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누리온 LS-DYNA 사용자 지침서(2020.02) 본문

사용자 지침서/누리온(NURION)

누리온 LS-DYNA 사용자 지침서(2020.02)

슈퍼컴퓨팅인프라센터 2019. 3. 4. 09:48

본 문서는 누리온 시스템에서 LS-DYNA 소프트웨어 사용을 위한 기초적인 정보를 제공하고 있습니다.  

따라서, LS-DYNA 소프트웨어 사용법 및 누리온/리눅스 사용법 등은 포함되어 있지 않습니다.  

누리온/리눅스 사용법에 대한 정보는 KISTI 홈페이지 (https://www.ksc.re.kr)기술지원 > 지침서 내 누리온 사용자 지침서 등을 참고하시기 바랍니다.  

 

1. 사용 정책 

 - 사용자별 최대 40개 CPU 코어 수행 가능합니다.

 - 한정된 라이선스를 슈퍼컴 사용자들이 함께 사용하므로, 사용정책 기준을 초과하여 사용할 경우 해당 작업은 관리자가 강제 종료 합니다.

 - 부득이하게 많은 라이선스가 필요할 경우, KISTI 홈페이지(https://www.ksc.re.kr)를 통해 사전에 관리자와 협의해야 합니다. 

 - 작업 제출 전 "lic_check" 명령 에서 메뉴 선택을 통해 라이선스 상태를 확인 한 다음 작업을 제출하시기 바랍니다.

 - 누리온시스템 로그인 노드의 과부하 방지를 위해 pre/post 작업은 허가하지 않습니다. 

 - 2019년 3월 PM 이후

(3월14일)

에는 작업제출 스크립트에 "

#PBS -A lsdyna" 옵션을 사용해야 합니다.

 

2. 소프트웨어 설치 정보

(1) 설치 버전 

 - LSDYNA R11.1.0(smp, mpp), R10.1.0(smp, mpp), R9.2.0(smp, mpp), R9.1.0(smp, mpp)

 

(2) 설치 위치 

 -  /apps/commercial/LSDYNA

 

3. 소프트웨어 실행 방법

(1) 실행 방법 설명 및 실행 예시

- 실행 명령 및 옵션

 : 옵션 대소문자 및 위치 구분 없음. 해당 옵션 사용하지 않을 경우 default값으로 출력됨

 

 (Options = Input file specification, Output file specification, Extra option)

 

 [ls-dyna 명령어] [option]

 ls-dyna 명령어 (2)실행 예제 및 관련 표를 참고하시고,  option에 대한 정보는 아래 표를 참고하여 사용하시길 바랍니다.

 

 구분

 option

 설명 

 Input file

specification

 i=inf

 input file 

 m=sif

 stress initialization file 

 I=isf2

 interface segment save file to be used 

 t=tpf 

 optional temperature file 

 Output file

specification

 o=otf

 high speed printer file (default=d3hsp)

 g=ptf 

 binary plot file for graphics (default=d3plot)

 d=dpf 

 dump file for restarting (default=d3dump)

 f=thf 

 binary plot file for time histories (default=d3thdt)

 u=xtf 

 binary plot file for time extra data (default=xtfile)

 a=rrd

 restart dump file (default=runrsf)

 s=iff

 interface force file

 z=isf1

 interface segment save file to be created

 b=rlf

 binary plot file for dynamic relaxation (default=d3rfl)

 bem=bof 

 calculated acoustic output file

 d3prop=d3prop 

 output property data

 Extra Option

 x=scl 

 scale factor for binary file size (default=7)

 c=cpu

 cpu time limit (in seconds)

 memory=Nwds 

 number of words to be allocated

 memory2=Nwds2

 number of words to be allocated in each processor (extra option for mpp) 

 ncpu=Ncpu

 maximum number of cpus to be used

 parn=npara

 flag for parallel force assembly

 endtime=time

 termination time

 ncycle=ncycle

 termination cycle

 jobid=job_name

 character string which acts as a prefix for all output files

 

(2) 실행 예제

 1) SMP 버전 실행 예시

 - input file 명 : airbag_deploy.k

 - 사용 CPU 수 : 4개

 - 사용메모리 양 : 400MB (100MB X 4)

 - Output files

  : information outputs :d3hsp, messag, status.out 

  : binary outputs : d3plot - d3plot##, d3dump01 - d3dump##, 

  : ascii outputs : abstat, glstat, matsum, rcforc, rwforc, etc.

