KISTI 슈퍼컴퓨팅 블로그

누리온 AutoDock Vina-1.1.2 설치 소개 본문

SW 설치 문서 창고/누리온(NURION)

누리온 AutoDock Vina-1.1.2 설치 소개

슈퍼컴퓨팅인프라센터 2020. 12. 24. 10:03

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 AutoDock Vina-1.1.2 Source 버전으로 설치하는 방법에 대하여 소개한다.


1. 설치 환경

 구분

내용

 대상 시스템

 누리

 OS Version 

 리눅스 / CentOS 7.7

 CPU

 Intel(R) Xeon(R) Gold 6126

 컴파일러

 gcc 4.8.5 / intel 2018.3

 MPI

 

 기타

  


2. 설치 전 환경 설정

누리온 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 설정하기 위하여 

환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고,

이하 설치 소개에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다.


[ 환경 설정 ]

1) GNU 컴파일러 사용 시

- 별도의 환경설정 불필요


2) intel 컴파일러 사용 시

 module load intel/18.0.3


3. AutoDock Vina-1.1.2 버전 설치 과정

 설치 과정 소개는 tar 를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법등 진행 절차를 위주로 설명하고,

 소스 파일 다운로드 등은 생략한다.  

 설치 과정

 $ tar -xzvf autodock_vina_1_1_2.tgz

 $ cd autodock_vina_1_1_2

 $ vi src/main/main.cpp

 - - - - - [ main.cpp 파일 수정 내용] 참고 - - - - -


 $ vi src/split/split.cpp

 - - - - - [ split.cpp 파일 수정 내용] 참고 - - - - -


 $ cd build/linux/release

 $ vi Makefile

 - - - - - [ Makefile 파일 수정 내용] 참고 - - - - -


 $ make

 $ ls vina*

 vina  vina_split

※ 컴파일러 버전 호환성 문제로 GNU 컴파일러는 반드시 시스템 기본 컴파일러(4.8.5)를 사용해야 한다.


[main.cpp 파일 수정 내용]

line 50:

<수정 전>

return path(str, boost::filesystem::native);

<수정 후>

return path(str);


line 664:

<수정 전>

std::cerr <"\n\nError: could not open \"" <e.name.native_file_string() <"\" for " <(e.in ? "reading" : "writing") <".\n";

<수정 후>

std::cerr <"\n\nError: could not open \"" <e.name.filename() <"\" for " <(e.in ? "reading" : "writing") <".\n";


line 676:

<수정 전>

std::cerr <"\n\nParse error on line " <e.line <" in file \"" <e.file.native_file_string() <"\": " <e.reason <'\n';

<수정 후>

std::cerr <"\n\nParse error on line " <e.line <" in file \"" <e.file.filename() <"\": " <e.reason <'\n';


[split.cpp 파일 수정 내용]

line 41:

<수정 전>

return path(str, boost::filesystem::native);

<수정 후>

return path(str);


line 211:

<수정 전>

std::cerr <"\n\nError: could not open \"" <e.name.native_file_string() <"\" for " <(e.in ? "reading" : "writing") <".\n";

<수정 후>

std::cerr <"\n\nError: could not open \"" <e.name.filename() <"\" for " <(e.in ? "reading" : "writing") <".\n";


line 223:

<수정 전>

std::cerr <"\n\nParse error on line " <e.line <" in file \"" <e.file.native_file_string() <"\": " <e.reason <'\n';

<수정 후>

std::cerr <"\n\nParse error on line " <e.line <" in file \"" <e.file.filename() <"\": " <e.reason <'\n';


[Makefile 파일 수정 내용]

- GNU 컴파일러 사용 시

BASE=/apps/common/boost/1.68.0

BOOST_VERSION=1_68

BOOST_INCLUDE = $(BASE)/include

C_PLATFORM= -static -pthread -L/apps/compiler/gcc/7.2.0/lib64

GPP=g++

C_OPTIONS= -O3 -DNDEBUG

BOOST_LIB_VERSION=


include ../../makefile_common


- intel 컴파일러 사용 시

BASE=/apps/common/boost/1.68.0

BOOST_VERSION=1_68

BOOST_INCLUDE = $(BASE)/include

C_PLATFORM= -static -pthread -L/apps/compiler/gcc/7.2.0/lib64

GPP=icpc

C_OPTIONS= -O3 -DNDEBUG

BOOST_LIB_VERSION=


include ../../makefile_common


0 Comments