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뉴론 NAMD 2.12 (GPU 버전) 설치 본문

SW 설치 문서 창고/뉴론(Neuron) (GPU Cluster System)

뉴론 NAMD 2.12 (GPU 버전) 설치

슈퍼컴퓨팅인프라센터 2019. 5. 30. 18:02

KISTI 슈퍼컴퓨터센터의 장비에 NAMD 2.12 소스를 (CUDA 기반의) GPU 기능을 사용하는 버전으로 설치하는 방법에 대하여 소개한다.


1. 설치 환경

  구분

내용 

 대상 시스템

뉴론

 OS Version

리눅스 / CentOS 7.4

 CPU

Intel Xeon E5-2670 v2

 컴파일러

Intel 2018 Version

 MPI

Mvapich2 2.3 Version

 기타

Intel MKL Math Library, CUDA 10.0



2. 설치 전 환경 설정

KISTI 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인

Environment Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고,

이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다.

[ 환경 설정 ]

 $ module load intel/18.0.2 cuda/10.0 cudampi/mvapich2-2.3


3. 설치 과정

 설치 과정 소개는 tar 를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법등 진행 절차를 위주로 설명하고, 소스 파일 다운로드 등은 생략한다. 

(1) charm-6.7.1 설치
 NAMD 소스는 charm을 이용하여 빌드한다. charm은 NAMD 소스내에 tar파일 형태로 포함되어 있으며 NAMD 소스를 압축 해제 후
 NAMD 소스 파일안에서 설치를 진행한다.

  설치과정


$ tar xvf NAMD_2.12_Source.tar.gz

$ cd NAMD_2.12_Source  


$ tar xvf charm-6.7.1.tar

$ cd charm-6.7.1

$ ./build charm++ verbs-linux-x86_64 icc smp --with-production -static-intel 




NAMD의 설치 과정에서 호출되는 cuda 식별자 이름이 CUDA 9.1 이후 버전부터 삭제되어 주석처리를 통하여 해당 식별자를 비활성화 한다.
 ※ "cufftCheck(cufftSetCompatibilityMode" 이 포함된 10개 line 주석처리

  설치과정


$ cd ..

$ vi src/CudaPmeSolverUtil.C 


<수정 전>

cufftCheck(cufftSetCompatibilityMode(forwardPlan, CUFFT_COMPATIBILITY_FFTW_PADDING));

cufftCheck(cufftSetCompatibilityMode(backwardPlan, CUFFT_COMPATIBILITY_FFTW_PADDING));

 

<수정 후>

//cufftCheck(cufftSetCompatibilityMode(forwardPlan, CUFFT_COMPATIBILITY_FFTW_PADDING));

//cufftCheck(cufftSetCompatibilityMode(backwardPlan, CUFFT_COMPATIBILITY_FFTW_PADDING));




(2) NAMD-2.12 설치
 GPU를 사용하기 위해서는 아래와 같이 config 수행시에 --with-cuda, --cuda-prefix 옵션을 추가로 기재한다.  

  설치과정


$ cd ..

$ ./config Linux-x86_64-icc --charm-base ./charm-6.7.1 \

--charm-arch verbs-linux-x86_64-smp-icc \

--with-tcl --with-mkl --mkl-prefix /apps/compiler/intel/18.0.2/mkl \

--with-cuda --cuda-prefix /apps/cuda/10.0


$ cd Linux-x86_64-icc

$ make





4. 뉴론 시스템에 설치된 NAMD-2.12 사용

 위의 설치 과정에서 소개된 옵션들을 사용하여 설치된 NAMD의 사용방법 
 실행 예제 파일은 apoa1 시뮬레이션 예제 데이터 파일을 다운받아 사용한다. 

  실행방법 예시


$ module load intel/18.0.2 cuda/10.0 cudampi/mvapich2-2.3 module load namd/2.12

$ namd2 apoa1.namd



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