 

 - 실행 예제

  $ [LS-DYNA 명령어] i=airbag.deploy.k memory=100m ncpu=4

 ※ 사용가능한 LS-DYNA 명령어는 아래 표를 참고하여 선택한다.

 

 버전

  type

 LS-DYNA 명령어 위치 및 파일명 

 R11.1.0

 Single Precision

 /apps/commercial/LSDYNA/SMP/R11.1.0/ls-dyna_smp_s_R11_1_0_x64_redhat65_ifort160_sse2

 Double Precision

 /apps/commercial/LSDYNA/SMP/R11.1.0/ls-dyna_smp_d_R11_1_0_x64_redhat65_ifort160_sse2

 R10.1.0

 Single Precision

 /apps/commercial/LSDYNA/SMP/R10.1.0/ls-dyna_smp_s_r1010_x64_redhat5_ifort160

 Double Precision

 /apps/commercial/LSDYNA/SMP/R10.1.0/ls-dyna_smp_d_r1010_x64_redhat5_ifort160

 R9.2.0

  Single Precision

 /apps/commercial/LSDYNA/SMP/R9.2/ls-dyna_smp_s_r920_x64_redhat59_ifort160

  Double Precision

 /apps/commercial/LSDYNA/SMP/R9.2/ls-dyna_smp_d_r920_x64_redhat59_ifort160

 R9.1.0

 Single Precision

 /apps/commercial/LSDYNA/SMP/R9.1.0/ls-dyna_smp_s_r910_x64_redhat56_ifort131

 Double Precision

 /apps/commercial/LSDYNA/SMP/R9.1.0/ls-dyna_smp_d_r910_x64_redhat56_ifort131

 

2) MPP 버전 실행 예시

 - input file 명 : airbag_deploy.k

 - 사용 CPU 수 : 4개

 - 사용메모리 양 : 400MB (100MB X 4)

 - Output files

  : Information outputs : d3hsp, mes0000 - mes0003, status.out, adptmp, scr0000 - scr0003

  : Binary outputs : d3plot - d3plot##, d3dump01.0000 - d3dump##.0003, d3full01 - d3full##

  : Binary database (smp의 ascii output에 해당) : binout0000

 

  : Ascii ouput extractions from binary database : l2a binout* 실행 

 

 - 실행 예제

  $ mpirun -np 4 [LS-DYNA 명령어] i=airbag.deploy.k memory=100m memory2=20m -procs 4

 ※ 사용가능한 LS-DYNA 명령어는 아래 표를 참고하여 선택한다.

 
 

 버전

  type

 LS-DYNA 명령어 위치 및 파일명 

 R11.1.0 

 Single Precision

 /apps/commercial/LSDYNA/MPP/R11.1.0/ls-dyna_mpp_s_R11_1_0_x64_centos54_ifort160_sse2_platformmpi

 Double Precision

 /apps/commercial/LSDYNA/MPP/R11.1.0/ls-dyna_mpp_d_R11_1_0_x64_centos54_ifort160_sse2_platformmpi

 R10.1.0

 Single Precision

 /apps/commercial/LSDYNA/MPP/R10.1.0/ls-dyna_mpp_s_r10_1_123355_x64_redhat54_ifort160_sse2_platformmpi

 Double Precision

 /apps/commercial/LSDYNA/MPP/R10.1.0/ls-dyna_mpp_d_r10_1_123355_x64_redhat54_ifort160_sse2_platformmpi

 R9.2.0

 Single Precision

 /apps/commercial/LSDYNA/MPP/R9.2.0/ls-dyna_mpp_s_r9_2_119543_x64_redhat54_ifort131_sse2_platformmpi

 Double Precision

 /apps/commercial/LSDYNA/MPP/R9.2.0/ls-dyna_mpp_d_r9_2_119543_x64_redhat54_ifort131_sse2_platformmpi

 R9.1.0

 Single Precision

 /apps/commercial/LSDYNA/MPP/R9.1.0/ls-dyna_mpp_s_r9_1_113698_x64_redhat54_ifort131_sse2_platformmpi

  Double Precision

 /apps/commercial/LSDYNA/MPP/R9.1.0/ls-dyna_mpp_d_r9_1_113698_x64_redhat54_ifort131_sse2_platformmpi

 

(3) 실행 방법

 - Interactive 방식의 실행은 CPU time이 10분으로 제한되어 있습니다.

