KISTI 슈퍼컴퓨팅 기술 블로그

다음은 누리온 KNL을 활용한 LAMMPS 테스트 샘플의 실행 방법 및 성능을 보여주는 예제이다. 가. 테스트 계산 모델Rhodopsin 프로틴을 모델 시스템으로 사용하여 성능을 테스트하였다. input은 LAMMPS의 benchmark 디렉터리의 input 파일 중 하나이며, 병렬환경에서의 테스트를 위해 run을 2000으로 변경하였고, -var x 8 –var y 8 –var z 8로 변경 테스트를 하였다. 나. 실행 방법 및 성능 분석1) 작업 스크립트 예제#!/bin/sh#PBS -N LAMMPS # job의 이름(여러 개의 작업 제출 시 사용자가 구분하기 위한 목적)#PBS -V # 작업 제출 노드(로그인 노드)에서 설정한 환경을 계산 노드에 적용하기 위해 사용#PBS -l select=1:nc..

다음은 뉴론을 활용한 Gromacs 테스트 샘플의 실행 방법 및 성능을 보여주는 예제이다. 가. 테스트 계산 모델Gromacs (2018.6 버전)의 실행 테스트를 위하여, 프로틴을 모델 시스템으로 사용하여 성능을 테스트하였다. 나. 실행 방법 및 성능 분석[Gromacs 실행 명령 부분]$gmxBin grompp -f opls.mdp -c em20.gro -p topol.top -o md00.tprmpirun $gmxBin mdrun -notunepme -ntomp 1 -dlb yes -v -nsteps 40000 -resethway -noconfout -s ${WorkloadPath}/md00.tpr 1) 작업 스크립트 예제#!/bin/sh#SBATCH –J gromacs #job의 이름을 지정#SB..

다음은 누리온 SKL노드(norm_skl 큐)을 활용한 Gromacs 테스트 샘플의 실행 방법 및 성능을 보여주는 예제이다. 가. 테스트 계산 모델Gromacs (2018.6 버전)의 실행 테스트를 위하여, 프로틴을 모델 시스템으로 사용하여 성능을 테스트하였다. 나. 실행 방법 및 성능 분석[Gromacs 실행 명령 부분]$gmxBin grompp -f opls.mdp -c em20.gro -p topol.top -o md00.tprmpirun $gmxBin mdrun -notunepme -ntomp 1 -dlb yes -v -nsteps 40000 -resethway -noconfout -s ${WorkloadPath}/md00.tpr 1) 작업 스크립트 예제#!/bin/sh#PBS -N 01N#PBS..

다음은 누리온 KNL을 활용한 Gromacs 테스트 샘플의 실행 방법 및 성능을 보여주는 예제이다. 가. 테스트 계산 모델Gromacs (2018.6 버전)의 실행 테스트를 위하여, 프로틴을 모델 시스템으로 사용하여 성능을 테스트하였다. 나. 실행 방법 및 성능 분석[Gromacs 실행 명령 부분]$gmxBin grompp -f opls.mdp -c em20.gro -p topol.top -o md00.tprmpirun $gmxBin mdrun -notunepme -ntomp 1 -dlb yes -v -nsteps 40000 -resethway -noconfout -s ${WorkloadPath}/md00.tpr 1) 작업 스크립트 예제#!/bin/sh#PBS –N 64C01N # job의 이름(여러 개..

- 참고 : https://legacy.python.org/dev/peps/pep-0373 2010년 부터 정식 배포가 되었던 Python 2.7 버전은 2020년 부터 지원이 중단 됩니다. python.org 사이트에 Python 2.8 버전은 계획이 없음을 발표 하였습니다. Python 2 와 Python 3는 문법이 달라 호환되지 않습니다. Python 2.x 버전을 사용하신다면 올해가 가기전에 미리 Python 3 버전으로 작성하신 후 사용을 권해 드립니다.

KISTI 슈퍼컴퓨터센터의 OpenMPI 3.1.X 이슈 사항 해결 팁에 대하여 소개한다. 1. 환경 대상 시스템 : 뉴론 OS Version : Linux / CentOS 7.4 CPU : Intel Xeon E5-2670 v2 Mellanox OFED : MLNX_OFED_LINUX-4.4-2.0.7.0 (OFED-4.4-2.0.7) MPI : OpenMPI-3.1.0 2. 오류 내용 [optpar02@login02 test]$ mpirun -np 2 ./host.x ibv_exp_query_device: invalid comp_mask !!! (comp_mask = 0xffffffffffffffff valid_mask = 0x1) [login02][[51376,1],0][btl_openib_comp..

뉴론 시스템에는 mvapich2와 openmpi가 설치되어 있습니다. 이 문서에서는 MPI 기반 작업들을 slurm 스케쥴러를 이용해 작업 제출하는 방법에 대해 기술하고 있습니다. 1. mvapich2로 빌드된 애플리케이션의 작업 제출 뉴론 시스템에 설치되어 있는 mvapich2를 활용하기 위해서는 아래와 같은 module 명령으로 사용가능한 모듈 목록 및 모듈 사용법을 확인합니다. 2019년 5월 현재 뉴론 시스템에는 mvapich2-2.3이 설치되어 있으며, 이것은 gcc-4.8.5, intel-18.0.2, pgi-19.1 컴파일러로 빌드한 버전들이 존재합니다. 이를 사용하기 위해서는 위에 언급된 바와 같이 다음과 같이 module 명령어를 사용합니다. $ module load intel/18.0...

