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뉴론 GROMACS-2016.4 (GPU 버전) 설치 본문

SW 설치 문서 창고/뉴론(Neuron) (GPU Cluster System)

뉴론 GROMACS-2016.4 (GPU 버전) 설치

슈퍼컴퓨팅인프라센터 2019. 4. 30. 10:13

이 문서는 GROMACS-2016.4 소스를 (CUDA 기반의) GPU 기능을 사용하는 버전으로 빌드하는 방법에 대해 소개한다. 


1. 설치 환경

  구분

내용 

 대상 시스템

뉴론 (GPU Cluster System)

 OS Version

리눅스 / CentOS 7.4

 CPU

Intel Xeon E5-2670 v2

 컴파일러

intel compiler 2018.0.2

 GPU

NVIDIA Tesla V100

 기타

intel mkl 

mvapich2 2.3

CUDA 10.0


2. 설치 과정


 소스 파일은 아래 사이트에서 다운로드 받을 수 있다.

   http://www.gromacs.org 

  GROMACS 소스 압축 풀기 & 빌드할 디렉토리 생성 


$ tar xzf gromacs-2016.4.tar.gz 

$ cd gromacs-2016.4  

$ mkdir build 

$ cd build 



 intel mkl 라이브러리를 사용하기 위해서는 아래의 cmake 명령을 참고하여 수행한다. 

  intel mkl 을 사용하기 위한 cmake 명령 


module load intel/18.0.2 cuda/10.0 cudampi/mvapich2-2.3 

$ module load cmake/3.12.3


$ export CC=mpicc 

$ export CXX=mpicxx 

$ cmake -DGMX_OPENMP=ON -DGMX_GPU=ON -DGMX_MPI=ON  \

-DGMX_FFT_LIBRARY=mkl \

-DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release \

-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${HOME}/applications/GROMACS/2016.4 \

-DGMX_HWLOC=OFF \

..

$ make

$ make install


 ※ 옵션  - 설치할 디렉토리를 명시하고자 할때 : -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=<GROMACS_INSTALL_DIR> 를 추가한다. 

  

[참고] 뉴론시스템 상에서 slurm 스케쥴러를 이용한 간단한 테스트

  테스트 방법


module load intel/18.0.2 cuda/10.0 cudampi/mvapich2-2.3  gromacs/2016.4

$ cp /apps/applications/test_samples/Gromacs/* .

$ tar xvzf water_GMX50_bare.tar.gz

gmx_mpi grompp -f pme.mdp -c conf.gro -p topol.top -o topol_pme.tpr

$ gmx_mpi grompp -f rf.mdp -c conf.gro -p topol.top -o topol_rf.tpr

$ sbatch gromacs.sh



  작업 스크립트 (gromacs.sh)


#!/bin/sh

#SBATCH -J “gromacs_test”

#SBATCH -p ivy_v100_2

#SBATCH -N 1

#SBATCH -n 4

#SBATCH -o %x_%j.out

#SBATCH -e %x_%j.err

#SBATCH -t 00:30:00

#SBATCH --gres=gpu:2

#SBATCH --comment gromacs


ulimit -s unlimited


srun gmx_mpi mdrun -ntomp 5 -dlb yes -nb gpu -nsteps 4000 -s ./topol_pme.tpr


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