누리온 AutoDock Vina-1.1.2 설치 소개

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 AutoDock Vina-1.1.2 Source 버전으로 설치하는 방법에 대하여 소개한다.

1. 설치 환경

구분	내용
대상 시스템	누리온
OS Version	리눅스 / CentOS 7.7
CPU	Intel(R) Xeon(R) Gold 6126
컴파일러	gcc 4.8.5 / intel 2018.3
MPI
기타

2. 설치 전 환경 설정

누리온 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 설정하기 위하여 

환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고,

이하 설치 소개에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다.

[ 환경 설정 ]

1) GNU 컴파일러 사용 시

- 별도의 환경설정 불필요

2) intel 컴파일러 사용 시

$ module load intel/18.0.3

3. AutoDock Vina-1.1.2 버전 설치 과정

 설치 과정 소개는 tar 를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법등 진행 절차를 위주로 설명하고,

 소스 파일 다운로드 등은 생략한다.  

설치 과정

$ tar -xzvf autodock_vina_1_1_2.tgz  $ cd autodock_vina_1_1_2  $ vi src/main/main.cpp  - - - - - [ main.cpp 파일 수정 내용] 참고 - - - - -  $ vi src/split/split.cpp  - - - - - [ split.cpp 파일 수정 내용] 참고 - - - - -  $ cd build/linux/release  $ vi Makefile  - - - - - [ Makefile 파일 수정 내용] 참고 - - - - -  $ make  $ ls vina*  vina  vina_split

※ 컴파일러 버전 호환성 문제로 GNU 컴파일러는 반드시 시스템 기본 컴파일러(4.8.5)를 사용해야 한다.

[main.cpp 파일 수정 내용]

line 50: <수정 전> return path(str, boost::filesystem::native); <수정 후> return path(str); line 664: <수정 전> std::cerr <"\n\nError: could not open \"" <e.name.native_file_string() <"\" for " <(e.in ? "reading" : "writing") <".\n"; <수정 후> std::cerr <"\n\nError: could not open \"" <e.name.filename() <"\" for " <(e.in ? "reading" : "writing") <".\n"; line 676: <수정 전> std::cerr <"\n\nParse error on line " <e.line <" in file \"" <e.file.native_file_string() <"\": " <e.reason <'\n'; <수정 후> std::cerr <"\n\nParse error on line " <e.line <" in file \"" <e.file.filename() <"\": " <e.reason <'\n';

[split.cpp 파일 수정 내용]

line 41: <수정 전> return path(str, boost::filesystem::native); <수정 후> return path(str); line 211: <수정 전> std::cerr <"\n\nError: could not open \"" <e.name.native_file_string() <"\" for " <(e.in ? "reading" : "writing") <".\n"; <수정 후> std::cerr <"\n\nError: could not open \"" <e.name.filename() <"\" for " <(e.in ? "reading" : "writing") <".\n"; line 223: <수정 전> std::cerr <"\n\nParse error on line " <e.line <" in file \"" <e.file.native_file_string() <"\": " <e.reason <'\n'; <수정 후> std::cerr <"\n\nParse error on line " <e.line <" in file \"" <e.file.filename() <"\": " <e.reason <'\n';

[Makefile 파일 수정 내용]

- GNU 컴파일러 사용 시

BASE=/apps/common/boost/1.68.0 BOOST_VERSION=1_68 BOOST_INCLUDE = $(BASE)/include C_PLATFORM= -static -pthread -L/apps/compiler/gcc/7.2.0/lib64 GPP=g++ C_OPTIONS= -O3 -DNDEBUG BOOST_LIB_VERSION= include ../../makefile_common

- intel 컴파일러 사용 시

BASE=/apps/common/boost/1.68.0 BOOST_VERSION=1_68 BOOST_INCLUDE = $(BASE)/include C_PLATFORM= -static -pthread -L/apps/compiler/gcc/7.2.0/lib64 GPP=icpc C_OPTIONS= -O3 -DNDEBUG BOOST_LIB_VERSION= include ../../makefile_common