KISTI 슈퍼컴퓨팅 기술 블로그

KISTI 슈퍼컴퓨터센터의 장비에 lammps-3Mar20 source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다. 1. 설치 환경 구분 내용 대상 시스템 누리온 OS Version 리눅스 / CentOS 7.7 CPU Intel(R) Xeon(R) Gold 6126 컴파일러 Intel 2019.5 Version MPI IntelMPI 2019.5 Version 기타 Intel MKL Math Library 2. 설치 전 환경 설정 KISTI 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인 Environment Modules이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다. [ 환경 설정 ] $ module..

KISTI 슈퍼컴퓨터센터의 장비에 lammps-3Mar20 source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다. 1. 설치 환경 구분 내용 대상 시스템 누리온 OS Version 리눅스 / CentOS 7.7 CPU Intel(R) Xeon(R) Gold 6126 컴파일러 Intel 2019.5 Version MPI IntelMPI 2019.5 Version 기타 Intel MKL Math Library 2. 설치 전 환경 설정 KISTI 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인 Environment Modules이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다. [ 환경 설정 ] $ module..

Neuron[가속기] FAQ 모음 # 배치작업 (11) Q. 계산 노드에서 작업 실행은 어떻게 하나요? A. 계산 노드에서의 작업 실행은 작업 스케줄러인 SLURM를 통해 수행하실 수 있습니다. 작업에 따른 스크립트 예제는 뉴론 사용자 지침서를 참고바랍니다. 뉴론 사용자 지침서는 KISTI 슈퍼컴퓨팅센터 홈페이지(www.ksc.re.kr)에서 기술지원 > 지침서 > 하드웨어 > 뉴론 > "스케줄러(SLURM)을 통한 작업 실행" 에서 확인 가능합니다. job_script를 작성하시고 sbatch 명령을 통해 작업을 올리실 수 있습니다. $ sbatch mpi.sh Q. 제출 한 작업의 진행 상태를 알고 싶어요. A. 작업 상태를 알려주는 명령은 squeue 입니다. $ squeue - 사용자 ID로 확인..

Nurion [5호기] FAQ 모음 # 배치작업 (14) Q. 계산 노드에서 작업 실행은 어떻게 하나요? A. 계산 노드에서의 작업 실행은 작업 스케쥴러인 PBS를 통해 수행하실 수 있습니다. 작업에 따른 스크립트 예제는 홈폴더 ~/job_examples 에 있습니다. job_script를 작성하시고 qsub 명령을 통해 작업을 올리실 수 있습니다. $ qsub mpi.sh Q. 제출한 작업의 진행 상태를 알고 싶어요. A. 작업 상태를 알려주는 명령은 qstat 입니다. $ qstat - 내 작업만 확인하는 경우 $ qstat -u $USER - 작업ID 의 상세 정보 $ qstat -f {작업ID} Q. 사용할 수 있는 자원을 확인하는 방법은 어떻게 되나요? A. pbs_status 명령을 통해 현재..

안녕하세요? KISTI 슈퍼컴퓨터 5호기 누리온 사용자 지침서는 국가슈퍼컴퓨팅센터 웹사이트(https://www.ksc.re.kr/gsjw/jcs/hd)에서 확인가능합니다. 초보 사용자를 위한 동영상 지침서는 본 슈퍼컴퓨팅 블로그 "사용자 지침서/동영상 지침서 [초보사용자]" 카테고리에서 확인하실 수 있습니다. (동영상 지침서) 감사합니다.

다음은 KISTI 뉴론 시스템의 AMD 노드와 Cascade 노드의 CPU 만을 활용한 application 간 성능을 보여주는 예제이다. 1. 개요 비교 노드 cas_v100_2 amd core 수 1, 10, 20, 40 1, 10, 20, 40, 64 컴파일러 GNU, intel MPI OpenMPI, impi 라이브러리 fftw3_single, fftw3_double, MKL applications NAMD, GROMACS, OpenFOAM 2. applications 별 성능 분석 1) NAMD 단일 코어 단순 컴파일러 기준 gcc 는 AMD 노드에서 보다 좋은 성능을 보여줌 단순 컴파일러 기준 intel 은 Cascade 노드에서 보다 좋은 성능을 보여줌 2) NAMD 멀티 코어 gcc 의 경..

AMD Instinct MI100은 AMD CDNA 아키텍처를 기반으로 설계된 GPU로 HPC와 AI를 모두 지원하도록 설계되어 있다. 일반 연산을 위한 Stream Processor (FP64: 11.5TFLOPs, FP32 23.1 TFLOPs) 및 FP32, F16 matrix (46.1TFLOPs, 184.6 TFLOPs) 가속을 위한 Matrix Core 두가지로 나뉘어 설계되어 있다. HBM2 32GB를 GPU 메모리로 사용하며 PCIe 4.0까지 지원하며 Infinity Fabric Link로 GPU 간 통신이 가능하나 테스트 보드 설계의 한계로 인해 본 성능 테스트에서는 PCIe 3.0을 활용하였다. NVIDIA GPU와 비교하였을 때 AMD GPU의 가장 큰 차이점은 warp에 해당하는 ..

1. Checkpoint 기능의 정의 모종의 이유로 계산이 완료되기 전에 중단되었을 때(walltime limit 초과 및 에러 발생 등) 계산을 특정 지점부터 이어서 수행할 수 있도록 작업의 상태를 주기적으로 저장하는 기능 2. Checkpoint 기능 관련 문서 Checkpoint 기능의 명칭이나(Autosave 등) 활성화 여부는 애플리케이션의 종류 및 버전에 따라 다를 수 있으며, 일부 애플리케이션의 경우 수동으로 활성화해야 할 수도 있다. Checkpoint 기능 관련 세부 사항은 다음과 같은 기술 문서를 통해 확인할 수 있다. 1) Abaqus - Abaqus execution (abaqus-docs.mit.edu/2017/English/SIMACAEEXCRefMap/simaexc-c-anal..