KISTI 슈퍼컴퓨팅 기술 블로그

다음은 누리온 KNL을 활용한 VASP 테스트 샘플의 실행 방법 및 성능을 보여주는 예제이다. 가. 테스트 계산 모델 VASP (5.4.4.4 버전)의 실행 테스트를 위하여, 실리콘(Si64)을 모델 시스템으로 사용하여 HSE06 구현의 성능을 테스트하였다. ISTART ICHARG PREC ENCUT LREAL ALGO NELM EDIFF ISMEAR SIGMA 0 2 single 250 Auto damped 20 1e-6 0 0.1 KPAR NCORE LPLANE LWARE LCHARG LHFCALC PREFOCK NKRED AEXX HFSCREEN 1 ? .TRUE. .FALSE. .FLASE. T Fast 1 0.25 2 VASP 입력값 중 병렬계산과 관련된 설정들이 있는데, 이 중 병렬 설정에 ..

다음은 누리온 SKL을 활용한 QE 테스트 샘플의 실행 방법 및 성능을 보여주는 예제이다. 가. 테스트 계산 모델QE (6.4.1 버전)의 실행 테스트를 위하여, 실리콘 128개 원소로 테스트를 진행하였다.modelDFTatomcutoffIBZKTFFT gridelectronbanddiagonalizationI/Omemory*si128HSE128201(90, 90, 90)5123071k x 1knone3.13 GB 나. 실행 방법 및 성능 분석1) 작업 스크립트 예제#!/bin/sh#PBS –N 1L01N40C40M01T # job의 이름(여러 개의 작업 제출 시 사용자가 구분하기 위한 목적)#PBS –V # 작업 제출 노드(로그인 노드)에서 설정한 환경을 계산 노드에 적용하기 위해 사용함#PBS –q ..

다음은 누리온 KNL을 활용한 QE 테스트 샘플의 실행 방법 및 성능을 보여주는 예제이다. 가. 테스트 계산 모델 QE (6.4.1 버전)의 실행 테스트를 위하여, 실리콘 128개 원소로 테스트를 진행하였다. model DFT atom cutoff IBZKT FFT grid electron band diagonalization I/O memory* si128 HSE 128 20 1 (90, 90, 90) 512 307 1k x 1k none 3.13 GB 나. 실행 방법 및 성능 분석 1) 작업 스크립트 예제 #!/bin/sh #PBS –N 1L01N64C64M01T # job의 이름(여러 개의 작업 제출 시 사용자가 구분하기 위한 목적) #PBS –V # 작업 제출 노드(로그인 노드)에서 설정한 환경을..

다음은 뉴론을 활용한 LAMMPS 테스트 샘플의 실행 방법 및 성능을 보여주는 예제이다. 가. 테스트 계산 모델Rhodopsin 프로틴을 모델 시스템으로 사용하여 성능을 테스트하였다. input은 LAMMPS의 benchmark 디렉터리의 input 파일 중 하나이며, 병렬환경에서의 테스트를 위해 run을 2000으로 변경하였고, -var x 8 –var y 8 –var z 8로 변경 테스트를 하였다. 나. 실행 방법 및 성능 분석1) 작업 스크립트 예제#!/bin/sh#SBATCH -J LAMMPS_small #job의 이름을 지정 #SBATCH -p ivy_v100_2 # 사용하고자 하는 파티션을 지정(누리온의 큐와 동일한 개념)#SBATCH -N 1 # 작업을 할당할 노드의 수#SBATCH -n 2..

다음은 누리온 SKL을 활용한 LAMMPS 테스트 샘플의 실행 방법 및 성능을 보여주는 예제이다. 가. 테스트 계산 모델Rhodopsin 프로틴을 모델 시스템으로 사용하여 성능을 테스트하였다. input은 LAMMPS의 benchmark 디렉터리의 input 파일 중 하나이며, 병렬환경에서의 테스트를 위해 run을 2000으로 변경하였고, -var x 8 –var y 8 –var z 8로 변경 테스트를 하였다. 나. 실행 방법 및 성능 분석1) 작업 스크립트 예제!/bin/sh#PBS -N LAMMPS#PBS -V#PBS -l select=1:ncpus=40:mpiprocs=40:ompthreads=1#PBS -l walltime=06:00:00#PBS -q norm_skl#PBS -A LAMMPS#PB..