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KISTI 슈퍼컴퓨팅 기술 블로그
누리온 R-3.6.2 버전 설치 소개 본문
KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 R-3.6.2 를 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다.
1. 설치 환경
구분 | 내용 |
대상 시스템 | 누리온 |
OS Version | 리눅스 / CentOS 7.3 |
CPU | Intel(R) Xeon(R) Gold 6126 |
컴파일러 | gcc 4.8.5 Version |
MPI | |
기타 | CURL |
2. 설치 전 환경 설정
안전한 설치를 위하여 디버그 노드에서 interactive 하게 접속하여 설치를 진행하며,
누리온 시스템의 기본 컴파일러인 gcc-4.8.5 를 사용하고 의존성 라이브러리인 CURL 을 환경설정하여 설치를 진행한다.
[ 디버그 노드 접속 ]
$ cds $ qsub -I -V -l select=1:ncpus=68:ompthreads=1 -l walltime=04:00:00 -q debug -A etc |
[ 환경 설정 ]
$ export PATH=/apps/common/curl/7.59.0/bin:$PATH $ export LD_LIBRARY_PATH=/apps/common/curl/7.59.0/lib:$LD_LIBRARY_PATH |
3. 설치 과정
설치 과정 |
$ tar -xzvf R-3.6.2.tar.gz $ cd R-3.6.2 $ ./configure --prefix=/scratch/{USER_ID}/R --with-x=no \ LDFLAGS="-L/apps/common/readline/7.0/lib -L/apps/common/ncurses/6.1/lib -L/apps/common/bzip2/1.0.8/lib" \ CPPFLAGS="-I/apps/common/readline/7.0/include -I/apps/common/ncurses/6.1/include -I/apps/common/bzip2/1.0.8/include" $ make -j 40 $ make install |
※ 파란 색으로 표시된 {USER_ID} 위치에는 사용자의 ID로 작성해주어야 한다.
※ 설치 과정 중 prefix 경로는 설치 안내를 위한 경로이므로 사용자는 실제 사용할 경로를 지정하여 설치하면 된다.
※ 디버그 노드에서 interactive 작업을 수행하는 경우에는 -j 옵션을 이용하여 여러 core 의 사용이 가능하나
로그인 노드에서 작업을 수행하는 경우 해당 옵션의 사용이 제한된다.
4. 설치 확인 및 실행 예시
[ 설치 확인 ]
$ ls /scratch/{USER_ID}/R/bin/R $ /scratch/{USER_ID}/R/bin/R --version |
[ 실행 예시 ]
$ /scratch/{USER_ID}/R/bin/R > dir.create('~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6.2', showWarnings = FALSE, recursive = TRUE) > .libPaths(new='~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6.2') > .libPaths() |
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