아나콘다(Anaconda)는 PYTHON 과 R 프로그래밍 언어로 된 과학 컴퓨팅(데이터 과학, 기계 학습 응용 프로그램, 대규모 데이터 처리, 예측 분석 등)분야의 패키지들의 모음을 제공하는 배포판이다.Anaconda 배포판은 1,200 만 명이 넘는 사용자가 사용하며 Windows, Linux 및 MacOS에 적합한 1400 가지 이상의 인기있는 데이터 과학 패키지를 포함한다.Anaconda를 설치하기 위해서는 https://www.anaconda.com 웹사이트에서 자신의 OS에 맞는 배포판을 다운받아 설치하면 된다.(예) Windows, MacOS, Linux현재 Anaconda 는 Python 3.7 기반의 버전과 Python 2.7 기반의 버전을 제공한다. conda 는 아나콘다에서 패키지 버..

[오류 내용]Program Exception - illegal instruction [원인]CPU에 최적화된 옵션을 사용한 프로그램이 다른 타입의 CPU 에서 실행 하는 경우 발생합니다. [조치사항]사용할 CPU 타입에 맞게 프로그램을 재 컴파일을 진행 해야 합니다.각 컴파일러 별 CPU 타입에 맞는 최적화 옵션은 아래 참고 사항을 확인해 주세요.※ 참고 : http://blog.ksc.re.kr/101

vasp.5.4.4.18Apr17 버전은 버그가 있어 패치가 필요한것으로 알려져 있다.아래 내용들을 참고 하여 vasp 설치 전 패치를 진행해야 오류가 발생하지 않는다. [참고 주소]- vasp site : https://www.vasp.at/index.php/news/archive- vasp wiki site : http://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/Installing_VASP [패치 파일 목록]vasp download portal 또는 vasp wiki 에서 다운 로드 가능.- patch.5.4.4.16052018.gz [패치 방법]각 압축 파일을 Gunzip 후 vasp.5.4.4 root directory 에서 패치 진행(압축해제 방법은 생략한다)$ patc..

각 컴파일러들에서 INTEL AVX-512(Advanced Vector Extensions 512) 를 활성화 시키는 옵션입니다.INTEL AVX-512 참고 : https://en.wikipedia.org/wiki/AVX-512 [GNU]- Skylake : -march=skylake-avx512- KNL : -march=knl [Intel]- Skylake : -xCORE-AVX512- KNL : -xMIC-AVX512※ 참고 : https://software.intel.com/en-us/articles/compiling-for-the-intel-xeon-phi-processor-and-the-intel-avx-512-isa [PGI]- Skylake : -tp=skylake- KNL : -tp=kn..

[오류 내용]/bin/sh^M: bad interpreter: No such file or directory [원인]dos 형식의 파일에서의 새줄 문자와 Unix 형식에서의 새줄 문자가 달라 ^M을 명령으로 인식해서 생기는 문제입니다. [조치사항]dos 포멧으로 작성된 파일을 vi를 이용해 ^M을 제거 하거나 dos2unix 명령어를 이용하여 Unix 파일 포멧으로 변경해주어야 합니다. [예제]dos2unix {파일명} - 참고 : https://ko.wikipedia.org/wiki/새줄_문자

vasp.5.4.1.24Jun15 버전은 버그가 있어 패치가 필요한것으로 알려져 있다.아래 내용들을 참고 하여 vasp 설치 전 패치를 진행해야 오류가 발생하지 않는다. [참고 주소]- vasp site : https://www.vasp.at/index.php/news/archive- vasp wiki site : http://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/Installing_VASP [패치 파일 목록]vasp download portal 또는 vasp wiki 에서 다운 로드 가능.- patch.5.4.1.08072015.gz- patch.5.4.1.27082015.gz- patch.5.4.1.06112015.gz [패치 방법]각 압축 파일을 Gunzip 후 vasp...

OpenMP 병렬 프로그래밍을 지원하는 Open Source 프로그램을 Intel 컴파일러로 설치해서사용하고자 할때 configure 단계에서 OpenMP 체크 시 오류가 발생할 경우 [오류내용]checking how to enable OpenMP... unknownconfigure: error: don't know how to enable OpenMP [원인]Intel 컴파일러에서 OpenMP 활성화 옵션이 "-qopenmp" 이지만 일부 Open Source 들에서 "-mp" 로만 지정되어 있어 오류 발생 [해결방법]파일 편집기(vi)로 configure 파일을 열어서 CFLAGS와 같은 환경변수에 "-mp" 로 지정된 부분을 "-qopenmp"로 수정해 준다 [예제 : fftw-2.1.5]변경 전 ..