KISTI 슈퍼컴퓨팅 기술 블로그

다음은 누리온 SKL을 활용한 LAMMPS 테스트 샘플의 실행 방법 및 성능을 보여주는 예제이다. 가. 테스트 계산 모델Rhodopsin 프로틴을 모델 시스템으로 사용하여 성능을 테스트하였다. input은 LAMMPS의 benchmark 디렉터리의 input 파일 중 하나이며, 병렬환경에서의 테스트를 위해 run을 2000으로 변경하였고, -var x 8 –var y 8 –var z 8로 변경 테스트를 하였다. 나. 실행 방법 및 성능 분석1) 작업 스크립트 예제!/bin/sh#PBS -N LAMMPS#PBS -V#PBS -l select=1:ncpus=40:mpiprocs=40:ompthreads=1#PBS -l walltime=06:00:00#PBS -q norm_skl#PBS -A LAMMPS#PB..

다음은 누리온 KNL을 활용한 LAMMPS 테스트 샘플의 실행 방법 및 성능을 보여주는 예제이다. 가. 테스트 계산 모델Rhodopsin 프로틴을 모델 시스템으로 사용하여 성능을 테스트하였다. input은 LAMMPS의 benchmark 디렉터리의 input 파일 중 하나이며, 병렬환경에서의 테스트를 위해 run을 2000으로 변경하였고, -var x 8 –var y 8 –var z 8로 변경 테스트를 하였다. 나. 실행 방법 및 성능 분석1) 작업 스크립트 예제#!/bin/sh#PBS -N LAMMPS # job의 이름(여러 개의 작업 제출 시 사용자가 구분하기 위한 목적)#PBS -V # 작업 제출 노드(로그인 노드)에서 설정한 환경을 계산 노드에 적용하기 위해 사용#PBS -l select=1:nc..