NAMD-2.12 설치 (Intel Xeon Phi KNL)

이 문서는 Intel Xeon Phi KNL (Knights Landing)이 장착되어 있는 머신에서 NAMD 2.12이 수행될 수 있도록 소스 버전을 빌드하는 방법에 대해 기술한다.  

1. 설치 환경

구분	내용
대상 시스템	워크스테이션
OS Version	리눅스 / CentOS 7.2
CPU	Intel(R) Xeon Phi(TM) CPU 7210 @ 1.30GHz (64-core)
컴파일러	Intel Compiler 2017
기타	Intel MKL

2. 설치 과정

NAMD 소스 파일 압축 풀기
$ tar xzf NAMD_2.12_Source.tar.gz  $ cd NAMD_2.12_Source

2.1 charm 빌드

NAMD 소스는 charm을 이용하여 빌드한다. charm은 NAMD 소스내에 tar파일 형태로 포함되어 있으며, charm 빌드는 아래와 같은 명령으로 이루어진다.

$ build charm++ {아키텍쳐} {C 컴파일러} {포트란 컴파일러} {기타 옵션}

리눅스 PC 등과 같은 단일 노드에서 사용할 경우에는 'multicore-linux64' 옵션을 기재하여 빌드한다. 

단일노드용 charm 빌드
$ tar xf charm-6.7.1.tar  $ cd charm-6.7.1 $./build charm++ multicore-linux64 icc --with-production

2.2 NAMD 빌드

NAMD를 빌드하기 위해서는 config을 이용하여 설정이 이루어지는데, 사용법은 다음과 같다. 

$ ./config {NAMD-아키텍쳐} --charm-arch {charm-아키텍쳐} {기타 옵션}

Xeon Phi KNL용으로 빌드하기 위해서는 NAMD-아키텍쳐를 Linux-KNL-icc 지정하여 수행한다.  

Xeon Phi NAMD 빌드
# NAMD 소스 디렉토리에서 수행 $ ./config Linux-KNL-icc --charm-arch multicore-linux64-icc --with-mkl \     --mkl-prefix /home/test01/intel/compilers_and_libraries_2017/linux/mkl \     --without-tcl     # <---이 예제에서는 인텔 컴파일러를 사용자 홈디렉토리에 설치하였음을 가정  $ cd Linux-KNL-icc $ make -j 64

※ 이미 설치되어 있는 tcl를 이용하려고 하는 경우는 --with-tcl, --tcl-prefix 옵션을 추가로 기재한다. 

3. 테스트 

아래 사이트에서 적당한 시뮬레이션 예제 데이터 파일을 다운 받는다. 

 http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/utilities/ 

 

ApoA1 벤치마크를 이용한 테스트
$ wget http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/utilities/apoa1.zip $ unzip apoa1.zip  $ {NAMD_DIR}/namd2 +p 64 apoa1/apoa1.namd  +pemap 0-63  # 단일노드에서의 수행