KISTI 슈퍼컴퓨팅 블로그

누리온 VASP 5.3.5 설치 본문

SW 설치 문서 창고/누리온(NURION)

누리온 VASP 5.3.5 설치

슈퍼컴퓨팅인프라센터 2018. 12. 5. 18:24

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 vasp 5.3.5 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다.


1. 설치 환경

 구분

내용

 대상 시스템

 누리온

OS Version 

 리눅스 / CentOS 7.3

 CPU

 Intel(R) Xeon(R) Gold 6148

 컴파일러

 Intel 2018.3 Version

 MPI

 IntelMPI 2018.3 Version

 기타

 Intel MKL Math Library


2. 설치 전 환경 설정

  누리온 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 

  환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고,

  이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다.


[ 환경 설정 ]

 $ module load intel/18.0.3 impi/18.0.3


3. vasp 5.3.5 버전 설치 과정

 설치 과정 소개는 tar 를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법등 진행 절차를 위주로 설명하고,
 소스 파일 다운로드 등은 생략한다.  

 설치 과정

 $ tar xvf vasp.5.lib.tar 

 $ tar xvf vasp.5.3.5.tar.gz 

 $ cd vasp.5.lib

 $ cp makefile.linux_ifc_P4 makefile

 $ vi makefile

 - - - - - [vasp.5.lib makefile 파일 수정 내용] 참고

 $ make

 $ cd ../vasp.5.3

 $ cp makefile.linux_ifc_P4 makefile

 $ vi makefile

 - - - - - [vasp.5.3 makefile 파일 수정 내용] 참고

 $ make


[vasp.5.lib makefile 파일 수정 내용]

.SUFFIXES: .inc .f .F


# C-preprocessor

CPP     = gcc -E -P -C $*.F >$*.f

FC=ifort


CFLAGS = -O

FFLAGS = -O0 -FI

FREE   =  -FR


DOBJ =  preclib.o timing_.o derrf_.o dclock_.o  diolib.o dlexlib.o drdatab.o


#-----------------------------------------------------------------------

# general rules

#-----------------------------------------------------------------------


libdmy.a: $(DOBJ) lapack_double.o linpack_double.o lapack_atlas.o

        -rm libdmy.a

        ar vq libdmy.a $(DOBJ)


# files which do not require autodouble 

lapack_min.o: lapack_min.f

        $(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c lapack_min.f

lapack_double.o: lapack_double.f

        $(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c lapack_double.f

lapack_single.o: lapack_single.f

        $(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c lapack_single.f

lapack_atlas.o: lapack_atlas.f

        $(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c lapack_atlas.f

linpack_double.o: linpack_double.f

        $(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c linpack_double.f

linpack_single.o: linpack_single.f

        $(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c linpack_single.f


.c.o:

        $(CC) $(CFLAGS) -c $*.c

.F.o:

        $(CPP) 

        $(FC) $(FFLAGS) $(FREE) $(INCS) -c $*.f

.F.f:

        $(CPP) 

.f.o:

        $(FC) $(FFLAGS) $(FREE) $(INCS) -c $*.f


[vasp.5.3 makefile 파일 수정 내용]

.SUFFIXES: .inc .f .f90 .F

SUFFIX=.f90


FC=mpiifort

FCL=$(FC)


CPP_=fpp -f_com=no -free -w0 $*.F $*$(SUFFIX)


FFLAGS =  -FR -assume byterecl


OFLAG=-O3 -ip -ftz -xCORE-AVX2

OFLAG_HIGH = $(OFLAG)

OBJ_HIGH =

OBJ_NOOPT =

DEBUG  = -FR -O0

INLINE = $(OFLAG)


MKL_PATH=$(MKLROOT)/lib/intel64


BLAS= -mkl=cluster


BLACS = 

SCALAPACK = 


CPP= $(CPP_) -DMPI -DHOST=\"LinuxIFC\" -DIFC \

 -DCACHE_SIZE=16000 -DPGF90 -Davoidalloc -DNGZhalf \

 -DMPI_BLOCK=8000 -Duse_collective \

 -DRPROMU_DGEMV -DRACCMU_DGEMV


LIB  = -L../vasp.5.lib -ldmy \

     ../vasp.5.lib/linpack_double.o \

     $(BLAS) $(SCALAPACK)


