뉴론 NAMD 2.12 (GPU 버전) 설치

KISTI 슈퍼컴퓨터센터의 장비에 NAMD 2.12 소스를 (CUDA 기반의) GPU 기능을 사용하는 버전으로 설치하는 방법에 대하여 소개한다.

1. 설치 환경

구분	내용
대상 시스템	뉴론
OS Version	리눅스 / CentOS 7.4
CPU	Intel Xeon E5-2670 v2
컴파일러	Intel 2018 Version
MPI	Mvapich2 2.3 Version
기타	Intel MKL Math Library, CUDA 10.0

2. 설치 전 환경 설정

KISTI 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인

Environment Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고,

이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다.

[ 환경 설정 ]

$ module load intel/18.0.2 cuda/10.0 cudampi/mvapich2-2.3

3. 설치 과정

 설치 과정 소개는 tar 를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법등 진행 절차를 위주로 설명하고, 소스 파일 다운로드 등은 생략한다. 

(1) charm-6.7.1 설치

 NAMD 소스는 charm을 이용하여 빌드한다. charm은 NAMD 소스내에 tar파일 형태로 포함되어 있으며 NAMD 소스를 압축 해제 후

 NAMD 소스 파일안에서 설치를 진행한다.

설치과정
$ tar xvf NAMD_2.12_Source.tar.gz $ cd NAMD_2.12_Source   $ tar xvf charm-6.7.1.tar $ cd charm-6.7.1 $ ./build charm++ verbs-linux-x86_64 icc smp --with-production -static-intel

NAMD의 설치 과정에서 호출되는 cuda 식별자 이름이 CUDA 9.1 이후 버전부터 삭제되어 주석처리를 통하여 해당 식별자를 비활성화 한다.

 ※ "cufftCheck(cufftSetCompatibilityMode" 이 포함된 10개 line 주석처리

설치과정
$ cd .. $ vi src/CudaPmeSolverUtil.C  <수정 전> cufftCheck(cufftSetCompatibilityMode(forwardPlan, CUFFT_COMPATIBILITY_FFTW_PADDING)); cufftCheck(cufftSetCompatibilityMode(backwardPlan, CUFFT_COMPATIBILITY_FFTW_PADDING));   <수정 후> //cufftCheck(cufftSetCompatibilityMode(forwardPlan, CUFFT_COMPATIBILITY_FFTW_PADDING)); //cufftCheck(cufftSetCompatibilityMode(backwardPlan, CUFFT_COMPATIBILITY_FFTW_PADDING));

(2) NAMD-2.12 설치

 GPU를 사용하기 위해서는 아래와 같이 config 수행시에 --with-cuda, --cuda-prefix 옵션을 추가로 기재한다.  

설치과정
$ cd .. $ ./config Linux-x86_64-icc --charm-base ./charm-6.7.1 \ --charm-arch verbs-linux-x86_64-smp-icc \ --with-tcl --with-mkl --mkl-prefix /apps/compiler/intel/18.0.2/mkl \ --with-cuda --cuda-prefix /apps/cuda/10.0 $ cd Linux-x86_64-icc $ make

4. 뉴론 시스템에 설치된 NAMD-2.12 사용

 위의 설치 과정에서 소개된 옵션들을 사용하여 설치된 NAMD의 사용방법 

 실행 예제 파일은 apoa1 시뮬레이션 예제 데이터 파일을 다운받아 사용한다. 

실행방법 예시
$ module load intel/18.0.2 cuda/10.0 cudampi/mvapich2-2.3 module load namd/2.12 $ namd2 apoa1.namd