KISTI 슈퍼컴퓨팅 기술 블로그

가. Tensorflow에서 Horovod 사용법 다중노드에서 CPU를 활용할 경우 Horovod를 Tensorflow와 연동하여 병렬화가 가능하다. 아래 예시와 같이 Horovod 사용을 위한 코드를 추가해주면 Tensorflow와 연동이 가능하다. Tensorflow 및 Tensorflow에서 활용 가능한 Keras API 모두 Horovod와 연동이 가능하며 우선 Tensorflow에서 Horovod와 연동하는 방법을 소개한다. (예시: MNIST Dataset 및 LeNet-5 CNN 구조) ※ Tensorflow에서 Horovod 활용을 위한 자세한 사용법은 Horovod 공식 가이드 참조 (https://github.com/horovod/horovod#usage) ◦ Tensorflow에서 H..

Keras(케라스)는 파이썬으로 작성된 오픈 소스 신경망 라이브러리로, MXNet, Deeplearning4j, 텐서플로, Microsoft Cognitive Toolkit 또는 Theano 위에서 수행할 수 있는 High-level Neural Network API이다. 케라스의 특징은 User friendliness, Modularity, Easy Extensibility로 Multi-GPU를 사용하고자 하는 사용자도 코드를 최소한으로 수정하여 쉽게 Multi-GPU를 사용할 수 있도록 하고 있다. KISTI GPU 클러스터인 NEURON의 큐 구성은 다음과 같으며, ivy_k40_2, ivy_v100_2, cas_v100_2, cas32c_v100_2, cas_v100nv_4 큐에는 한 노드에 2,..

본 문서는 누리온 시스템에서 가우시안 소프트웨어 사용을 위한 기초적인 정보를 제공하고 있습니다. 따라서, 가우시안 소프트웨어 사용법 및 누리온/리눅스 사용법 등은 포함되어 있지 않습니다. 누리온/리눅스 사용법에 대한 정보는 KISTI 홈페이지 (https://www.ksc.re.kr)의 기술지원 > 지침서 내 누리온 사용자 지침서 등을 참고하시기 바랍니다. 1. 가우시안 소개 가우시안은 에너지, 분자구조 및 진동주파수를 예측하는 분자 모델링 패키지이며, 화학, 물리, 생명과학, 공학 분야 연구자를 위한 프로그램입니다. 자세한 사항은 가우시안 사의 홈페이지를 통해 얻을 수 있습니다. 홈페이지 주소: http://gaussian.com 2. 설치 버전 및 라이선스 - 설치 버전 : Rev.A03, Rev.B..

본 문서는 뉴론 시스템에서 가우시안 소프트웨어 사용을 위한 기초적인 정보를 제공하고 있습니다. 따라서, 가우시안 소프트웨어 사용법 및 뉴론/리눅스 사용법 등은 포함되어 있지 않습니다. 뉴론/리눅스 사용법에 대한 정보는 KISTI 홈페이지 (https://www.ksc.re.kr)의 기술지원 > 지침서 내 뉴론 사용자 지침서 등을 참고하시기 바랍니다. 1. 가우시안 소개가우시안은 에너지, 분자구조 및 진동주파수를 예측하는 분자 모델링 패키지이며, 화학, 물리, 생명과학, 공학 분야 연구자를 위한 프로그램입니다. 자세한 사항은 가우시안 사의 홈페이지를 통해 얻을 수 있습니다.홈페이지 주소: http://gaussian.com 2. 설치 버전 및 라이선스- 설치 버전 : Rev.A03, Rev.B01, Rev..

