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사용자 지침서/누리온(NURION)

누리온 OpenFOAM 사용자 지침서

슈퍼컴퓨팅인프라센터 2019. 5. 28. 15:17

본 문서는 누리온 시스템에서 OpenFOAM 소프트웨어 사용을 위한 기초적인 정보를 제공하고 있습니다.  

따라서, OpenFOAM 소프트웨어 사용법 및 누리온/리눅스 사용법 등은 포함되어 있지 않습니다.  

누리온/리눅스 사용법에 대한 정보는 KISTI 홈페이지 (https://www.ksc.re.kr)의 기술지원 > 지침서 내 누리온 사용자 지침서 등을 참고하시기 바랍니다.

OpenFOAM 사용법에 대한 정보는 OpenFOAM 사이트(https://www.openfoam.com, https://openfoam.org, http://openfoamwiki.net)를 참고하시기 바랍니다.


1. 소프트웨어 설치 정보

(1) 설치 버전 

 - 4.1(KNL, SKL), 5.0(KNL, SKL), 7.0(KNL, SKL), v1912(KNL, SKL)


(2) 설치 위치 

 Version

 CPU 구분

 설치 경로

 비고

 4.1

 KNL

 /apps/applications/OpenFOAM/4.1/intel/17.0.5/impi/17.0.5/mic-knl/OpenFOAM

 

 SKL

 /apps/applications/OpenFOAM/4.1/intel/17.0.5/impi/17.0.5/x86-skylake/OpenFOAM

 

 5.0

 KNL

 /apps/applications/OpenFOAM/5.0/intel/18.0.3/impi/18.0.3/mic-knl/OpenFOAM

 

 SKL

 /apps/applications/OpenFOAM/5.0/intel/18.0.3/impi/18.0.3/x86-skylake/OpenFOAM

 

 7.0

 KNL

 /apps/applications/OpenFOAM/7.0/intel/18.0.3/impi/18.0.3/mic-knl/OpenFOAM

 

 SKL

 /apps/applications/OpenFOAM/7.0/intel/18.0.3/impi/18.0.3/x86-skylake/OpenFOAM

 

 v1912

 KNL

 /apps/applications/OpenFOAM/v1912/intel/18.0.3/impi/18.0.3/x86-skylake/OpenFOAM

 

 SKL

 /apps/applications/OpenFOAM/v1912/intel/18.0.3/impi/18.0.3/mic-knl/OpenFOAM

 


3. 소프트웨어 환경 설정 방법

(1) OpenFOAM-4.1 KNL 버전

 $ module load intel/17.0.5 impi/17.0.5

 $ source /apps/applications/OpenFOAM/4.1/intel/17.0.5/impi/17.0.5/mic-knl/OpenFOAM/OpenFOAM-4.1/etc/bashrc WM_MPLIB=MPI 


(2) OpenFOAM-4.1 SKL 버전

 $ module load intel/17.0.5 impi/17.0.5

 $ source /apps/applications/OpenFOAM/4.1/intel/17.0.5/impi/17.0.5/x86-skylake/OpenFOAM/OpenFOAM-4.1/etc/bashrc WM_MPLIB=MPI 


(3) OpenFOAM-5.0 KNL 버전

 $ module load intel/18.0.3 impi/18.0.3

 $ source /apps/applications/OpenFOAM/5.0/intel/18.0.3/impi/18.0.3/mic-knl/OpenFOAM/OpenFOAM-5.0/etc/bashrc  


(4) OpenFOAM-5.0 SKL 버전

 $ module load intel/18.0.3 impi/18.0.3

 $ source /apps/applications/OpenFOAM/5.0/intel/18.0.3/impi/18.0.3/x86-skylake/OpenFOAM/OpenFOAM-5.0/etc/bashrc


(5) OpenFOAM-7.0 KNL 버전

 $ module load intel/18.0.3 impi/18.0.3

 $ source /apps/applications/OpenFOAM/7.0/intel/18.0.3/impi/18.0.3/mic-knl/OpenFOAM/OpenFOAM-7/etc/bashrc  


(6) OpenFOAM-7.0 SKL 버전

 $ module load intel/18.0.3 impi/18.0.3

 $ source /apps/applications/OpenFOAM/7.0/intel/18.0.3/impi/18.0.3/x86-skylake/OpenFOAM/OpenFOAM-7/etc/bashrc


(7) OpenFOAM-v1912 KNL 버전

 $ module load intel/18.0.3 impi/18.0.3

 $ source /apps/applications/OpenFOAM/v1912/intel/18.0.3/impi/18.0.3/mic-knl/OpenFOAM/OpenFOAM-v1912/etc/bashrc


(8) OpenFOAM-v1912 SKL 버전

 $ module load intel/18.0.3 impi/18.0.3

 $ source /apps/applications/OpenFOAM/v1912/intel/18.0.3/impi/18.0.3/x86-skylake/OpenFOAM/OpenFOAM-v1912/etc/bashrc





4. 스케쥴러 작업 스크립트 파일 작성

 누리온 시스템에서는 로그인 노드에서 PBS 라는 스케쥴러를 사용하여 작업을 제출해야 합니다. 


※ 아래 예제는 OpenFOAM 의 simpleFoam 에 대한 예제입니다. 

#!/bin/sh

#PBS -V

#PBS -N OpenFOAM_job

#PBS -q normal

#PBS -l select=2:ncpus=32:mpiprocs=32:ompthreads=1

#PBS -l walltime=04:00:00

#PBS -A openfoam

 

cd $PBS_O_WORKDIR

 

mpirun simpleFoam -parallel

 - 위에서 파란색으로 표기된 부분은 사용자가 적절히 수정해야 합니다.

 - "#PBS -A openfoam" 옵션이 없는 경우 작업제출이 되지 않습니다.

 - 작업 제출은 스크래치 디렉토리에서만 가능 합니다.

 - 사용자별 스크래치 디렉토리는 /scratch/$USER입니다.

 - 스크래치 디스크는 작업 종료 후 일정 시간(2020년 4월 현재 정책: 15일)이 지나면 삭제되기 때문에, 작업이 완료 된경우 빠른 시일 내에 백업하시길 권장합니다. 

 - 기타 PBS에 관련된 명령어 및 사용법은 누리온 사용자 지침서를 참조하시면 됩니다.


5. 작업 제출 방법

 - 예제 : 스크립트 파일 이름이 run.sh 인 경우

 $ qsub run.sh


6. 작업 상태 확인

 $ qstat (또는 qstat -u $USER) 


7. 제출된 작업을 강제로 종료

 - 사용 방법 : qdel {작업ID}

 - 작업ID는 qstat 명령어 실행 시 제일 왼쪽에 표시 되는 정보입니다.(ex. 1771476.pbs)

 - 예제 : 작업ID 가 1771476.pbs 인 경우

 $ qdel 1771476.pbs


8. PBS 상에서 사용 가능한 자원 확인

 $ pbs_status


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