KISTI 슈퍼컴퓨팅 기술 블로그

KISTI 슈퍼컴퓨터센터의 장비에 lammps-16Mar18 source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템뉴론 OS Version리눅스 / CentOS 7.4 CPUIntel Xeon E5-2670 v2 컴파일러Intel 2018 Version MPIMvapich2 2.3 Version 기타 Intel MKL Math Library, CUDA 10.0 2. 설치 전 환경 설정KISTI 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인 Environment Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법..

이 문서는 GROMACS-2016.4 소스를 (CUDA 기반의) GPU 기능을 사용하는 버전으로 빌드하는 방법에 대해 소개한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템뉴론 (GPU Cluster System) OS Version리눅스 / CentOS 7.4 CPUIntel Xeon E5-2670 v2 컴파일러intel compiler 2018.0.2 GPUNVIDIA Tesla V100 기타 intel mkl mvapich2 2.3CUDA 10.0 2. 설치 과정 소스 파일은 아래 사이트에서 다운로드 받을 수 있다. http://www.gromacs.org GROMACS 소스 압축 풀기 & 빌드할 디렉토리 생성 $ tar xzf gromacs-2016.4.tar.gz $ cd gromacs-2016.4 $..

안녕하십니까? 한국과학기술정보연구원 슈퍼컴퓨팅인프라센터입니다. 슈퍼컴퓨팅인프라센터에서는 국내 연구자들에게 최고의 연구 환경을 제공하기 위해 슈퍼컴퓨터 5호기(Nurion)를 서비스하고 있습니다. 슈퍼컴 5호기(Nurion)시스템이 인텔 매니코어 및 x86 아키텍쳐로 구성됨에 따라 연구자들의 다양한 연구환경(GPU를 통한 성능 가속이 뛰어난 HPC, 기계학습 및 빅데이터 분야의 연구/개발)을 지원하기 위해, GPU 클러스터(KAT)시스템을 2019년 5일 9일부터 공식 서비스 오픈 합니다. 1. 서비스 일정 o KAT 시스템 서비스 오픈 : 2019년 5월 9일(목) 10:00 o [공식서비스(무상)] 사용자 코드 포팅 : 2019년 5월 9일 ~ 2019년 6월 30일 o [공식서비스(유·무상)] KAT..

KISTI 슈퍼컴퓨터센터의 OpenMPI 3.1.X 이슈 사항 해결 팁에 대하여 소개한다. 1. 환경 대상 시스템 : 뉴론 OS Version : Linux / CentOS 7.4 CPU : Intel Xeon E5-2670 v2 Mellanox OFED : MLNX_OFED_LINUX-4.4-2.0.7.0 (OFED-4.4-2.0.7) MPI : OpenMPI-3.1.0 2. 오류 내용 [optpar02@login02 test]$ mpirun -np 2 ./host.x ibv_exp_query_device: invalid comp_mask !!! (comp_mask = 0xffffffffffffffff valid_mask = 0x1) [login02][[51376,1],0][btl_openib_comp..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 뉴론 시스템에 vasp 5.4.4 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 합니다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템 뉴론OS Version 리눅스 / CentOS 7.4 CPU Intel Xeon E5-2670 v2 컴파일러 Intel 2018 Version MPI Mvapich2 2.3 Version 기타 Intel MKL Math Library, cuda 10.0 2. 설치 전 환경 설정 뉴론 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용합니다. [ 환경 ..

뉴론 시스템에는 mvapich2와 openmpi가 설치되어 있습니다. 이 문서에서는 MPI 기반 작업들을 slurm 스케쥴러를 이용해 작업 제출하는 방법에 대해 기술하고 있습니다. 1. mvapich2로 빌드된 애플리케이션의 작업 제출 뉴론 시스템에 설치되어 있는 mvapich2를 활용하기 위해서는 아래와 같은 module 명령으로 사용가능한 모듈 목록 및 모듈 사용법을 확인합니다. 2019년 5월 현재 뉴론 시스템에는 mvapich2-2.3이 설치되어 있으며, 이것은 gcc-4.8.5, intel-18.0.2, pgi-19.1 컴파일러로 빌드한 버전들이 존재합니다. 이를 사용하기 위해서는 위에 언급된 바와 같이 다음과 같이 module 명령어를 사용합니다. $ module load intel/18.0...

2019년 05월 서비스 오픈하는 뉴론 시스템의 제원은 다음과 같습니다. 1. GPU 노드 제원 (1) ivy_k40_2 구분 내용 CPU Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2670 v2 @ 2.5GHz ( 노드 당 2 소켓, 총 20코어 ) GPU NVIDIA Tesla K40m (1 노드당 2 K40 카드 탑재) CPU 메모리 DDR3/1866MHz (노드당 128GB, CPU 코어 당 6.4GB) GPU 메모리 K100 카드당 12GB 운영체제 CentOS 7.4 할당 노드 수 4 Total CPU core 수 80 최대제출/실행 작업개수 2 사용자별 최대 GPU 점유개수 6 (2) ivy_v100 구분 내용 CPU Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2670 v2 @ 2.5GHz ..

아나콘다(Anaconda)는 PYTHON 과 R 프로그래밍 언어로 된 과학 컴퓨팅(데이터 과학, 기계 학습 응용 프로그램, 대규모 데이터 처리, 예측 분석 등)분야의 패키지들의 모음을 제공하는 배포판이다.Anaconda 배포판은 1,200 만 명이 넘는 사용자가 사용하며 Windows, Linux 및 MacOS에 적합한 1400 가지 이상의 인기있는 데이터 과학 패키지를 포함한다.Anaconda를 설치하기 위해서는 https://www.anaconda.com 웹사이트에서 자신의 OS에 맞는 배포판을 다운받아 설치하면 된다.(예) Windows, MacOS, Linux현재 Anaconda 는 Python 3.7 기반의 버전과 Python 2.7 기반의 버전을 제공한다. conda 는 아나콘다에서 패키지 버..