누리온 SIESTA 4.1-b3 설치(KNL)

KISTI 슈퍼컴퓨터센터의 누리온 시스템에 siesta-4.1-b3 source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다.

 

1. 설치 환경

구분	내용
대상 시스템	누리온
OS Version	리눅스 / CentOS 7.3
CPU	Intel(R) Xeon Phi(TM) CPU 7250
컴파일러	Intel 2017.5 Version
MPI	IntelMPI 2017.5 Version
기타	Intel MKL Math Library

 

2. 설치 전 환경 설정

KISTI 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인 Environment Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다.

[ 환경 설정 ]

$ module load craype-mic-knl intel/17.0.5 impi/17.0.5 netcdf-hdf5-parallel/4.6.1

 

SIESTA 는 check 과정을 포함하고 있어 KNL CPU 타입 전용 옵션(-xMIC-AVX512) 사용을 위해서는 KNL 계산노드에서 빌드 해야 한다.

소개 문서는 KNL CPU 가 장착된 디버깅 노드에서 빌드 하는 방법으로 안내한다.

[ 디버깅 노드 접속 ]

$ qsub -I -q debug -l select=1:ncpus=1:mpiprocs=1:ompthreads=1 -l walltime=12:00:00 -A siesta

3. 설치 과정

 설치 과정 소개는 tar 를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법등 진행 절차를 위주로 설명하고, 소스 파일 다운로드 등은 생략한다. 

 

설치과정
$ tar -xvf siesta-4.1-b3.tar.gz $ cd siesta-4.1-b3 $ cd Obj $ sh ../Src/obj_setup.sh $ cp intel.make arch.make $ vi arch.make 수정     - - - [arch.make 파일 수정 내용] 참고 - - - $ make

 

[arch.make 파일 수정 내용]

#  # Copyright (C) 1996-2016 The SIESTA group #  This file is distributed under the terms of the #  GNU General Public License: see COPYING in the top directory #  or http://www.gnu.org/copyleft/gpl.txt. # See Docs/Contributors.txt for a list of contributors. # #------------------------------------------------------------------- # arch.make file for gfortran compiler. # To use this arch.make file you should rename it to #   arch.make # or make a sym-link. # For an explanation of the flags see DOCUMENTED-TEMPLATE.make .SUFFIXES: .SUFFIXES: .f .F .o .c .a .f90 .F90 SIESTA_ARCH = unknown CC = mpiicc FPP = $(FC) -E -P FC = mpiifort FC_SERIAL = ifort FFLAGS = -O2 -fPIC AR = ar RANLIB = ranlib SYS = nag SP_KIND = 4 DP_KIND = 8 KINDS = $(SP_KIND) $(DP_KIND) LDFLAGS = -mkl=cluster COMP_LIBS = libsiestaLAPACK.a libsiestaBLAS.a FPPFLAGS = $(DEFS_PREFIX)-DFC_HAVE_ABORT MPI_INTERFACE = libmpi_f90.a MPI_INCLUDE = . FPPFLAGS += -DMPI LIBS = -mkl=cluster -L/apps/compiler/intel/17.0.5/impi/17.0.5/applib2/mic-knl/netcdf-hdf5-parallel/4.6.1/lib -lnetcdf # Dependency rules --------- FFLAGS_DEBUG = -g -O1   # your appropriate flags here... # The atom.f code is very vulnerable. Particularly the Intel compiler # will make an erroneous compilation of atom.f with high optimization # levels. atom.o: atom.F $(FC) -c $(FFLAGS_DEBUG) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F) $<  pdos2k.o: pdos2k.F $(FC) -c $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F) $< pdos3k.o: pdos3k.F $(FC) -c $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F) $< .c.o: $(CC) -c $(CFLAGS) $(INCFLAGS) $(CPPFLAGS) $<  .F.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F)  $<  .F90.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_free_F90) $<  .f.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_fixed_f)  $< .f90.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_free_f90)  $<