KISTI 슈퍼컴퓨팅 기술 블로그

다음은 뉴론을 활용한 Gromacs 테스트 샘플의 실행 방법 및 성능을 보여주는 예제이다. 가. 테스트 계산 모델Gromacs (2018.6 버전)의 실행 테스트를 위하여, 프로틴을 모델 시스템으로 사용하여 성능을 테스트하였다. 나. 실행 방법 및 성능 분석[Gromacs 실행 명령 부분]$gmxBin grompp -f opls.mdp -c em20.gro -p topol.top -o md00.tprmpirun $gmxBin mdrun -notunepme -ntomp 1 -dlb yes -v -nsteps 40000 -resethway -noconfout -s ${WorkloadPath}/md00.tpr 1) 작업 스크립트 예제#!/bin/sh#SBATCH –J gromacs #job의 이름을 지정#SB..

다음은 누리온 SKL노드(norm_skl 큐)을 활용한 Gromacs 테스트 샘플의 실행 방법 및 성능을 보여주는 예제이다. 가. 테스트 계산 모델Gromacs (2018.6 버전)의 실행 테스트를 위하여, 프로틴을 모델 시스템으로 사용하여 성능을 테스트하였다. 나. 실행 방법 및 성능 분석[Gromacs 실행 명령 부분]$gmxBin grompp -f opls.mdp -c em20.gro -p topol.top -o md00.tprmpirun $gmxBin mdrun -notunepme -ntomp 1 -dlb yes -v -nsteps 40000 -resethway -noconfout -s ${WorkloadPath}/md00.tpr 1) 작업 스크립트 예제#!/bin/sh#PBS -N 01N#PBS..

다음은 누리온 KNL을 활용한 Gromacs 테스트 샘플의 실행 방법 및 성능을 보여주는 예제이다. 가. 테스트 계산 모델Gromacs (2018.6 버전)의 실행 테스트를 위하여, 프로틴을 모델 시스템으로 사용하여 성능을 테스트하였다. 나. 실행 방법 및 성능 분석[Gromacs 실행 명령 부분]$gmxBin grompp -f opls.mdp -c em20.gro -p topol.top -o md00.tprmpirun $gmxBin mdrun -notunepme -ntomp 1 -dlb yes -v -nsteps 40000 -resethway -noconfout -s ${WorkloadPath}/md00.tpr 1) 작업 스크립트 예제#!/bin/sh#PBS –N 64C01N # job의 이름(여러 개..