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KISTI 슈퍼컴퓨팅 기술 블로그
누리온 GROMACS-2020.2 버전 설치 소개 (KNL) 본문
KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 gromacs-2020.2 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다.
1. 설치 환경
구분 | 내용 |
대상 시스템 | 누리온 |
OS Version | 리눅스 / CentOS 7.7 |
CPU | Intel(R) Xeon Phi(TM) CPU 7250 |
컴파일러 | Intel 2019.5 Version |
MPI | IntelMPI 2019.5 Version |
기타 | Intel MKL Math Library |
2. 설치 전 환경 설정
누리온 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여
환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고,
이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다.
[ 환경 설정 ]
$ module load intel/19.0.5 impi/19.0.5 cmake/3.12.3 $ export LD_LIBRARY_PATH=/apps/compiler/gcc/7.2.0/lib64:$LD_LIBRARY_PATH |
3. 설치 전 계산노드 접속
Intel 컴파일러를 이용하여 KNL CPU 타입 전용 옵션인 "-xMIC-AVX512"를 사용하여 gromacs를 설치하게 될 경우
KNL 계산노드에서 설치를 진행해야 오류가 발생되지 않는다.
"-xMIC-AVX512" 옵션을 사용할 경우 PBS 스케줄러의 Interactive 기능을 이용하여 KNL 계산노드로 접속하여 빌드를 진행해야 한다.
아래는 누리온 KNL 계산노드(debug 큐) 로 접속하는 예제이다.
$ cds $ qsub -I -V -q debug -l select=1:ncpus=68:mpiprocs=68:ompthreads=1 -l walltime=12:00:00 -A gromacs |
※ qsub 명령 뒤 문자는 I(대문자 아이) 이고, select 와 walltime 앞에 문자는 l(소문자 엘) 이다.
4. gromacs-2020.2 버전 설치 과정
설치 과정 소개는 tar 를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법등 진행 절차를 위주로 설명하고,
소스 파일 다운로드 등은 생략한다.
설치 과정 |
$ export FLAGS="-O2 -xMIC-AVX512 -g -static-intel" $ export CFLAGS=$FLAGS $ export CXXFLAGS=$FLAGS $ export CC=mpiicc $ export CXX=mpiicpc $ export CPATH=/apps/compiler/intel/19.0.5/mkl/include:$CPATH $ tar xvzf gromacs-2020.2.tar.gz $ cd gromacs-2020.2 $ mkdir build $ cd build $ cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/GROMACS/2020.2 \ -DGMX_FFT_LIBRARY=mkl -DGMX_MPI=ON -DGMX_OPENMP=ON \ -DGMX_CYCLE_SUBCOUNTERS=ON -DGMX_GPU=OFF \ -DGMX_BUILD_HELP=OFF -DGMX_HWLOC=OFF \ -DGMX_SIMD=AVX_512_KNL -DGMX_OPENMP_MAX_THREADS=64 \ -DGMX_GPLUSPLUS_PATH=/apps/compiler/gcc/7.2.0/bin/g++ $ make $ make install |
※ "-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/GROMACS/2020.2"는 예시로 설치 희망하는 디렉토리로 명시한다.
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