안녕하세요? KISTI는 초고성능컴퓨팅 (High Performance Computing, 이하 HPC) 육성법에 근거하여 국가 차원의 초고성능컴퓨팅을 육성하고 있습니다. KISTI 국가슈퍼컴퓨팅본부는 국내연구자에게 초고성능컴퓨팅 자원을 무상으로 제공하는 혁신지원 프로그램을 운영하고 있습니다. KISTI 국가슈퍼컴퓨팅본부에서는 2019 년 슈퍼컴퓨터 5 호기 초고성능컴퓨팅 R&D 혁신지원 프로그램 2 차 연구과제를 아래와 같이 공모하오니 , 희망 연구자는 마감일을 지켜 신청서를 제출해 주시기 바랍니다. [지원 규모 및 지원 기간] • 연간 제공 가능한 총 자원 할당량  거대연구 11.3 백 만 노드시간 , 창의연구 25.4 백 만 노드시간 , 혁신성장 14.1 백 만 노드시간 • 2019 년 2 차 공..

KISTI 슈퍼컴퓨터센터의 장비에 qe-6.4 source 버전으로 설치하는 방법에 대하여 소개한다. 1. 설치 환경 구분 내용 대상 시스템 뉴론 OS Version 리눅스 / CentOS 7.4 CPU Intel Xeon E5-2670 v2 컴파일러 PGI 2019 Version MPI Openmpi 3.1.0 Version 기타 CUDA 10.0 2. 설치 전 환경 설정 KISTI 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인 Environment Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다. [ 환경 설정 ] $ module l..

본 문서는 누리온 시스템에서 Q-Chem 소프트웨어 사용을 위한 기초적인 정보를 제공하고 있습니다. 따라서, Q-Chem 소프트웨어 사용법 및 누리온/리눅스 사용법 등은 포함되어 있지 않습니다. 누리온/리눅스 사용법에 대한 정보는 KISTI 홈페이지 (https://www.ksc.re.kr)의 기술지원 > 지침서 내 누리온 사용자 지침서 등을 참고하시기 바랍니다. 1. Q-Chem 소개 - Q-Chem은 분자구조, 반응성, 진동 및 NMR 스펙트럼 등을 예측하는 제일원리 양자 화학 패키지입니다. - Q-Chem v5에는 최신 고성능 DFT/HF 및 높은 수준의 post-HF 계산 방법을 제공합니다. - 자세한 사항은 Q-Chem 홈페이지를 방문하시기 바랍니다. (http://q-chem.com) 2. 소..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 CP2K-v5.1.0 Source 버전으로 공용 파일시스템인 /apps에 설치했던 내용을 정리하여 사용자들이 설치하는 방법에 대하여 참고할 수 있도록 내용을 소개 한다. 1. 설치 환경 구분 내용 대상 시스템 누리온 OS Version 리눅스 / CentOS 7.3 CPU Intel(R) Xeon Phi(TM) CPU 7250 컴파일러 Gcc 6.1.0 MPI OpenMPI 3.1.0 기타 Cmake 3.12.3 2. 설치 전 환경 설정 CP2K 설치에는 여러 의존성 패키지들이 필요하다. 본 내용은 컴파일러와 MPI, CMAKE를 제외한 의존 라이브러리들을 CP2K 의 toolchain 을 이용하는 방법으로 소개한다. [ 환경 설정 ] $ module load ..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 OpenFOAM-v5.0 Source 버전으로 공용 파일시스템인 /apps에 설치했던 내용을 정리하여 사용자들이 설치하는 방법에 대하여 참고할 수 있도록 내용을 소개 한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템 누리온OS Version 리눅스 / CentOS 7.3 CPU Intel(R) Xeon(R) Gold 6126 컴파일러 Intel 2018.3 MPI IntelMPI 2018.3 기타 2. 설치 전 환경 설정 OpenFOAM-v5.x 버전 설치에 필요한 gmp, mpfr, mpc, boost, CGAL 는 누리온 시스템에 미리 설치된 /apps/common 라이브러리들을 사용한다. 만약 다른 버전의 gmp, mpfr, mpc, boost, CGAL 가 필..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 OpenFOAM-v5.0 Source 버전으로 공용 파일시스템인 /apps에 설치했던 내용을 정리하여 사용자들이 설치하는 방법에 대하여 참고할 수 있도록 내용을 소개 한다. 1. 설치 환경 구분 내용 대상 시스템 누리온 OS Version 리눅스 / CentOS 7.3 CPU Intel(R) Xeon Phi(TM) CPU 7250 컴파일러 Intel 2018.3 MPI IntelMPI 2018.3 기타 2. 설치 전 환경 설정 OpenFOAM-v5.x 버전 설치에 필요한 gmp, mpfr, mpc, boost, CGAL 는 누리온 시스템에 미리 설치된 /apps/common 라이브러리들을 사용한다. 만약 다른 버전의 gmp, mpfr, mpc, boost, CG..

