일 | 월 | 화 | 수 | 목 | 금 | 토 |
---|---|---|---|---|---|---|
1 | 2 | |||||
3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 |
10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 |
17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 |
24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 |
- 슈퍼컴퓨팅교육
- 타키온2
- 슈퍼컴퓨팅
- sinbaram
- abaqus
- cuda
- neuron
- G16
- Linux
- Gaussian
- TACHYON2
- 신바람
- GPU
- GROMACS
- KISTI
- skl
- KNL
- ansys
- SGE
- 누리온
- 5호기
- Kat
- openfoam
- 슈퍼컴퓨터
- HPC
- 가우시안
- vasp
- 국가슈퍼컴퓨팅센터
- 뉴론
- nurion
- Today
- Total
KISTI 슈퍼컴퓨팅 기술 블로그
누리온 Gromacs 멀티노드 활용 (SKL) 본문
다음은 누리온 SKL노드(norm_skl 큐)을 활용한 Gromacs 테스트 샘플의 실행 방법 및 성능을 보여주는 예제이다.
가. 테스트 계산 모델
Gromacs (2018.6 버전)의 실행 테스트를 위하여, 프로틴을 모델 시스템으로 사용하여 성능을 테스트하였다.
나. 실행 방법 및 성능 분석
[Gromacs 실행 명령 부분]
$gmxBin grompp -f opls.mdp -c em20.gro -p topol.top -o md00.tpr mpirun $gmxBin mdrun -notunepme -ntomp 1 -dlb yes -v -nsteps 40000 -resethway -noconfout -s ${WorkloadPath}/md00.tpr |
1) 작업 스크립트 예제
#!/bin/sh #PBS -N 01N #PBS -V #PBS -l select=1:ncpus=40:mpiprocs=40:ompthreads=1 #PBS -q norm_skl #PBS -l walltime=06:00:00 #PBS -A gromacs #PBS -W sandbox=PRIVATE
module purge module load craype-x86-skylake intel/18.0.3 impi/18.0.3 cmake/3.12.3
cd $PBS_O_WORKDIR
WorkloadPath={작업 경로} InstallDir={설치 경로}/bin gmxBin="${InstallDir}/gmx_mpi"
$gmxBin grompp -f opls.mdp -c em20.gro -p topol.top -o md00.tpr #$gmxBin grompp -f rf.mdp -c conf.gro -p topol.top -o topol_rf.tpr
export I_MPI_DEBUG=5 export I_MPI_PIN_MODE=lib
time -p mpirun $gmxBin mdrun -notunepme -ntomp 1 -dlb yes -v -nsteps 40000 -resethway -noconfout -s ${WorkloadPath}/md00.tpr |
* 작업 스크립트는 이전의 KNL과 거의 동일, 차이점은 사용하는 큐가 normal 큐에서, norm_skl로 바뀐 점, 그리고 KNL이 노드 당 코어를 68개인 것에 반해 SKL은 40개의 코어를 가지고 있기 때문에, 아래와 같이 가용 core수와 MPI 프로세스 수가 40이 넘을 수 없다는 점임.
#PBS –l select=1:ncpus=40:mpiprocs=40:ompthreads=1
2) 계산 성능 결과
아래의 그림은 노드 당 40개의 core를 사용했을 때, 1, 2, 4, 8개의 노드를 사용했을 때의 결과임
그림에서 보듯이 노드 수가 증가함에 따라 계산 시간이 감소하고 있음을 확인할 수 있다.
※ 누리온 KNL 노드, GPU 시스템 뉴론과의 성능 비교는 "누리온 Gromacs 멀티노드 활용(KNL)" 참조 (https://blog.ksc.re.kr/163?category=688349)
'시스템 활용 & 팁' 카테고리의 다른 글
누리온 LAMMPS 멀티노드 활용(KNL) (0) | 2019.10.29 |
---|---|
뉴론 Gromacs 멀티노드 활용 (0) | 2019.10.21 |
누리온 Gromacs 멀티노드 활용 (KNL) (0) | 2019.10.21 |
PYTHON 2.7 EOL(End of Life) 안내 (0) | 2019.05.07 |
뉴론 OpenMPI 3.1.X 이슈 사항 (0) | 2019.04.30 |