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누리온 GROMACS-2021.4 버전 설치 소개 (SKL)

슈퍼컴퓨팅인프라센터 2021. 12. 9. 15:52

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템의 SKL 사용 시  gromacs-2021.4 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다.

 

1. 설치 환경

 구분 내용
 대상 시스템  누리온(SKL)
 OS Version   리눅스 / CentOS 7.7
 CPU  Intel(R) Xeon(R) Gold 6148
 컴파일러  Intel 2021.4 Version
 MPI  IntelMPI 2021.4 Version
 기타  Intel MKL Math Library

 

2. 설치  환경 설정

 

  누리온 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 

  환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net) 구성되어 있고,

  이하 설치 소개 에서는 module load 이용한 환경 설정 방법을 이용한다.

 

[ 환경 설정 ]

 $ module intel/oneapi_21.2 impi/oneapi_21.2 cmake/3.12.7

 

 

3. gromacs-2021.4 버전 설치 과정

 설치 과정 소개는 tar  이용한 압축 해제 방법과 설정 방법  진행 절차를 위주로 설명하고,

 소스 파일 다운로드 등은 생략한다.  

 설치 과정
$ export FLAGS="-O2 -g -static-intel"
$ export CFLAGS=$FLAGS 
$ export CXXFLAGS=$FLAGS 
$ export CC=mpiicc 
$ export CXX=mpiicpc


$ tar -xzvf gromacs-2021.4.tar.gz
$ cd gromacs-2021.4/
$ mkdir build
$ cd build


$ cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX==$HOME/GROMACS/2021.4 \
-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_MPI=ON -DGMX_OPENMP=ON \
-DGMX_CYCLE_SUBCOUNTERS=ON -DGMX_GPU=OFF \
-DGMX_HWLOC=OFF -DGMX_SIMD=AVX_512 \
-DGMX_OPENMP_MAX_THREADS=32


 $ make
 $ make install

 "-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/GROMACS/2021.4" 예시로 설치 희망하는 디렉토리로 명시한다.

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