뉴론 시스템은 스케쥴러로 slurm 을 사용하고 있습니다. 이 문서에서는 사용자가 뉴론 시스템에서 기본적인 작업 제출을 할 수 있는데 목적을 두고 있으며, MPI 작업 제출 등은 별도의 문서에서 설명할 계획입니다. 그 밖의 자세한 정보는 아래를 참고해 주시기 바랍니다. [ slurm 온라인 문서 ]https://slurm.schedmd.com/documentation.html 1. 기본명령어 요약 명령어 내용 $ sbatch [옵션..] 스크립트 작업 제출 $ scancel 작업ID 작업 삭제 $ squeue 작업 상태 확인 $ smap 작업 상태 및 노드 상태 확인 $ sinfo [옵션..] 노드 정보 확인 2. sinfo slurm 노드 및 파티션 정보를 조회합니다. 사용방법 및 예제는 아래와 같습니..

KISTI 슈퍼컴퓨터센터의 장비에 mpiP-3.4.1 source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템누리온 OS Version리눅스 / CentOS 7.3 CPUIntel(R) Xeon(R) Gold 6126 컴파일러GNU 7.2.0 version MPIOpenmpi 3.1.0 version 기타 2. 설치 전 환경 설정KISTI 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인 Environment Modules(http://modules.sourceforge.net)로 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다.[ 환경 설정 ] $ module load g..

본 문서는 누리온 시스템에서 ABAQUS 소프트웨어 사용을 위한 기초적인 정보를 제공하고 있습니다. 따라서, ABAQUS 소프트웨어 사용법 및 누리온/리눅스 사용법 등은 포함되어 있지 않습니다. 누리온/리눅스 사용법에 대한 정보는 KISTI 홈페이지 (https://www.ksc.re.kr)의 기술지원 > 지침서 내 누리온 사용자 지침서 등을 참고하시기 바랍니다. 1. 사용 정책 - 사용자별 최대 40개 CPU 코어 수행 가능합니다. - 한정된 라이선스를 슈퍼컴 사용자들이 함께 사용하므로, 사용정책 기준을 초과하여 사용할 경우 해당 작업은 관리자가 강제 종료 합니다. - 부득이하게 많은 라이선스가 필요할 경우, KISTI 홈페이지 (https://www.ksc.re.kr)를 통해 사전에 관리자와 협의해야..

KISTI 슈퍼컴퓨터센터의 장비에 lammps-12Dec18 source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다. 1. 설치 환경 구분 내용 대상 시스템 누리온 OS Version 리눅스 / CentOS 7.3 CPU Intel(R) Xeon(R) Gold 6126 컴파일러 Intel 2018.3 Version MPI IntelMPI 2018.3 Version 기타 Intel MKL Math Library 2. 설치 전 환경 설정 KISTI 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인 Environment Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환..

KISTI 슈퍼컴퓨터센터의 장비에 NAMD 2.12 소스를 (CUDA 기반의) GPU 기능을 사용하는 버전으로 설치하는 방법에 대하여 소개한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템뉴론 OS Version리눅스 / CentOS 7.4 CPUIntel Xeon E5-2670 v2 컴파일러Intel 2018 Version MPIMvapich2 2.3 Version 기타 Intel MKL Math Library, CUDA 10.0 2. 설치 전 환경 설정KISTI 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인Environment Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고,이하 설치 소개 에서는 module load를 ..