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누리온 Q-CHEM v5.2 사용자 지침서 본문

사용자 지침서/누리온(NURION)

누리온 Q-CHEM v5.2 사용자 지침서

슈퍼컴퓨팅인프라센터 2019. 7. 24. 11:45

본 문서는 누리온 시스템에서 Q-Chem 소프트웨어 사용을 위한 기초적인 정보를 제공하고 있습니다. 

따라서, Q-Chem 소프트웨어 사용법 및 누리온/리눅스 사용법 등은 포함되어 있지 않습니다.  

누리온/리눅스 사용법에 대한 정보는 KISTI 홈페이지 (https://www.ksc.re.kr)의 기술지원 > 지침서 내 누리온 사용자 지침서 등을 참고하시기 바랍니다.

 

1. Q-Chem 소개 

 - Q-Chem은 분자구조, 반응성, 진동 및 NMR 스펙트럼 등을 예측하는 제일원리 양자 화학 패키지입니다.

 - Q-Chem v5에는 최신 고성능 DFT/HF 및 높은 수준의 post-HF 계산 방법을 제공합니다.

 - 자세한 사항은 Q-Chem 홈페이지를 방문하시기 바랍니다. (http://q-chem.com)

 

2. 소프트웨어 설치 정보

(1) 설치 버전 

 - Q-Chem v5.2

 

(2) 설치 위치 

 - /apps/commercial/QCHEM/V5.2 (KNL/SKL에 관계없이 동일한 경로 사용)

 

(3) 실행 파일 경로 

 - /apps/commercial/QCHEM/V5.2/bin

 

3. 소프트웨어 실행 방법

(1) 스케줄러 작업 스크립트 파일 작성

  - 누리온 시스템에서는 로그인 노드에서 PBS Pro라는 스케줄러를 사용하여 작업을 제출해야 합니다.

  - KNL/SKL에서 Q-Chem을 이용하기 위해서는 특별한 환경 설정 없이 스케줄러 스크립트 파일 내 환경 설정 변수를 이용합니다. 

  - 예제 파일 :  /apps/commercial/test_samples/QCHEM/qchem_knl.sh (KNL)

                    /apps/commercial/test_samples/QCHEM/qchem_skl.sh  (SKL)

 

※ 아래는 누리온 시스템에서의 작업 제출 예제입니다.

#!/bin/bash

#PBS -V

#PBS -N q-chem_test

#PBS -q normal 

#PBS -l select=1:ncpus=32:mpiprocs=32:ompthreads=1

#PBS -l walltime=04:00:00

#PBS -A qchem

 

cd ${PBS_O_WORKDIR}

touch ${PBS_JOBID}

 

##### Do not Edit ####

export QC=/apps/commercial/QCHEM/V5.2

export QCAUX=$QC/qcaux

export QCPLATFORM=LINUX_Ix86_64

export QCRSH=ssh

export PATH=$QC/bin:$PATH

export QCSCRATCH=/scratch/${USER}/qchem

export QCPARALLEL=TRUE

 

NPROCS=`wc -l < ${PBS_NODEFILE}`   # of core for parallel

####################

 

qchem -pbs -np ${NPROCS} test.in test.out

 

exit 0

 - 위에서 파란색으로 표기된 부분은 사용자가 적절히 수정해야 합니다.

 - Application 종류(-A) : qchem으로 설정합니다. (없을 경우 작업 제출이 되지 않습니다.)

 - Queue 종류(-q) : KNL(68 cores)을 사용할 경우 queue는 normal, SKL(40 cores)을 사용할 경우 norm_skl을 사용합니다.

 - 작업 리소스(-l) : 수행하는 계산의 종류(HF/DFT/RI-MP2 등)에 따라서, OpenMP, MPI, Hybrid(MPI+OpenMP) 병렬 지원이 다르므로, 

Q-Chem 매뉴얼을 참조하여 수행하는 작업에 맞게 수정하여 사용합니다. 

 - 각 사용자별 홈 디렉터리 disk quota 제한이 설정되어 있으므로, 스크래치 디렉터리에서 작업 수행을 권장합니다.

 - 사용자별 스크래치 디렉터리는 /scratch2/$USER입니다.

 - 스크래치 디스크는 작업 종료 후 일정 시간(2018년 12월 현재 정책: 15일)이 지나면 삭제되기 때문에, 작업이 완료된 경우 빠른 시일 내에 백업하시길 권장합니다. 

 - 기타 PBS에 관련된 명령어 및 사용법은 누리온 사용자 지침서를 참조하시면 됩니다.

 

(2) 작업 제출 방법

 - 예제 : 스크립트 파일 이름이 qchem_knl.sh 인 경우

  $ qsub qchem_knl.sh


(3
) 작업 상태 확인

  $ qstat (또는 qstat -u $USER) 


(4
) 제출된 작업을 강제로 종료

 - 사용 방법 : qdel {작업ID}

 - 작업ID는 qstat -u $USER 명령어 실행 시 제일 왼쪽에 표시 되는 정보이다.(ex. 123456789.pbs)

 - 예제 : 작업ID 가 123456789.pbs 인 경우

  $ qdel 123456789.pbs

 

4. 테스트 환경

  - Q-Chem 5.2 설치 및 동작을 테스트하기 위해 사용한 Q-Chem input은 다음과 같습니다. 

  - 기타 예제 파일들은 /apps/commercial/QCHEM/V5.2/samples에 들어 있습니다.

$comment

glutamine    PW91-PW91/6-311G   Single point energy

$end

 

$rem

exchange = pw91  GGA91 exchange

correlation = pw91  GGA91 correlation

basis = 6-311g  Basis Set

incdft = false

$end

 

$molecule

0  1

6 -1.23973536  0.28356377  1.19837231

6 -2.02294832 -0.05092617 -0.05720877

6 -1.16425833  0.11331783 -1.30449280

6 -0.98613533  1.59214578 -1.68594879

1 -0.90978634  2.20609276 -0.75032580

7 -2.17109328  2.08999376 -2.42195075

1 -2.05935234  3.06007974 -2.62592882

1 -2.29374737  1.58214382 -3.27314382

6  0.30933064  1.74807278 -2.47708875

8  0.46060067  1.82271377 -3.68385774

8  1.43313271  1.82435183 -1.73186779

1  2.19459659  1.92147581 -2.29499584

1 -1.62354934 -0.45353122 -2.14053374

1 -0.17217135 -0.35508116 -1.14187479

1 -2.92050928  0.59796779 -0.12054282

1 -2.40883034 -1.08879312 -0.00201583

7 -0.37904635 -0.70950719  1.73604530

1 -0.69979234 -1.64213117  1.61126131

1 -0.04175234 -0.53298124  2.65596718

8 -1.24084032  1.38053079  1.73902721

$end

 


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