KISTI 슈퍼컴퓨팅 기술 블로그

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 OpenFOAM-v1912 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템 누리온OS Version 리눅스 / CentOS 7.7 CPU Intel(R) Xeon(R) Gold 6126 컴파일러 Intel 2018.3 MPI IntelMPI 2018.3 기타 2. 설치 전 환경 설정 OpenFOAM-v1912 버전 설치에 필요한 gmp, mpfr, mpc, boost, CGAL 는 누리온 시스템에 미리 설치된 /apps/common 라이브러리들을 사용한다. 만약 다른 버전의 gmp, mpfr, mpc, boost, CGAL 가 필요한 경우는 사용자의 홈 디렉토리(/home01/$USER)에 설치 후 환경설정을 해서..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 gromacs-2020.2 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다. 1. 설치 환경 구분 내용 대상 시스템 누리온 OS Version 리눅스 / CentOS 7.7 CPU Intel(R) Xeon Phi(TM) CPU 7250 컴파일러 Intel 2019.5 Version MPI IntelMPI 2019.5 Version 기타 Intel MKL Math Library 2. 설치 전 환경 설정 누리온 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이..

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 gromacs-2020.2 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다. 1. 설치 환경 구분내용 대상 시스템 누리온 OS Version 리눅스 / CentOS 7.7 CPU Intel(R) Xeon(R) Gold 6148 컴파일러 Intel 2019.5 Version MPI IntelMPI 2019.5 Version 기타 Intel MKL Math Library 2. 설치 전 환경 설정 누리온 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다. ..

KISTI 슈퍼컴퓨터 시스템에서는 기본적으로 스케줄러를 이용하여 작업을 제출하고 계산을 수행하도록 되어 있지만, 코드 개발이나 컴파일, 디버깅을 위해 자원을 할당받아 인터렉티브 모드로 작업을 수행할 수도 있다. 누리온과 뉴론은 각각 다른 스케줄러를 사용하고 있기 때문에 계산 자원을 할당받아 사용하는 명령은 다르다. ※ 2020년 6월 PM 이후, 2시간 이상 미사용시 타임아웃으로 작업이 종료되고 할당 받은 자원이 회수되며 인터렉티브 작업의 walltime은 최대 12시간으로 고정된다. ※ 인터렉티브 작업을 포함한 모든 작업 제출은 scratch 디렉토리에서 제출되어야 한다. ■ 누리온 인터렉티브 작업 제출 ○ 인터렉티브 작업 제출 $ qsub -I -l select=1:ncpus=64:ompthreads..

1. Jupyter 개요 가. JupyterHub ○ JupyterHub 란 멀티 사용자 환경에서 주피터 랩/노트북을 사용할 수 있는 오픈소스 소프트웨어를 뜻한다. ○ JupyterHub는 다양한 환경 (JupyterLab, Notebook, RStudio, Nteract 등)을 지원할 뿐만 아니라 인증 서버 (OAuth, LDAP, GitHub 등) 및 배치 스케줄러와도 (PBSPro, Slurm, LSF 등) 유연하게 연동 가능하다. ○ JupyterHub는 컨테이너 관리 플랫폼인 Kubernetes와도 연동이 쉬워 컨테이너 기반의 클라우드 환경에 쉽게 연동 가능하다. ※ Neuron 기반 JupyterHub는 5호기 Bright LDAP, OTP 인증기능을 추가하였고 Slurm 배치 스케줄러와 연동..