 지원을 제공하기 위해 진행합니다. GPU 최적병렬화(성능최적화 및 병렬화)란? 슈퍼컴퓨터들은 대규모 병렬 구조로, 동시에 ..

KISTI 국가슈퍼컴퓨팅센터는 초고성능컴퓨팅 (High Performance Computing, 이하 HPC) 육성법에 근거하여 국가 차원의 초고성능컴퓨팅을 육성하고 있습니다. 국내 계산과학공학분야 연구자에게 연구지원 프로그램을 통해 초고성능컴퓨팅 자원을 무상으로 제공해 왔습니다. 2021년도 슈퍼컴퓨터 5호기 활용을 위한 초고성능컴퓨팅 기반 R&D 혁신지원 프로그램 1차 연구과제를 아래와 같이 공모하오니, 희망 연구자는 마감일을 지켜 신청서를 제출해 주시기 바랍니다. ㅇ 신청기간 - 2021년 3월 2일 ~ 2021년 3월 16일 ㅇ 신청방법 - 국가슈퍼컴퓨팅센터 홈페이지 '자원신청->R&D 혁신지원 프로그램 신청'에서 신청(아래링크) www.ksc.re.kr/jwjg/hsjw/hsjwsc/view/1..

데스트톱 가상화(VDI)는 Windows 환경에서 고성능 그래픽 처리 기능이 필요한 어플리케이션 실행을 위한 원격 데스크톱 서비스다. VDI는 누리온의 파일시스템과 연동되어 별도 파일 이동 없이 가상머신(VM)에서 공학해석 전·후처리가 가능하다. VM에서 해석(solving)은 지원되지 않으며, VM내에서 터미널 접속 프로그램(putty 등)을 통해 누리온 시스템으로 해석을 수행하면 된다. VM당 3.0Ghz 4코어 CPU, 32GB 메모리, 8GB GPU 메모리가 할당되어 있으며, 총 8개의 VM으로 구성되어 있다. 한정된 VM으로 다수의 사용자 지원을 위해 VM접속 상태에서 2시간 동안 사용하지 않는 경우 자동 로그오프 된다. 현재 공학해석 어플리케이션은 Abaqus 2020, Ansys 2020 R..

TSMSF를 이용한 데이터 아카이빙(Archiving) 방법 1. 시스템 환경 및 사용 신청 누리온은 사용자의 중요 파일 및 대용량 파일의 장기간(계약 만료 후 1년) 보관을 지원하기 위하여 10PBytes의 테이프(Tape) 라이브러리(IBM TS4500)를 운영합니다. TSMSF(Tiered Storage Management Script Facility)는 사용자의 데이터 백업 및 아카이빙을 지원하기 위한 소프트웨어로 누리온의 Datamover 노드에 설치되어 운영되고 있습니다. TSMSF는 사용자 데이터를 자동으로 아카이빙하고 사용자가 데이터를 필요로 할 때 수동으로 복원(restore)할 수 있도록 지원을 합니다. 이는 관리자에 의해 정기적으로 이루어지는 사용자 홈 디렉터리(/home01) 백업과..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 DDSCAT-7.3.3 Source 버전으로 설치하는 방법에 대하여 소개한다. 1. 설치 환경 구분 내용 대상 시스템 누리온 OS Version 리눅스 / CentOS 7.7 CPU Intel(R) Xeon(R) Gold 6126 컴파일러 intel 2018.3 MPI intel mpi 2018.3 기타 2. 설치 전 환경 설정 누리온 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 설정하기 위하여 환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다. [ 환경 설정 ] $ module load intel/18.0.3 imp..

KISTI 슈퍼컴퓨터센터의 뉴론 시스템에 qe-6.6 버전을 설치하는 방법에 대하여 소개한다. 1. 설치 환경 구분 내용 대상 시스템 뉴론 OS Version 리눅스 / CentOS 7.4 CPU Intel Xeon E5-2670 v2 컴파일러 PGI 2019 Version MPI Openmpi 3.1.0 Version 기타 CUDA 10.0 2. 설치 전 환경 설정 KISTI 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인 Environment Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다. [ 환경 설정 ] $ module load ..