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누리온 OpenFOAM-5.x 버전 설치 소개(KNL)

슈퍼컴퓨팅인프라센터 2019. 6. 27. 11:33

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 OpenFOAM-v5.0 Source 버전으로 공용 파일시스템인 /apps에 설치했던 내용을 정리하여 사용자들이 설치하는 방법에 대하여 참고할 수 있도록 내용을 소개 한다.

 

1. 설치 환경

 

 

 구분 내용
 대상 시스템  누리온
OS Version   리눅스 / CentOS 7.3
 CPU  Intel(R) Xeon Phi(TM) CPU 7250
 컴파일러  Intel 2018.3
 MPI  IntelMPI 2018.3 
 기타   

 

2. 설치 전 환경 설정

 

 OpenFOAM-v5.x 버전 설치에 필요한 gmp, mpfr, mpc, boost, CGAL 는 누리온 시스템에 미리 설치된 /apps/common 라이브러리들을 사용한다.

 만약 다른 버전의 gmp, mpfr, mpc, boost, CGAL  가 필요한 경우는 사용자의 홈 디렉토리(/home01/$USER)에 설치 후 환경설정을 해서 사용하면 된다.

 

[ 환경 설정 ]

 $ module load cmake/3.12.3
 $ module load intel/18.0.3 impi/18.0.3
 
3. OpenFOAM-v5.0 버전 설치 과정

 설치 과정 소개는 tar 를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법등 진행 절차를 위주로 설명하고,

 소스 파일 다운로드 등은 생략한다.  
 설치 소개 시 사용된 경로 $/OpenFOAM-5.0/KNL 는 설치 안내를 위한 경로이므로, 
사용자는 실제 사용할 경로를 지정하여 설치하면 된다
 
 설치 과정
 $ cd $/OpenFOAM-5.0/KNL
 $ mkdir OpenFOAM
 $ cd OpenFOAM
 $ tar -xzf OpenFOAM-5.x-version-5.0.tar.gz 
 $ tar -xzf ThirdParty-5.x-version-5.0.tar.gz
 $ mv OpenFOAM-5.x-version-5.0 OpenFOAM-5.0
 $ mv ThirdParty-5.x-version-5.0 ThirdParty-5.0
 $ vi OpenFOAM-5.0/etc/config.sh/settings 
  - - - [settings 수정 사항] 참고 - - -
 $ vi OpenFOAM-5.0/etc/bashrc 
  - - - [bashrc 수정 사항] 참고 - - -
 $ vi ThirdParty-5.0/makeCGAL
  - - - [makeCGAL 수정 사항] 참고 - - -
 $ vi OpenFOAM-5.0/etc/config.sh/mpi
  - - - [mpi 수정 사항] 참고 - - -
 $ vi OpenFOAM-5.0/wmake/rules/linux64Icc/c++ 
  - - - [c++ 수정 사항] 참고 - - -
 $ vi ThirdParty-5.0/scotch_6.0.3/src/Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2.icc
  - - - [Makefile.inc.x86-64_pc_linux2.icc 수정 사항] 참고 - - -
 $ vi ThirdParty-5.0/etc/wmakeFiles/scotch/Makefile.inc.i686_pc_linux2.shlib-OpenFOAM
  - - - [Makefile.inc.i686_pc_linux2.shlib-OpenFOAM 수정 사항] 참고 - - -
 sed -i -e 's/\(boost_version=\)boost-system/\1boost_1_68_0/' OpenFOAM-5.0/etc/config.sh/CGAL
 $ sed -i -e 's/\(cgal_version=\)cgal-system/\1CGAL-4.9.1/' OpenFOAM-5.0/etc/config.sh/CGAL
 $ source OpenFOAM-5.0/etc/bashrc 
 $ mkdir -p $WM_THIRD_PARTY_DIR/platforms/$WM_ARCH$WM_COMPILER
 $ ln -s /apps/common/gmp/6.1.2          $WM_THIRD_PARTY_DIR/platforms/$WM_ARCH$WM_COMPILER/gmp-system
 $ ln -s /apps/common/mpfr/4.0.1         $WM_THIRD_PARTY_DIR/platforms/$WM_ARCH$WM_COMPILER/mpfr-system
 $ ln -s /apps/common/mpc/1.1.0          $WM_THIRD_PARTY_DIR/platforms/$WM_ARCH$WM_COMPILER/mpc-system
 $ ln -s /apps/common/boost/1.68.0       $WM_THIRD_PARTY_DIR/platforms/$WM_ARCH$WM_COMPILER/boost_1_68_0
 $ ln -s /apps/common/CGAL/4.9.1         $WM_THIRD_PARTY_DIR/platforms/$WM_ARCH$WM_COMPILER/CGAL-4.9.1
 $ ln -s /apps/applications/cmake/3.12.3  $WM_THIRD_PARTY_DIR/platforms/$WM_ARCH$WM_COMPILER/cmake-system
 
