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KISTI 슈퍼컴퓨팅 기술 블로그
누리온 GROMACS-2021.4 버전 설치 소개 (SKL) 본문
KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템의 SKL 사용 시 gromacs-2021.4 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다.
1. 설치 환경
구분 | 내용 |
대상 시스템 | 누리온(SKL) |
OS Version | 리눅스 / CentOS 7.7 |
CPU | Intel(R) Xeon(R) Gold 6148 |
컴파일러 | Intel 2021.4 Version |
MPI | IntelMPI 2021.4 Version |
기타 | Intel MKL Math Library |
2. 설치 전 환경 설정
누리온 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여
환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고,
이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다.
[ 환경 설정 ]
$ module purge $ module load intel/oneapi_21.2 impi/oneapi_21.2 cmake/3.17.4 |
3. gromacs-2021.4 버전 설치 과정
설치 과정 소개는 tar 를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법 등 진행 절차를 위주로 설명하고,
소스 파일 다운로드 등은 생략한다.
설치 과정 |
$ export FLAGS="-O2 -g -static-intel" $ export CFLAGS=$FLAGS $ export CXXFLAGS=$FLAGS $ export CC=mpiicc $ export CXX=mpiicpc $ tar -xzvf gromacs-2021.4.tar.gz $ cd gromacs-2021.4/ $ mkdir build $ cd build $ cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/GROMACS/2021.4 \ -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_MPI=ON -DGMX_OPENMP=ON \ -DGMX_CYCLE_SUBCOUNTERS=ON -DGMX_GPU=OFF \ -DGMX_HWLOC=OFF -DGMX_SIMD=AVX_512 \ -DGMX_OPENMP_MAX_THREADS=32 $ make $ make install |
※ "-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/GROMACS/2021.4"는 예시로 설치 희망하는 디렉토리로 명시한다.
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