LINK = -shared-intel


INCS= -I$(MKLROOT)/include/fftw

FFT3D= fftmpiw.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o \

       $(MKLROOT)/lib/intel64/libfftw3xf_intel.a


BASIC=   symmetry.o symlib.o   lattlib.o  random.o


SOURCE=  base.o     mpi.o      smart_allocate.o      xml.o  \

         constant.o jacobi.o   main_mpi.o  scala.o   \

         asa.o      lattice.o  poscar.o   ini.o  mgrid.o  xclib.o  vdw_nl.o  xclib_grad.o \

         radial.o   pseudo.o   gridq.o     ebs.o  \

         mkpoints.o wave.o     wave_mpi.o  wave_high.o  spinsym.o \

         $(BASIC)   nonl.o     nonlr.o    nonl_high.o dfast.o    choleski2.o \

         mix.o      hamil.o    xcgrad.o   xcspin.o    potex1.o   potex2.o  \

         constrmag.o cl_shift.o relativistic.o LDApU.o \

         paw_base.o metagga.o  egrad.o    pawsym.o   pawfock.o  pawlhf.o   rhfatm.o  hyperfine.o paw.o   \

         mkpoints_full.o       charge.o   Lebedev-Laikov.o  stockholder.o dipol.o    pot.o \

         dos.o      elf.o      tet.o      tetweight.o hamil_rot.o \

         chain.o    dyna.o     k-proj.o    sphpro.o    us.o  core_rel.o \

         aedens.o   wavpre.o   wavpre_noio.o broyden.o \

         dynbr.o    hamil_high.o  rmm-diis.o reader.o   writer.o   tutor.o xml_writer.o \

         brent.o    stufak.o   fileio.o   opergrid.o stepver.o  \

         chgloc.o   fast_aug.o fock_multipole.o  fock.o  mkpoints_change.o sym_grad.o \

         mymath.o   internals.o npt_dynamics.o   dynconstr.o dimer_heyden.o dvvtrajectory.o subdftd3.o \

         vdwforcefield.o nmr.o      pead.o     subrot.o   subrot_scf.o  paircorrection.o \

         force.o    pwlhf.o    gw_model.o optreal.o  steep.o    davidson.o  david_inner.o \

         electron.o rot.o  electron_all.o shm.o    pardens.o  \

         optics.o   constr_cell_relax.o   stm.o    finite_diff.o elpol.o    \

         hamil_lr.o rmm-diis_lr.o  subrot_cluster.o subrot_lr.o \

         lr_helper.o hamil_lrf.o   elinear_response.o ilinear_response.o \

         linear_optics.o \

         setlocalpp.o  wannier.o electron_OEP.o electron_lhf.o twoelectron4o.o \

         gauss_quad.o m_unirnk.o minimax_tabs.o minimax.o \

         mlwf.o     ratpol.o screened_2e.o wave_cacher.o chi_base.o wpot.o \

         local_field.o ump2.o ump2kpar.o fcidump.o ump2no.o \

         bse_te.o bse.o acfdt.o chi.o sydmat.o \

         lcao_bare.o wnpr.o dmft.o \

         rmm-diis_mlr.o  linear_response_NMR.o wannier_interpol.o linear_response.o  auger.o getshmem.o \

         dmatrix.o


vasp: $(SOURCE) $(FFT3D) $(INC) main.o

        rm -f vasp

        $(FCL) -o vasp main.o  $(SOURCE)   $(FFT3D) $(LIB) $(LINK)

makeparam: $(SOURCE) $(FFT3D) makeparam.o main.F $(INC)

        $(FCL) -o makeparam  $(LINK) makeparam.o $(SOURCE) $(FFT3D) $(LIB)

zgemmtest: zgemmtest.o base.o random.o $(INC)

        $(FCL) -o zgemmtest $(LINK) zgemmtest.o random.o base.o $(LIB)

dgemmtest: dgemmtest.o base.o random.o $(INC)

        $(FCL) -o dgemmtest $(LINK) dgemmtest.o random.o base.o $(LIB) 

ffttest: base.o smart_allocate.o mpi.o mgrid.o random.o ffttest.o $(FFT3D) $(INC)