 $ cd ThirdParty-5.0
 $ ./Allwmake
 
 $ cd $WM_PROJECT_DIR
 $ ./Allwmake

 

[settings 수정 사항] 

 38line :      WM_ARCH=linux64
 61line :         64)
 62line :             WM_ARCH=linux64
 63line :             export WM_COMPILER_LIB_ARCH=64
 64line :             export WM_CC='icc'
 65line :             export WM_CXX='icpc'
 66line :             export WM_CFLAGS='-m64 -fPIC -xMIC-AVX512'
 67line :             export WM_CXXFLAGS='-m64 -fPIC -xMIC-AVX512 -std=c++0x'


 68line :             export WM_LDFLAGS='-m64 -fPIC -xMIC-AVX512'

※ "-xMIC-AVX512" 옵션은 KNL CPU 타입 전용 옵션으로, 

   SKL 계산노드와 KNL 계산노드 모두 실행을 희망하는 경우는 "-xCOMMON-AVX512" 로 변경해서 사용

 

[bashrc 수정 사항] 

 47line : #export FOAM_INST_DIR=$HOME/$WM_PROJECT
 50line : export FOAM_INST_DIR=$/OpenFOAM-5.0/KNL/$WM_PROJECT
 65line : export WM_COMPILER=Icc 


 89line : export WM_MPLIB=INTELMPI

※ 위 수정 예제에서 $/OpenFOAM-5.0/KNL 경로는 설치 시 사용된 경로이므로 변경 후 사용

 

[makeCGAL 수정 사항] 

 46line : cgalPACKAGE=$


 47line : boostPACKAGE=$

 

[mpi 수정 사항] 

 46line :     libDir=`mpiicc --showme:link | sed -e 's/.*-L\([^ ]*\).*/\1/'`

 

[c++ 수정 사항] 

 9line : CC          = icpc -std=c++11 -xMIC-AVX512 -fp-trap=common -fp-model precise

 

[Makefile.inc.x86-64_pc_linux2.icc 수정 사항] 

 10line : CCP             = mpiicc
 12line : CFLAGS          = $(WM_CFLAGS) -O3 -DCOMMON_FILE_COMPRESS_GZ -DCOMMON_PTHREAD -DCOMMON_RANDOM_FIXED_SEED -DSCOTCH_RENAME -DSCOTCH_PTHREAD -restrict -DIDXSIZE64

 

[Makefile.inc.i686_pc_linux2.shlib-OpenFOAM 수정 사항] 

  6line : AR              = icc
  9line : CCS             = icc
 10line : CCP             = mpiicc
 11line : CCD             = mpiicc

 

4. 테스트

 $ module load intel/18.0.3 impi/18.0.3
 $ source $/OpenFOAM-5.0/KNL/OpenFOAM/OpenFOAM-5.0/etc/bashrc 
 $ mkdir -p $FOAM_RUN 
 $ run 
 $ cp -r $FOAM_TUTORIALS/incompressible/simpleFoam/pitzDaily .
 $ cd pitzDaily 
 $ blockMesh 
 $ simpleFoam 

 

5. 기타

Intel 컴파일러를 이용하여 OpenFOAM 설치 시 KNL CPU 타입 전용 옵션인 "-xMIC-AVX512"를 사용하게 될 경우 KNL 계산노드에서 설치를 진행해야 오류가 발생되지 않는다.

"-xMIC-AVX512" 옵션을 사용할 경우 PBS 스케줄러의 Interactive 기능을 이용하여 KNL 계산노드로 접속하여 빌드를 진행해야 한다.

아래는 누리온 KNL 계산노드(debug 큐) 로 접속하는 예제이다.

 qsub -I -V -q debug -l select=1:ncpus=68:mpiprocs=68:ompthreads=1 -l walltime=12:00:00 -A openfoam

※ qsub 명령 뒤 문자는 I(대문자 아이)  이고, select 와 walltime 앞에 문자는 l(소문자 엘) 이다.

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