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누리온 가우시안16(Gaussian16) LINDA S/W 사용 안내 (2019.08) 본문

사용자 지침서/누리온(NURION)

누리온 가우시안16(Gaussian16) LINDA S/W 사용 안내 (2019.08)

슈퍼컴퓨팅인프라센터 2019. 8. 13. 10:41

본 문서는 누리온 시스템에서 가우시안 소프트웨어 사용을 위한 기초적인 정보를 제공하고 있습니다.  따라서, 가우시안 소프트웨어 사용법 및 누리온/리눅스 사용법 등은 포함되어 있지 않습니다.  누리온/리눅스 사용법에 대한 정보는 KISTI 홈페이지 (https://www.ksc.re.kr)의 기술지원 > 지침서 내 누리온 사용자 지침서 등을 참고하시기 바랍니다.

 

1. 가우시안 소개

가우시안은 에너지, 분자구조 및 진동주파수를 예측하는 분자 모델링 패키지이며, 화학, 물리, 생명과학, 공학 분야 연구자를 위한 프로그램입니다. 

자세한 사항은 가우시안 사의 홈페이지를 통해 얻을 수 있습니다.

홈페이지 주소: http://gaussian.com 

 

2. 설치 버전 및 라이선스

- 설치 버전 : Rev.A03, Rev.B01, Rev.C01

- KISTI 슈퍼컴퓨팅센터는 가우시안 16/LINDA의 사이트 라이선스를 보유하고 있습니다. 

- 가우시안16를 사용하기 위해서는 사용자의 계정이 가우시안 그룹(gauss group)에 등록되어야 합니다.  가우시안 그룹 등록은 KISTI 홈페이지 또는 account@ksc.re.kr로 문의하시기 바랍니다. 

- 내 계정이 가우시안 그룹에 속해있는지 확인하는 방법은 다음과 같습니다.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 $ id 사용자ID

※ 가우시안 그룹에 포함되어 있으면 출력 결과에 "1000009(gauss)" 이 포함되어 있어야 합니다.

 

 

 

 

 

- 보안 문제로 사용자는 프로그램의 소스 코드에는 접근할 수 없고, 실행 파일과 기저함수(basis function)에만 접근할 수 있습니다.  실제로 프로그램을 사용하는 데는 아무런 지장이 없습니다. 

- 가우시안에 연동하여 사용하는 프로그램을 사용하기 위해서는 사전에 일부 소스 코드 혹은 쉘 파일에 대한 접근권한이 필요하며 (예, Gaussrate) 이 경우 KISTI 홈페이지 또는 account@ksc.re.kr 메일을 통해 요청하셔야 합니다. 

- HF 계산과 DFT 계산은 병렬로 수행할 수 있습니다.

- 2019년 3월 PM 이후

(3월14일)

에는 작업제출 스크립트에 "#PBS -A gaussian" 옵션을 사용해야 합니다.

 

3. 소프트웨어 실행 방법

(1) 환경설정

  가우시안16은 module 명령을 통하여 환경을 로드할 수 있습니다. 

  $ module load gaussian/g16.a03.linda

 

(2) 스케쥴러 작업 스크립트 파일 작성

  누리온 시스템에서는 로그인 노드에서 PBS Pro라는 스케쥴러를 사용하여 작업을 제출해야 합니다. 

  누리온 시스템에서 PBS를 사용하는 예제 파일들이 아래의 경로에 존재하므로 사용자 작업용 파일을 만들 때 이를 참고하시기 바랍니다. 

 

※ 아래 예제는 누리온 시스템 에서의 가우시안16 LINDA에 대한 예제입니다.

     파일 위치:  /apps/commercial/test_samples/G16/g16_Linda.sh

 

 

#!/bin/sh
#PBS -V
#PBS -N gaussian_test
#PBS -q normal                                                      # PBS의 queue를 지정
#PBS -l select=2:ncpu=40:mpiprocs=1:ompthreads=40
#PBS -l walltime=01:00:00                                         # 예상 작업소요시간 지정 (시:분:초)
#PBS -A gaussian
 
cd $PBS_O_WORKDIR

module purge
module load gaussian/g16.a03.linda

 
nodes=`cat $PBS_NODEFILE`
nodes=`echo $nodes | sed -e 's/ /,/g'`

export GAUSS_SCRDIR="/scratch/${USER}"
export GAUSS_WDEF=${nodes}
export GAUSS_PDEF=$NCPUS
  
g16 test.com


exit 0

 

- 2019년 3월 PM 이후

(3월14일)

 부터는 "#PBS -A gaussian" 옵션이 없는 경우 작업제출이 되지 않습니다.

 

- GAUSS_PDEF 변수는 %NProcShared 옵션과 동일하며, 입력파일에 %NProcShared 값이 있을 경우 해당 값이 적용 됩니다.

  이 때 GAUSS_PDEF 또는 %NProcShared 옵션의 값은 누리온 KNL 계산노드는 68개 코어, SKL 계산노드는 40개 코어가 장착되어져 있기 때문에 계산노드에 맞게 기입하는것이 안정적인 계산 성능이 발휘 됩니다.

- 가우시안16 Rev. A03 버전에서 지원하는 최대 threads 수는 64개 입니다. KNL 계산노드를 이용하는 경우 64개 까지만 사용 바랍니다.

 

- 작업 제출은 스크래치 디렉토리에서만 가능 합니다.

 

- 사용자별 스크래치 디렉토리는 /scratch/$USER입니다.

 

- 큐 이름은 누리온 사용자 지침서를 참조하여 설정하며, 일반적으로 normal 로 설정해야 합니다.

 ※ 가우시안 입력 파일을 PC에서 작성 후 FTP로 전송한다면, 반드시 ascii mode로 전송해야만 합니다. 

- 기타 PBS에 관련된 명령어 및 사용법은 누리온 사용자 지침서를 참조하시면 됩니다.

 

4. 참고자료

- 가우시안을 처음으로 사용하고자 하는 사람은 다음의 책의 일독을 권합니다.

 James B. Foresman and Aeleen Frisch,  "Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods: A Guide to Using Gaussian",

 www.amazon.com, www.bn.com 등의 온라인 서점에서 구매할 수 있고, http://gaussian.com에서도 직접 구매가 가능합니다. 

- 가우시안에 관한 모든 정보는 Gaussian사의 홈페이지(http://gaussian.com)를 통해 얻을 수 있습니다.

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