        $(FCL) -o ffttest $(LINK) ffttest.o mpi.o mgrid.o random.o smart_allocate.o base.o $(FFT3D) $(LIB)

kpoints: $(SOURCE) $(FFT3D) makekpoints.o main.F $(INC)

        $(FCL) -o kpoints $(LINK) makekpoints.o $(SOURCE) $(FFT3D) $(LIB)


clean:  

        -rm -f *.g *.f90 *.o *.L *.mod ; touch *.F


main.o: main$(SUFFIX)

        $(FC) $(FFLAGS) $(DEBUG)  $(INCS) -c main$(SUFFIX)

xcgrad.o: xcgrad$(SUFFIX)

        $(FC) $(FFLAGS) $(INLINE)  $(INCS) -c xcgrad$(SUFFIX)

xcspin.o: xcspin$(SUFFIX)

        $(FC) $(FFLAGS) $(INLINE)  $(INCS) -c xcspin$(SUFFIX)


makeparam.o: makeparam$(SUFFIX)

        $(FC) $(FFLAGS) $(DEBUG)  $(INCS) -c makeparam$(SUFFIX)


makeparam$(SUFFIX): makeparam.F main.F


base.o: base.inc base.F

mgrid.o: mgrid.inc mgrid.F

constant.o: constant.inc constant.F

lattice.o: lattice.inc lattice.F

setex.o: setexm.inc setex.F

pseudo.o: pseudo.inc pseudo.F

mkpoints.o: mkpoints.inc mkpoints.F

wave.o: wave.F

nonl.o: nonl.inc nonl.F

nonlr.o: nonlr.inc nonlr.F


$(OBJ_HIGH):
        $(CPP)
        $(FC) $(FFLAGS) $(OFLAG_HIGH) $(INCS) -c $*$(SUFFIX)
$(OBJ_NOOPT):
        $(CPP)
        $(FC) $(FFLAGS) $(INCS) -c $*$(SUFFIX)

fft3dlib_f77.o: fft3dlib_f77.F
        $(CPP)
        $(F77) $(FFLAGS_F77) -c $*$(SUFFIX)

.F.o:
        $(CPP)
        $(FC) $(FFLAGS) $(OFLAG) $(INCS) -c $*$(SUFFIX)
.F$(SUFFIX):
        $(CPP)
$(SUFFIX).o:
        $(FC) $(FFLAGS) $(OFLAG) $(INCS) -c $*$(SUFFIX)

# special rules
#-----------------------------------------------------------------------
# these special rules have been tested for ifc.11 and ifc.12 only

fft3dlib.o : fft3dlib.F
        $(CPP)
        $(FC) -FR -lowercase -O2 -c $*$(SUFFIX)
fft3dfurth.o : fft3dfurth.F
        $(CPP)
        $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)
fftw3d.o : fftw3d.F
        $(CPP)
        $(FC) -FR -lowercase -O1 $(INCS) -c $*$(SUFFIX)
fftmpi.o : fftmpi.F
        $(CPP)
        $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)
fftmpiw.o : fftmpiw.F
        $(CPP)
        $(FC) -FR -lowercase -O1 $(INCS) -c $*$(SUFFIX)
wave_high.o : wave_high.F
        $(CPP)
        $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)
# the following rules are probably no longer required (-O3 seems to work)
wave.o : wave.F
        $(CPP)
        $(FC) -FR -lowercase -O2 -c $*$(SUFFIX)
paw.o : paw.F
        $(CPP)
        $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)
cl_shift.o : cl_shift.F
        $(CPP)
        $(FC) -FR -lowercase -O2 -c $*$(SUFFIX)
us.o : us.F
        $(CPP)
        $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)
LDApU.o : LDApU.F
        $(CPP)
        $(FC) -FR -lowercase -O2 -c $*$(SUFFIX)


'SW 설치 문서 창고 > 누리온(NURION)' 카테고리의 다른 글

누리온 UPPV3.1 설치 소개  (0) 2019.01.07
누리온 OpenFOAM-v1712 설치 소개  (0) 2018.12.20
누리온 VASP 5.3.5 설치  (0) 2018.12.05
누리온 RASPA-2.0 설치 소개  (0) 2018.12.04
누리온 gcc-8.1.0 설치  (0) 2018.12.03
누리온 GROMACS-5.1.4 설치  (0) 2018.12.03
0 Comments
댓글쓰기 폼