 - 장시간의 계산 작업은 PBS 라는 스케줄러를 이용하여 작업을 제출해야 합니다.

 - 작업 제출 전 "lic_check" 명령을 실행하여 라이선스 상태를 확인 후 작업을 제출하시기 바랍니다.

 

(4) 스케쥴러 작업 스크립트 파일 작성

 누리온 시스템에서는 로그인 노드에서 PBS 라는 스케쥴러를 사용하여 작업을 제출해야 합니다. 

 

 누리온 시스템에서 PBS 를 사용하는 예제 파일들이 아래의 경로에 존재하므로 사용자 작업용 파일을 만들 때 이를 참고하시기 바랍니다. 

  - 예제 파일 :  /apps/commercial/test_samples/LSDYNA/lsdyna_smp.sh (단일 노드에서 수행)  

 

 

                    /apps/commercial/test_samples/LSDYNA/lsdyna_mpp.sh (멀티 노드에서 수행)   

 

※ 아래 예제는 누리온 시스템 에서의 LS-DYNA에 대한 예제입니다. (단일 노드에서 수행)

#!/bin/sh

#PBS -V

#PBS -N lsdyna_job

#PBS -q commercial

#PBS -l select=1:ncpus=40:mpiprocs=1:ompthreads=40

#PBS -l walltime=04:00:00

#PBS -A lsdyna

 

cd $PBS_O_WORKDIR

 

module load lsdyna/smp

 

 

/apps/commercial/LSDYNA/SMP/R10.1.0/ls-dyna_smp_s_r1010_x64_redhat5_ifort160 \

i=airbag.deploy.k memory=1000m ncpu=$NCPUS

- 위에서 파란색으로 표기된 부분은 사용자가 적절히 수정해야 합니다.

- 2019년 3월 PM 이후

(3월14일)

 부터는 "#PBS -A lsdyna" 옵션이 없는 경우 작업제출이 되지 않습니다.

 

※ 아래 예제는 누리온 시스템 에서의 LS-DYNA에 대한 예제입니다. (멀티 노드에서 수행)

 

 

#!/bin/sh

#PBS -V

#PBS -N lsdyna_job

#PBS -q commercial

#PBS -l select=2:ncpus=20:mpiprocs=20:ompthreads=1

#PBS -l walltime=04:00:00

#PBS -A lsdyna

 

cd $PBS_O_WORKDIR

 

module load lsdyna/mpp

 

mpirun -machinefile $PBS_NODEFILE \

/apps/commercial/LSDYNA/MPP/R10.1.0/ls-dyna_mpp_s_r10_1_123355_x64_redhat54_ifort160_sse2_platformmpi \

i=airbag.deploy.k memory=1000m

 - 위에서 파란색으로 표기된 부분은 사용자가 적절히 수정해야 합니다.

 - 2019년 3월 PM 이후

(3월14일)

 부터는 "#PBS -A lsdyna" 옵션이 없는 경우 작업제출이 되지 않습니다.

 - 작업 제출은 스크래치 디렉토리에서만 가능 합니다.

 - 사용자별 스크래치 디렉토리는 /scratch/$USER입니다.

 - 스크래치 디스크는 작업 종료 후 일정 시간(2020년 2월 현재 정책: 15일)이 지나면 삭제되기 때문에, 작업이 완료 된경우 빠른 시일 내에 백업하시길 권장합니다. 

 

 - 기타 PBS에 관련된 명령어 및 사용법은 누리온 사용자 지침서를 참조하시면 됩니다.

 

(5) 작업 제출 방법

 - 예제 : 스크립트 파일 이름이 lsdyna.sh 인 경우

 $ qsub lsdyna.sh

 

(6) 작업 상태 확인

 $ qstat (또는 qstat -u $USER) 

 

(7) 제출된 작업을 강제로 종료

 - 사용 방법 : qdel 

 - 작업ID는 qstat 명령어 실행 시 제일 왼쪽에 표시 되는 정보입니다.(ex. 1771476.pbs)

 - 예제 : 작업ID 가 1771476.pbs 인 경우

 $ qdel 1771476.pbs

 

(8) PBS 상에서 사용 가능한 자원 확인

 $ pbs_status

 

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