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시스템 활용 & 팁

누리온 VASP 멀티노드 활용(SKL)

슈퍼컴퓨팅인프라센터 2019. 10. 30. 08:15

다음은 누리온 SKL을 활용한 VASP 테스트 샘플의 실행 방법 및 성능을 보여주는 예제이다.

 

 

가. 테스트 계산 모델

VASP (5.4.4.4 버전)의 실행 테스트를 위하여실리콘(Si64)을 모델 시스템으로 사용하여 HSE06 구현의 성능을 테스트하였다.

ISTART

ICHARG

PREC

ENCUT

LREAL

ALGO

NELM

EDIFF

ISMEAR

SIGMA

0

2

single

250

Auto

damped

20

1e-6

0

0.1

KPAR

NCORE

LPLANE

LWARE

LCHARG

LHFCALC

PREFOCK

NKRED

AEXX

HFSCREEN

1

?

.TRUE.

.FALSE.

.FLASE.

T

Fast

1

0.25

2


VASP 입력값 중 병렬계산과 관련된 설정들이 있는데이 중 병렬 설정에 따른 성능 차이를 가장 크게 보이는 변수가 NCORE 값이므로, NCORE가 1, 4, 8일 때에 대하여 누리온 노드와 코어수를 조정하여 계산 속도를 측정하였다.



나. 실행 방법 및 성능 분석

1) 작업 스크립트 예제

#!/bin/sh

#PBS -N vasp_skl

#PBS -V

#PBS -l select=1:ncpus=40:mpiprocs=40:ompthreads=1

#PBS q norm_skl

#PBS l walltime=06:00:00 # 작업 수행 시간(최대 48시간)

#PBS A vasp # Application PBS옵션 이름표.

 

cd $PBS_O_WORKDIR

module purge

module load craype-x86-skylake

module load intel/18.0.3 impi/18.0.3

 

mpirun {설치 경로}/vasp_std

 

exit 0


작업 스크립트는 이전의 KNL과 거의 동일차이점은 사용하는 큐가 normal 큐에서, norm_skl로 바뀐 점그리고 KNL이 노드 당 코어를 68개인 것에 반해 SKL은 40개의 코어를 가지고 있기 때문에아래와 같이 가용 core수와 MPI 프로세스 수가 40이 넘을 수 없다는 점임.


#PBS l select=1:ncpus=40:mpiprocs=40:ompthreads=1

 

2) 계산 성능 결과

SKL 노드의 경우 노드의 수가 많지 않기 때문에, 4개 노드까지만 테스트를 수행하였다. 이 때, 1~4개 노드 모두 NCORE=8 일 때 가장 좋은 성능을 보이고 있다.


 

NCORE=1

NCORE=2

NCORE=4

NCORE=8

NCORE=16

NODE=1

8047

9999

7184

6572

7887

NODE=2

5452

6203

3990

3425

4172

NODE=4

3768

3978

2528

1939

2206 

여기에서는 NCORE128개 코어를 썼을 때 가장 좋은 성능을 보였던 KNL과 같은 성향은 보이지 않았으며, NCORE8일 때 모든 노드에서 가장 좋은 성능을 보이고 있다.


※ 누리온 KNL 노드, GPU 시스템 뉴론과의 성능 비교는 "누리온 VASP 멀티노드 활용(KNL)참조

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